基于线粒体COⅠ和16S rRNA基因序列比较分析东海带鱼群体遗传多样性

测定了东海带鱼(Trichiurus lepturus Linnaeus)三个群体(命名为A:122°32′E 29°55′N、B:123°30′E26°75N;C:124°24′E 27°26′N)72个个体的线粒体DNA16S rRNA和COⅠ基因序列,通过单基因序列和联合序列分析,研究了东海带鱼群体的遗传变异情况。分别得到1130 bp的COⅠ基因序列片段和554 bp的16S rRNA序列片段,其中COⅠ基因片段的T、C、A、G含量分别为29.0%、28.9%、24.4%和17.7%;16S rRNA基因片段的T、C、A、G含量分别为22.7%、27.6%、28.0%和21.7%。基于线粒体16S rRNA、COⅠ和16S+COⅠ基因序列分析,72个个体中分别确定43个,8个和49个单倍型,存在单倍型共享现象。群体的单倍型多样性指数为0.9766—0.9992,显示了群体内的单倍型较为丰富。3个群体间各序列平均核苷酸差异数(K)在5.111—9.024和0.0045—0.0076,核苷酸多样性指数(π)为0.0048—0.0084,显示不同带鱼群体遗传多态性丰富。使用邻接法构建的分子进化树揭示同一群体内大部分个体聚在一起。分析结果表明,群体A遗传背景比群体B、群体C较为丰富,群体内部个体差异大于群体间差异,群体间基因交流频率较高,遗传分化不明显,初步判定东海带鱼3个群体的遗传多样性偏低。

舟山带鱼线粒体COI基因SNP位点分析

为探讨舟山带鱼种质状况,本研究利用直接测序法对舟山带鱼线粒体COI基因进行SNP挖掘分析,获得长度一致的985 bp基因片段,检测到22个SNP位点,对SNP位点在样品中分布情况分析,发现部分SNP位点分布情况类似甚至完全相同,推测基于线粒体COI基因片段不同位点突变可能存在关联性。

DNA条形码技术及其在水生动物中的应用

近年来,DNA条形码技术广泛应用于生物种类鉴别研究,大量研究表明,DNA条形码技术操作简便、鉴别效果精准、自动化水平高,能够有效弥补传统形态学鉴别方法不足之处。本文简单概述了DNA条形码技术发展历程、原理特征,并详细介绍了DNA条形码技术在水生动物中的应用,阐述了DNA条形码技术目前存在的主要问题,并对其未来的发展进行展望。

5种蟹类线粒体Cyt b基因序列分析及其系统发育

为研究浙江沿海蟹类系统发育情况,对5种常见蟹类(n=28)的线粒体细胞色素b基因进行扩增,获得650 bp序列片段,其中8个红星梭子蟹样品中检测出4个单倍型,锐齿蟳、锈斑蟳和日本蟳样品中分别检测出2个单倍型,绵蟹中检测出1个单倍型;碱基T、C、A、G和A+T的平均含量分别为37.3%、19.8%、26.5%、15.8%和63.8%,A+T平均含量(63.8%)明显高于G+C(36.2%),符合后生动物线粒体基因碱基偏倚特性;5种蟹类种内遗传距离处于0.000~0.050,种间遗传距离为0.194~0.366,锐齿蟳与绵蟹种间遗传距离最高(0.366),锈斑蟳与日本蟳遗传距离最低(0.194)。通过邻接法构建分子系统树发现蟳属物种首先聚类,然后与同属于梭子蟹科的梭子蟹属物种聚类,最后与绵蟹科绵蟹物种聚类,与相应蟹类形态学分类结果一致。

6种蟹类DNA条形码鉴定技术研究

[目的]研究蟹类DNA条形码技术。[方法]利用PCR技术对浙江沿海6种常见蟹类(n=34)mt DNA COI基因进行扩增,最终获得688 bp基因片段。[结果]7个红星梭子蟹(Portunus sanguinolentus)样品中检测出5个单倍型,5个锐齿蟳(Charybdis acuta)样品中检测出5个单倍型,锈斑蟳(C.feriatus)、日本蟳(C.japonica)、绵蟹(Dromia dehaani)、三疣梭子蟹(P.trituberculatus)样品中检测出单倍型数分别为3、2、2、1;6种蟹类COI基因T、C、A、G的平均含量分别为25.3%、18.2%、36.2%和20.3%,A+T含量为58.5%64.1%;种内变异较小,遗传距离处于0.0000.004,种间遗传距离为0.1430.235;使用最大似然法构建的分子进化树揭示相同物种个体首先聚类,不存在不同物种个体交叉聚类。[结论]COI-L1490/H2198通用引物在蟹类条形码研究中具有普遍适用性,mt DNA COI基因能够作为6种蟹类有效鉴别的DNA条形码,且区分度高、支持形态学分类结果。