山东省聊城市2020-2021年小肠结肠炎耶尔森菌食品分离株分子特征分析

目的了解2020-2021年山东省聊城市小肠结肠炎耶尔森菌(Y.e)食品分离株分子特征。方法对聊城市市售生肉与肉制品中Y.e开展分离培养、药敏试验、毒力基因检测、PFGE和全基因组测序(WGS)。利用微生物基因组注释系统对全基因组数据进行拼接组装,对组装基因组开展多位点序列分型(MLST)和核心基因组多位点序列分型(cgMLST),并应用基于WGS的单核苷酸多态性(wg-SNPs)分型方法与美国生物技术信息中心上获取的14株国内外Y.e的基因组进行遗传进化分析。结果165份样品中共检出21株Y.e,检出率为12.73%,20株Y.e测序成功。Y.e携带多种耐药基因和毒力基因,出现多重耐药现象,毒力基因PCR检测显示21株Y.e呈现2种毒力基因特征;PFGE、MLST和cgMLST聚类分析显示,21株Y.e呈高度多样性;wg-SNPs遗传进化分析显示20株Y.e可分为2个进化主分支。结论聊城市生肉与肉制品中分离的Y.e携带多种耐药基因和毒力基因,且分子分型呈现高度多样性,应加强生肉与肉制品中Y.e分子生物学监测,开展基因组测序及分子分型检测工作,为预防由Y.e引起的食源性疾病提供理论依据。