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基于生物信息学分析CCND2在甲状腺乳头状癌中的表达及其对免疫浸润的影响
1
作者
王沁智
宋冰
+4 位作者
郝诗睿
肖志远
金连辉
郑通
柴芳
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第5期981-988,共8页
目的探讨凋亡相关基因细胞周期蛋白D2(CCND2)在甲状腺乳头状癌中的表达及其与临床病理的联系。方法通过公共数据库TCGA、TIMER 2.0和UALCAN获取CCND2的表达情况;采用ROC曲线对甲状腺乳头状癌(PTC)组织和癌旁组织进行鉴别;使用基因本体...
目的探讨凋亡相关基因细胞周期蛋白D2(CCND2)在甲状腺乳头状癌中的表达及其与临床病理的联系。方法通过公共数据库TCGA、TIMER 2.0和UALCAN获取CCND2的表达情况;采用ROC曲线对甲状腺乳头状癌(PTC)组织和癌旁组织进行鉴别;使用基因本体功能注释(GO)对CCND2相关差异基因(DEGs)进行富集分析;使用TIMER数据库和CIBERSORT数据源分析甲状腺癌中CCND2的肿瘤免疫浸润情况;采用RT-qPCR和Western blot检测人甲状腺正常细胞系Nthy-ori-3-1和人甲状腺乳头状癌细胞系TPC-1、BCPAP中CCND2表达量;采用免疫组织化学SABC法检测PTC及癌旁组织中CCND2表达,并探讨其与临床病理的联系。结果TCGA、TIMER2.0、UALCAN分析显示,与癌旁组织相比,CCND2 mRNA在甲状腺癌中高表达(P<0.001),并且与Stage分期、性别、年龄、病理亚型及区域淋巴结受累情况有关(P<0.05);ROC结果显示,截断值为4.983时,CCND2的灵敏度、特异度和准确度分别为83.6%、94.9%和78.5%;GO分析表明CCND2的差异表达与免疫功能有关;TIMER数据库显示,CCND2表达与B细胞、CD4^(+)T细胞、巨噬细胞呈正相关(partial.cor>0,P<0.001),而与CD8^(+)T细胞呈负相关(partial.cor<0,P<0.01)。CIBERSORT数据库显示,CCND2表达与B细胞记忆渗透水平、CD4^(+)T细胞记忆激活状态、M2巨噬细胞表达水平、肥大细胞静息状态和肥大细胞激活状态显著相关(P<0.05)。RT-qPCR及Western blot结果显示,CCND2在细胞系TPC-1、BCPAP中的表达量高于Nthy-ori-3-1(P<0.01)。免疫组织化学结果显示,CCND2在PTC中的阳性表达高于癌旁组织(P<0.05)且与肿瘤大小、淋巴结转移及TNM分期相关(P<0.05)。结论PTC中CCND2表达上调可能与肿瘤进展及免疫细胞浸润密切相关。
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关键词
甲状腺乳头状癌
细胞周期蛋白D2
生物信息学
肿瘤免疫浸润
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职称材料
甲状腺乳头状癌侧颈淋巴结转移相关因素及构建列线图模型
2
作者
金连辉
肖志远
+1 位作者
王沁智
柴芳
《中国老年学杂志》
CAS
北大核心
2023年第17期4142-4146,共5页
目的分析甲状腺乳头状癌(PTC)患者发生侧颈淋巴结转移(LLNM)的相关危险因素。方法回顾性分析123例PTC患者的临床资料,根据术后病理证实侧颈淋巴结是否转移进行分组,并对临床病理特点进行分析,包括性别、年龄、多灶性、肿瘤直径、是否腺...
