目的基于生物信息学表达分析去氢骆驼蓬碱对细粒棘球蚴中EgTP53蛋白(Echinococcus granulosus of Tumor protein p53,EgTP53)的影响。方法将EgTP53蛋白与去氢骆驼蓬碱进行分子对接,从美国国家生物技术信息中心数据库(National Center fo...目的基于生物信息学表达分析去氢骆驼蓬碱对细粒棘球蚴中EgTP53蛋白(Echinococcus granulosus of Tumor protein p53,EgTP53)的影响。方法将EgTP53蛋白与去氢骆驼蓬碱进行分子对接,从美国国家生物技术信息中心数据库(National Center for Biotechnology Information,NCBI)下载EgTP53的氨基酸序列,使用ProtParam蛋白分析工具进行EgTP53蛋白理化性质的预测,通过生信工具ProtScale进行疏水性的预测。使用SignalP5.0在线软件对信号肽进行预测,使用生物学在线软件工具TMHMM分析跨膜区域。借助NetPhos3.1在线软件预测磷酸化位点,利用SOMPA在线软件进行二级结构的预测。使用SWISS-MODEL在线软件对EgTP53的三级结构进行预测,采用IEDB在线软件进行B细胞抗原表位预测。使用MEGA6.0软件构建系统进化树并进行分析;采用实时荧光定量PCR技术检测去氢骆驼蓬碱作用后EgTP53蛋白的mRNA表达水平。结果分子对接结果显示,EgTP53与去氢骆驼蓬碱的对接能量为-4.44 kcal/mol,有良好的对接位点。生物信息学分析EgTP53氨基酸数量1108个,分子量121799.11,等电点9.29,属于亲水性蛋白,有一个信号肽,无跨膜区,有多个磷酸化位点,28个B细胞抗原表位。其中存在TUDOR蛋白结构域,存在2个BRCT保守蛋白结构域。EgTP53与亚洲带绦虫病、带状泡尾绦虫同属一个分支,与长膜带绦虫、矮小齿壳绦虫、微口膜壳绦虫同属绦虫纲,进化关系较近,与智人、家鼠、果蝇进化关系较远。实时荧光定量PCR结果显示去氢骆驼蓬碱干预组的EgTP53蛋白的mRNA表达较空白对照组明显上调。结论生物信息学分析表明EgTP53蛋白具有保守的功能结构域,对接点位稳定性良好,抗原表位多。展开更多
碳青霉烯类耐药革兰阴性菌(CRGNB)的广泛播散是一个全球性的公共卫生问题。CRGNB临床分离株通常呈现广泛耐药或全耐药,对其感染的抗菌治疗方案有限、死亡率高。由感染病临床诊疗、临床微生物、临床药理、医院感染控制及指南方法学等多...碳青霉烯类耐药革兰阴性菌(CRGNB)的广泛播散是一个全球性的公共卫生问题。CRGNB临床分离株通常呈现广泛耐药或全耐药,对其感染的抗菌治疗方案有限、死亡率高。由感染病临床诊疗、临床微生物、临床药理、医院感染控制及指南方法学等多学科专家组成的指南制定小组,根据现有科学证据制定了本临床实践指南,以解答有关CRGNB检测、抗菌治疗及感染预防控制的系列临床优先问题。本指南聚焦于碳青霉烯类耐药肠杆菌目细菌、碳青霉烯类耐药鲍曼不动杆菌和碳青霉烯类耐药铜绿假单胞菌,从当前临床实践的角度提出16个临床问题,采用人群、干预、对照及预后(population,intervention,comparator,outcomes,PICO)格式转换为研究问题,全面收集和综合分析相关研究证据。采用推荐的分级、评估、制定与评价(grading of recommendations,assessment,development and evaluation,GRADE)方法评估相应干预措施的证据体质量、效益及风险,从而制定推荐意见或建议。随机对照临床试验及系统评价获得的结果被优先用于治疗相关临床问题的推荐证据。在缺乏随机对照临床试验的情况下,观察性研究、非对照研究和专家意见被考虑作为补充证据。推荐意见分为强推荐或弱推荐(有条件推荐)。结合中国的临床实践经验,本指南同时提出实施建议,便于指南推荐意见的临床实施。本指南对耐药菌感染诊疗相关的临床医师等多学科专业人员具有参考价值。展开更多
