挥发性有机物污染环保治理新思路探讨

本文将着重探讨挥发性有机物污染环保治理的新思路,包括先进监测技术和新兴处理技术的应用、可持续实践方法与绿色化学原则的实施、监管框架的建立与完善、环境管理的进一步创新,以最大限度地减少挥发性有机化合物的排放。通过提高产品质量,强调污染预防的重要性,从而引起利益相关者的重视,并成功构建一个全面的框架,使环境管理取得全新成果。

乳腺癌中p53调控增强子的特征与功能分析

先前研究表明p53可参与增强子调控并影响染色体可及性。然而,在乳腺癌中结合p53的增强子特征以及p53与增强子形成的调控网络尚不清楚。为此,通过整合多组学数据,共识别MCF-7细胞中459个p53调控的增强子(Enhp53)。通过比较发现,Enhp53的表达量以及组蛋白修饰信号H3K4me1、H3K4me2、H3K4me3、H3K9ac、H3K27ac均显著高于未结合p53的增强子(Enhno-p53)。通过分析76种转录因子的ChIP-seq数据,共发现了36个与p53协同调控增强子的转录因子,如GATA3、FOXA1以及DPF2。通过分析MCF-7细胞在Nutlin处理前后的RNA-seq数据,在近端调控和远端调控两个层面上共识别了148对Enhp53-mRNAs,其中FOS基因受两个增强子调控并显著影响乳腺癌患者的总生存时间。功能富集分析发现,Enhp53靶基因在DNA损伤、细胞凋亡以及p53介导的肿瘤信号通路中显著富集。上述结果表明Enhp53与Enhno-p53的特征具有显著差异,且p53通过协同其他转录因子共同结合在Enhp53上从而参与乳腺癌的生物进程与信号通路。

乳腺癌增强子-miRNA调控网络识别与分析

乳腺癌发病率位列女性恶性肿瘤之首。先前研究表明增强子可通过调控miRNA影响肿瘤的发生发展。然而,增强子与miRNA在乳腺癌中形成何种调控网络目前尚不清楚。为了探究乳腺癌中增强子与miRNA形成的调控网络,通过分析112个乳腺浸润癌样本和104个正常组织样本,共识别了220对增强子-miRNA调控关系,其中包括220个增强子、56个乳腺癌失调miRNAs。生存分析表明, 6个miRNAs (hsa-mir-195、hsa-mir-671、hsa-mir-3619、hsa-mir-4664、hsa-mir-5003、hsa-mir-5691)的表达水平显著与乳腺浸润癌患者的生存时间相关。进一步的GO/KEGG功能富集分析显示,这6个miRNAs的靶基因显著富集在癌症相关生物学进程与信号通路上。对这6个miRNAs的靶基因进行驱动基因与网络分析,共识别了6个网络关键节点,其中TP53、CCNE2的基因显著与乳腺浸润癌患者的生存时间相关。以上结果为探索增强子与miRNA在乳腺癌中的调控机制提供了理论与方法基础。

肝癌增强子-miRNA调控作用对的识别与特征分析

目的:探讨肝癌和正常肝组织中增强子与miRNA形成的调控关系及调控miRNA的增强子的特征,筛选出由增强子调控的差异表达miRNA并探讨其与肝癌治疗靶点的相关性。方法:基于TCGA与FANTOM5数据库,对肝癌和正常肝组织中共417个样本的增强子与miRNA进行共表达与3D基因组分析得到调控关系。通过ENCODE数据库中肝癌与正常肝组织的组蛋白修饰与转录因子的ChIP-seq数据分析调控miRNA的增强子上信号值的差异。筛选由增强子调控的差异表达的miRNA,并对患者的生存期与治疗靶点进行相关性分析。结果:在肝癌与正常肝组织中分别识别增强子-miRNA作用对93对和40对。ChIP-seq数据比对分析发现,肝癌中组蛋白修饰H3K27ac、H3K4me1和H3K4me3信号在调控miRNA增强子区域显著高于不调控miRNA的增强子区域(|rho|>0.3,P<0.05);多种转录因子在肝癌相关增强子中的富集显著低于正常肝组织(|rho|>0.3,P<0.05)。对增强子调控的miRNA进行差异表达分析,识别了6个与肝癌患者生存相关miRNA(hsa-miR-4664、hsa-miR-5003、hsa-miR-1915、hsa-miR-3619、hsa-miR-4745、hsa-miR-6728),发现这些miRNA与87个用于靶向治疗的基因以及8个免疫检查点基因显著相关(|rho|>0.1,FDR<0.05)。结论:成功在肝癌中识别出增强子-miRNA调控作用对与调控miRNA的增强子的特征,并筛选出由增强子调控的与肝癌患者生存和治疗靶点相关的miRNA,为后续深入开展肝癌的基础与临床研究提供了参考依据。

支原体整合性接合元件基因组分析

目的 探讨支原体整合性接合元件(MICE)的传播特征及其为宿主支原体带来的影响,从基因组水平全面分析其结构、功能、进化、传播和泛基因组学、系统发生关系以及遗传差异的分子基础。方法 收集MICE序列共21条,利用OrthoFinder程序构建其直系同源基因/蛋白质组,并通过比对分析其结构与功能特征,充分利用MICE的基因组数据并综合多个现有基因注释数据库对收集到的MICE所包含的基因进行注释,使用PanGP构建MICE的泛基因组模型,基因含量法构建泛基因组的系统发生树,RDP4对MICE基因组进行重组事件分析,Datamonkey识别MICE基因组中正选择位点,I-TASSER预测蛋白的三维结构,从全基因组角度探讨MICE的进化关系。结果 在收集到的MICE原件419个蛋白中,对其中386个进行了注释,并识别了其核心模块的关键基因:T4SS四型分泌系统、SSB单链结合蛋白和TraE蛋白;对MICE的整合与剪切模块、复制模块、分泌模块进行了定义,使对同类MICE的结构功能进化等分析时更加有迹可循;发现其中有9个MICE携带毒力基因;MICE的泛基因组表现出封闭模式;核心基因树与泛基因树的拓扑结构差异显著;识别了8个直系同源基因组的重组信号,5个直系同源蛋白质组的正选择位点,蛋白质结构预测结果显示这些正选择位点与元件的转移运输相关。结论 普遍将MICE视作一类整合性接合元件(ICE)进行描述可能并不合适,而在泛基因组分析中无核心基因,在核心模块及骨架分析中也明显展示出数种模式。