丝素蛋白膜表面的等离子体磺酸化及体外抗凝血性能

从蚕丝中提取的丝素蛋白 (Silkfibroin)制备成薄膜 ,首次采用二氧化硫等离子体处理在材料表面引入磺酸基团 ;同时丝素蛋白膜用氨气等离子体处理后在表面接入氨基 ,利用 1,3 丙磺酸内酯与氨基的反应在材料表面接枝磺酸基团。采用X光电子能谱和全反射红外光谱分析材料的表面性质。材料的体外抗凝血性能由体外凝血时间 :凝血酶原时间 (PT)、部分凝血活酶时间 (APTT)和凝血酶时间 (TT)作为评价标准。结果表明两种处理方法均能在丝素蛋白膜表面有效地接枝磺酸基团 。

等离子体处理的丝素蛋白作为人内皮细胞培养基质的研究

目的 :探讨人血管内皮细胞在等离子体处理后的丝素蛋白膜表面的生长情况。方法 :等离子体由气体射频放电产生 ,工作气体为SO2 和NH3;材料表面元素进行XPS分析 ;用MTT法测定人脐静脉内皮细胞系HU VEC细胞生长 ;用间接免疫荧光法检测该细胞内Ⅷ凝血因子相关抗原的表达。结果 :SO2 和NH3 等离子体处理后 ,丝素蛋白膜表面分别被磺酸化和氨基化 ,并均能促进HUVEC细胞生长 ,而且对细胞形态和产生Ⅷ凝血因子的功能没有明显的影响。结论 :等离子体处理的丝素蛋白可以作为人内皮细胞的一种良好的培养基质。

缺铁条件下酵母中铁转运转录水平的研究进展

铁作为生物体内重要元素,在很多细胞功能以及生化过程中具有重要作用。尽管多数土壤中铁含量较为丰富,但在碱性或中性土壤中可以吸收利用的可溶性铁量却无法满足植物需要。在这种情况下所导致的缺铁胁迫不利于植物生长发育。本文从铁吸收系统的激活、胞内铁源的启动和铁相关代谢活动的调控三个方面阐述了酵母细胞中铁转运转录水平上的研究现状,最后展望了其发展前景。

基因芯片技术对过铁胁迫条件下酵母硫转运的分析

利用基因芯片技术在转录水平上对过铁胁迫条件下酵母中硫转运体系进行了分析。结果表明,在铁过量的时候,酵母硫转运系统相关基因上调表达。认为酵母在过铁条件下会增加细胞中的硫转运,以便维持细胞的铁稳态,降低过量铁对细胞的毒害作用。

反义核酸Ⅷ C真核表达载体的构建及其对转化血管内皮细胞的影响

利用人工合成的部分反义核酸ⅧC(以pⅧC表示)用以构建含有部分反义凝血因子基因片段的真核表达质粒pXJ41-neo/pⅧC,再用磷酸钙介导转染血管内皮细胞,筛选出阳性克隆血管内皮细胞,扩大培养转基因细胞,用金黄色葡萄球菌凝集试验和酶联免疫吸附试验(ELISA)检测转基因细胞ⅧC蛋白质的表达水平。结果表明所构件人工合成的部分反义核酸pⅧC真核表达载体能有效抑制人的凝血因子ⅧC的表达,因此建立了有效表达反义核酸pⅧC的血管内皮细胞模型。

适于基因芯片实验的小鼠脑组织RNA提取方法的改进

目的比较Trizol与两种常用提取试剂盒对小鼠脑组织RNA提取质量的差异,并进行方法改进,以期找到适合于基因芯片的高质量组织RNA提取方法。方法以小鼠脑组织为材料,Trizol试剂、Ambion和天根组织RNA提取试剂盒提取总RNA,并对试剂盒提取方法进行改良,检测改良前后RNA浓度、纯度和完整性以及反转录成cRNA的浓度。结果与改良前相比,试剂盒经方法改良后提取的RNA产量均有提高;Ambion试剂盒提取的RNA纯度优于Trizol和天根试剂盒。结论Ambion试剂盒经方法改良后RNA提取质量优于其他方法,适合于基因芯片的实验要求。

我校医学实验与测试中心综合业务信息平台的分析和设计

目的旨在设计首都医科大学医学实验与测试中心综合业务信息平台的实现方案。方法结合对其他单位的科研楼或科研实验室管服务信息系统的调研,充分分析我校医学实验与测试中心业务开展情况,结合本校学科特点、实验室类型及医学实验与测试中心组织结构、管理职能、管理理念等实际,制定中心信息平台的实现方案。结果设计适合我校医学实验与测试中心实际情况的综合业务信息平台体系,包括模块功能以及操作流程,以指导信息平台的建设。结论该综合业务信息平台能够提高工作效率,同时还可以有效地促进业务流程的优化以及管理服务工作的规范协调、公正透明。

