生物信息学课程项目式教学模式改革探索

从生物信息学具有实践性强的学科实际出发,在高性能服务器、计算机网络教室及雨课堂教学平台等资源的支持下,对真实问题导向的教学模式进行改革与探索。根据生物信息学领域的真实问题设计课程研究项目,开展项目式教学,促使学生在实践中主动掌握知识;开展线上线下混合式教学并进行形成性评价,提升真实问题项目的教学效果,培养学生良好的学习方法。真实问题导向的生物信息学教学改革将显著提高学生的学习兴趣,提升学生的生物信息学综合能力。

南极磷虾油对衰老模型小鼠抗氧化作用的研究

该文研究了南极磷虾油(antarctic krill oil,AKO)对衰老模型小鼠的抗氧化作用。无特定病原体(specific pathogen free,SPF)级癌症研究学会(institute of cancer research,ICR)健康雄性小鼠培养达到8~10月龄构建衰老模型小鼠,将衰老模型小鼠随机分成4组,每组10只,设置南极磷虾油处理低剂量组(L-AKO)0.075 g/kg·BW、中剂量组(M-AKO)0.150 g/kg·BW、高剂量组(H-AKO)0.450 g/kg·BW和阴性对照组,阴性对照组给予等体积的食用植物油,每天灌胃1次,连续灌胃30 d。30 d后,测定过氧化脂质(lipid peroxide,LPO)含量[以丙二醛(malondialdehyde,MDA)含量计]、还原型谷胱甘肽(reduced glutathione,GSH)含量、超氧化物歧化酶(superoxide dismutase,SOD)活力及蛋白质羰基(protein carbonyl,PCO)含量。结果表明,AKO中、高剂量组能分别显著和极显著提高血清SOD活力(P<0.05,P<0.01)和GSH含量(P<0.05,P<0.01),显著降低血液中LPO含量(P<0.05),PCO含量无显著变化(P>0.05)。研究证明AKO对衰老模型小鼠具有抗氧化作用。

新时代背景下生物信息学课程思政改革

课程思政以专业课程作为依托,帮助学生树立正确的世界观、人生观、价值观,在课程中坚持把立德树人作为中心环节,把思想政治工作贯穿教育教学的全过程,紧跟时代发展脚步,培养创新型、综合型人才。建立思想政治课程成果评价制度,从多维度、多指标、全角度出发,进行学生学习情况的整体考察。同时教师要深度挖掘生物信息学课程中蕴含的思想政治知识,做到能够与时俱进地补充新内容,根据当下的新思想、新要求,设计贴近学生生活、易于学生理解的思政教学方式,实现立德树人的目标。

基于分子对接和靶标特异性打分函数的化合物hERG心脏毒性预测

目的开发基于机器学习的人类快速延迟整流性钾通道基因(the human Etherh-à-go-go-Reloted Gene,hERG)特异性打分函数(RF-hERG-Score),用于预测化合物对hERG的抑制活性(pIC_(50))。方法采用随机森林算法,以AutoDock Vina(传统打分函数)分子对接生成的1847个化合物-hERG复合体结构和实验测定的半抑制浓度(pIC_(50))数据作为训练集进行训练。结果在十倍交叉验证中,RF-hERG-Score比RF-Score(通用打分函数)和AutoDock Vina更准确,其预测的pIC_(50)与实验值的皮尔逊相关系数(Rp)为0.603、斯皮尔曼等级相关系数(Rs)为0.623、均方根误差(RMSE)为0.849。在两组外部测试集中,RF-hERG-Score的Rp、Rs和RMSE也高于其他2种方法,并且优于相应文献报道模型的预测性能。结论RF-hERG-Score提高了hERG抑制剂结合亲和力的预测准确度,为利用计算模拟方法实现药物心脏毒性的较准确预测提供一种新的方案。