文摘目的基于生物信息学表达分析去氢骆驼蓬碱对细粒棘球蚴中EgTP53蛋白(Echinococcus granulosus of Tumor protein p53,EgTP53)的影响。方法将EgTP53蛋白与去氢骆驼蓬碱进行分子对接,从美国国家生物技术信息中心数据库(National Center for Biotechnology Information,NCBI)下载EgTP53的氨基酸序列,使用ProtParam蛋白分析工具进行EgTP53蛋白理化性质的预测,通过生信工具ProtScale进行疏水性的预测。使用SignalP5.0在线软件对信号肽进行预测,使用生物学在线软件工具TMHMM分析跨膜区域。借助NetPhos3.1在线软件预测磷酸化位点,利用SOMPA在线软件进行二级结构的预测。使用SWISS-MODEL在线软件对EgTP53的三级结构进行预测,采用IEDB在线软件进行B细胞抗原表位预测。使用MEGA6.0软件构建系统进化树并进行分析;采用实时荧光定量PCR技术检测去氢骆驼蓬碱作用后EgTP53蛋白的mRNA表达水平。结果分子对接结果显示,EgTP53与去氢骆驼蓬碱的对接能量为-4.44 kcal/mol,有良好的对接位点。生物信息学分析EgTP53氨基酸数量1108个,分子量121799.11,等电点9.29,属于亲水性蛋白,有一个信号肽,无跨膜区,有多个磷酸化位点,28个B细胞抗原表位。其中存在TUDOR蛋白结构域,存在2个BRCT保守蛋白结构域。EgTP53与亚洲带绦虫病、带状泡尾绦虫同属一个分支,与长膜带绦虫、矮小齿壳绦虫、微口膜壳绦虫同属绦虫纲,进化关系较近,与智人、家鼠、果蝇进化关系较远。实时荧光定量PCR结果显示去氢骆驼蓬碱干预组的EgTP53蛋白的mRNA表达较空白对照组明显上调。结论生物信息学分析表明EgTP53蛋白具有保守的功能结构域,对接点位稳定性良好,抗原表位多。
文摘碳青霉烯类耐药革兰阴性菌(CRGNB)的广泛播散是一个全球性的公共卫生问题。CRGNB临床分离株通常呈现广泛耐药或全耐药,对其感染的抗菌治疗方案有限、死亡率高。由感染病临床诊疗、临床微生物、临床药理、医院感染控制及指南方法学等多学科专家组成的指南制定小组,根据现有科学证据制定了本临床实践指南,以解答有关CRGNB检测、抗菌治疗及感染预防控制的系列临床优先问题。本指南聚焦于碳青霉烯类耐药肠杆菌目细菌、碳青霉烯类耐药鲍曼不动杆菌和碳青霉烯类耐药铜绿假单胞菌,从当前临床实践的角度提出16个临床问题,采用人群、干预、对照及预后(population,intervention,comparator,outcomes,PICO)格式转换为研究问题,全面收集和综合分析相关研究证据。采用推荐的分级、评估、制定与评价(grading of recommendations,assessment,development and evaluation,GRADE)方法评估相应干预措施的证据体质量、效益及风险,从而制定推荐意见或建议。随机对照临床试验及系统评价获得的结果被优先用于治疗相关临床问题的推荐证据。在缺乏随机对照临床试验的情况下,观察性研究、非对照研究和专家意见被考虑作为补充证据。推荐意见分为强推荐或弱推荐(有条件推荐)。结合中国的临床实践经验,本指南同时提出实施建议,便于指南推荐意见的临床实施。本指南对耐药菌感染诊疗相关的临床医师等多学科专业人员具有参考价值。