利用巢式PCR方法筛选水稻OsIRT1突变体的研究

[目的]筛选得到水稻OsIRT1基因突变体。[方法]采用巢式PCR方法从水稻Tos17插入突变体库中筛选,共筛选近30000个单株。[结果]得到一个OsIRT1突变体单株。[结论]该突变体中的Tos17插入位点位于OsIRT1的内含子中。

医学高校大型仪器课程的教学改革与实践

大型仪器设备是医学高校开展科研、教学的必备资源,高质量的大型仪器课程能促进仪器使用及创新型人才培养。针对目前大型仪器课程存在问题,首都医科大学中心实验室进行改革与实践,优化教学内容,丰富教学方法,革新教学模式。文章以荧光定量PCR为例,建立四位一体教学法,采用思维导图、创新实验等教学模式,通过教学改革和实践,激发学生的学习兴趣,促进创新思维能力、实验方案设计能力、分析问题及解决问题能力得到提升。

医学高校基因组学研究平台建设与管理机制探讨

首都医科大学基因组学研究平台(简称基因平台)是中心实验室建设的8个平台之一,2005年成立以来为学校的科研、教学起到了良好的支撑作用。随着基因组科学和技术的快速发展,基因平台发展遇到困境。为此,基因平台在硬件、软件和人员技术3个方面进行建设与实践。硬件建设着重在实验室改造和仪器功能选型两方面;软件建设主要在升级智能网络信息软件和建立规范管理制度两方面;人员技术建设主要集中在技术人员自身技术提升和输出技术能力两方面。通过实践,新技术、新仪器的引进满足学校教学和科研所需,并能在聚焦精准医学研究中发挥作用,提高了仪器的使用效率和效益,同时,也可为同类高校的大型仪器共享平台的建设与管理提供借鉴。

羟基氯喹对小鼠结直肠癌细胞增殖、凋亡、迁移、超微结构及相关炎性因子表达的影响

目的 探究羟基氯喹对小鼠结直肠癌细胞增殖、凋亡、迁移、超微结构及相关炎性因子表达的影响。方法建立AOM/DSS诱导的小鼠结直肠癌模型,采用苏木精-伊红(HE)染色观察正常组、结直肠癌模型组、羟基氯喹干预组小鼠结直肠组织病理学变化。原代分离各组结直肠细胞,CCK8法检测细胞增殖,流式细胞术检测细胞周期与凋亡,电镜观察细胞超微结构,Oris TM 细胞接种限位法检测细胞迁移,ELISA方法检测炎性因子Toll样受体4(TLR4)、白细胞介素(IL)-1β、IL-18、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、β干扰素(INF-β)表达。结果成功构建AOM/DSS诱导的小鼠结直肠癌模型,相对结直肠癌模型组肠腺体结构不规则、杯状细胞减少、溃疡形成等病理学表现,羟基氯喹明显改善模型小鼠肠道组织病理情况。细胞实验结果表明:羟基氯喹干预可以显著抑制肿瘤细胞增殖活力,且通过发生S期阻滞,DNA合成受阻影响细胞周期;促进肿瘤细胞凋亡,降低肿瘤细胞迁移能力,在一定程度上改善结直肠肿瘤细胞超微结构,显著降低TLR4、IL-1β、IL-18、TNF-α、INF-β等炎性因子的表达。结论羟基氯喹可以通过抗肿瘤和抗炎双重作用对小鼠结直肠癌起治疗作用,为将来临床靶向治疗提供了新的思路和理论依据。

Windows操作系统下二代测序数据处理平台的建立及高通量信息分析标准流程在个人计算机上的实现

当前二代测序数据的处理广泛使用基于标准版本的Linux操作系统分析方法。这一系统专业性强,成本较高,操作界面不够友好,严重限制了大多数科研人员对数据的自主分析。本文创建了一个基于微软Windows操作系统的全功能二代测序数据的生物信息学分析系统,利用该系统经优选实现当前多种高通量测序数据的主流标准化分析流程。通过RNA-Seq的代表性案例,演算实测数据与传统Linux系统驱动的数据分析结果相比较,结果显示,本系统的组件和流程在常用的数据分析过程中,可以基本取代目前主流的Linux服务器或云计算平台,在运行效率相近的情况下,其操作极为简便且成本大大降低。本系统与所配附的编译软件及流程脚本,不仅为测序数据的生物信息学分析实操演练提供全面的解决方案,而且可以直接应用于专业的测序数据分析中。

MassARRAY质谱分析脑胶质瘤6个基因11个突变位点的方法建立与应用

目的:基于MassARRAY质谱分析技术建立脑胶质瘤6个基因11个位点的突变检测方法。方法:通过文献检索并结合对脑胶质瘤分子病理的研究进展,确定了与临床分级、诊断、及预后密切相关的6个靶基因,对目的基因进行突变位点筛选并确定热点突变。按MassARRAY突变位点标示方法和引物设计固定格式,将基因突变位点进行标注,并利用Agena BioScience在线软件,设计突变位点的正、反向扩增引物和延伸引物。收集40例脑胶质瘤患者的石蜡样本建立检测方法,并采用聚合酶链式反应(PCR)联合一代测序方法进行结果验证。结果:筛选出8对扩增引物和11条延伸引物,通过2组多重PCR扩增延伸及质谱解吸电离技术实现11个位点的基因分型检测。与一代测序法相比灵敏度为100%,特异度为97%。结论:成功建立MassARRAY质谱分析脑胶质瘤6个基因11个位点突变检测方法,与一代测序相比质谱分析法更经济和更节约时间。

加权共表达网络分析在肝癌环状RNA研究中的应用

目的应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)研究肝癌组织中环状RNA,以期寻找合适的生物标志物作为肝癌临床诊断指标。方法从GEO数据库下载肝癌数据,通过WGCNA方法深入挖掘分析得到与肝癌发展密切相关的环状RNA,并结合环状RNA-miRNA-mRNA互作数据库筛选靶向miRNA和基因,利用Kaplan-Meier plotter数据库库筛选出来circRNA靶向的microRNA进行生存分析验证,通过DAVID软件对靶向基因进行功能富集分析。结果共检测到3032个circRNA分子;应用WGCNA方法共得到7个模块,其中Turquoise模块与肝癌组织呈正相关(P<0.05);Turquoise模块中circRNA表达量在肝癌组织中均表达上调,且经过在线数据库比对筛选得到2个环状RNA分子(hsa_circ_0064324和hsa_circ_0040827),Pathway富集分析显示,这些靶向基因富集在鞘磷脂信号通路、癌症蛋白聚糖、血小板活化通路、胰腺癌通路、神经胶质细胞瘤、FoxO信号通路、癌症中胆碱代谢通路等多个和癌症相关的通路上。肝癌细胞系中hsa_circ_0064324和hsa_circ_0040827均表达上调,且Kaplan-Meier生存分析发现,hsa-miR-146b-3p、hsa-miR-331-3p、hsa-miR-874-3p和hsa-miR-942-3p高表达与肝癌总体生存期呈负相关(P<0.05)。结论WGCNA方法筛选得到的环状RNA可能作为肝癌临床诊断生物标志物,有助于揭示肝癌发病机制,为研发药物和治疗诊断提供新依据。

利用基因芯片对MxIRT1蛋白膜泡在铁胁迫条件下外排途径的研究

本文以研究缺铁条件下Mx IRT1蛋白膜泡在细胞中的外排途径机制为目的,采用基因芯片方法,发现在铁胁迫环境中,膜泡运输通路相关基因上调表达,推测Mx IRT1蛋白膜泡通过粗面内质网运送至高尔基体,然后通过内体再运送至质膜。该研究有助于进一步研究高等植物中Mx IRT1蛋白相关的铁转运机制。

胃癌前病变分子标志物筛选

本实验旨在研究胃癌前的发生分子机制通过建立人胃粘膜上皮细胞癌前病变细胞模型,利用高通量测序技术在转录水平上分析胃癌前病变细胞与正常胃上皮细胞之间差异表达基因的功能及其编码蛋白的相互作用,筛选出癌前病变相关的关键基因,将多个基因作为分子标记物,并在转录水平上检测这些基因在胃癌细胞系的表达情况。同时结合大样本临床数据的生存曲线和这些基因在胃癌组织中蛋白水平分析,推测这些基因与胃腺癌的生存率密切相关。研究结果表明这些基因有可能作为胃癌前病变诊疗分子标记物组合,这对于实现胃癌前病变分子分型,建立胃癌前病变早期诊治体系提供理论基础有重要意义。

MTA1调控基因网络在胃腺癌中的作用

本研究利用TCGA数据库提供的胃腺癌数据集,结合cBio Cancer Genomics Portal数据库和GeneCards数据库筛选出与肿瘤转移相关基因(MTA1)存在共表达和相互作用的83个基因。利用DAVID、STRING等分析软件发现这些基因主要富集在细胞周期、WNT通路、P53信号通路、胃癌和DNA修复等癌症相关通路上,并进一步利用String数据库和Cytoscape筛选出与MTA1紧密联系基因,同时结合大样本临床数据的生存曲线分析认为这些基因与胃腺癌生存率密切相关,MTA1可能与这些基因相互作用调控细胞增殖,影响胃腺癌细胞侵袭转移。通过研究胃腺癌组织中MTA1调控的基因网络,有助于揭示胃腺癌发病机制。找到有效生物学标记物组合作为胃癌的预测指标,可以为相关药物研发及临床诊断治疗提供新的思路和依据。