目的分析甲状腺乳头状癌(PTC)患者发生侧颈淋巴结转移(LLNM)的相关危险因素。方法回顾性分析123例PTC患者的临床资料,根据术后病理证实侧颈淋巴结是否转移进行分组,并对临床病理特点进行分析,包括性别、年龄、多灶性、肿瘤直径、是否腺外侵犯、单双侧癌灶、中央区淋巴结是否转移、T分期、是否脉管浸润、被膜侵犯、肌肉侵犯。结果年龄、肿瘤直径、中央区淋巴结转移(CLNM)是PTC患者发生LLNM的独立危险因素(P<0.05)。对列线图进行内部验证C指数为0.916,95%置信区间0.838~0.993。校正曲线表明模型具有良好一致性,决策曲线(DCA)及临床影响曲线(CIC)表明,该列线图模型有良好的临床实用性。结论年龄、肿瘤直径、CLNM是PTC发生LLNM的独立危险因素。列线图模型可以预测PTC患者发生LLNM的风险为临床提供指导。
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关键词
甲状腺乳头状癌
侧颈区淋巴结转移
预测模型
列线图
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职称材料
题名
基于生物信息学分析CCND2在甲状腺乳头状癌中的表达及其对免疫浸润的影响
1
作者
王沁智
宋冰
郝诗睿
肖志远
金连辉
郑通
柴芳
机构
锦州医科大学附属第一医院甲状腺外科
锦州医科大学附属第一医院内分泌与代谢性疾病科
锦州医科大学附属第一医院麻醉科
衡水市人民医院
营口市人民医院
出处
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第5期981-988,共8页
基金
辽宁省科技厅自然科学基金(2021-MS-333)。
文摘
目的探讨凋亡相关基因细胞周期蛋白D2(CCND2)在甲状腺乳头状癌中的表达及其与临床病理的联系。方法通过公共数据库TCGA、TIMER 2.0和UALCAN获取CCND2的表达情况;采用ROC曲线对甲状腺乳头状癌(PTC)组织和癌旁组织进行鉴别;使用基因本体功能注释(GO)对CCND2相关差异基因(DEGs)进行富集分析;使用TIMER数据库和CIBERSORT数据源分析甲状腺癌中CCND2的肿瘤免疫浸润情况;采用RT-qPCR和Western blot检测人甲状腺正常细胞系Nthy-ori-3-1和人甲状腺乳头状癌细胞系TPC-1、BCPAP中CCND2表达量;采用免疫组织化学SABC法检测PTC及癌旁组织中CCND2表达,并探讨其与临床病理的联系。结果TCGA、TIMER2.0、UALCAN分析显示,与癌旁组织相比,CCND2 mRNA在甲状腺癌中高表达(P<0.001),并且与Stage分期、性别、年龄、病理亚型及区域淋巴结受累情况有关(P<0.05);ROC结果显示,截断值为4.983时,CCND2的灵敏度、特异度和准确度分别为83.6%、94.9%和78.5%;GO分析表明CCND2的差异表达与免疫功能有关;TIMER数据库显示,CCND2表达与B细胞、CD4^(+)T细胞、巨噬细胞呈正相关(partial.cor>0,P<0.001),而与CD8^(+)T细胞呈负相关(partial.cor<0,P<0.01)。CIBERSORT数据库显示,CCND2表达与B细胞记忆渗透水平、CD4^(+)T细胞记忆激活状态、M2巨噬细胞表达水平、肥大细胞静息状态和肥大细胞激活状态显著相关(P<0.05)。RT-qPCR及Western blot结果显示,CCND2在细胞系TPC-1、BCPAP中的表达量高于Nthy-ori-3-1(P<0.01)。免疫组织化学结果显示,CCND2在PTC中的阳性表达高于癌旁组织(P<0.05)且与肿瘤大小、淋巴结转移及TNM分期相关(P<0.05)。结论PTC中CCND2表达上调可能与肿瘤进展及免疫细胞浸润密切相关。
关键词
甲状腺乳头状癌
细胞周期蛋白D2
生物信息学
肿瘤免疫浸润
Keywords
papillary thyroid carcinoma
Cyclin D2
bioinformatics
tumor immune infiltration
分类号
Q811.4 [生物学—生物工程]
R736.1 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
甲状腺乳头状癌侧颈淋巴结转移相关因素及构建列线图模型
2
作者
金连辉
肖志远
王沁智
柴芳
机构
锦州医科大学附属第一医院甲状腺外科
出处
《中国老年学杂志》
CAS
北大核心
2023年第17期4142-4146,共5页
文摘
目的分析甲状腺乳头状癌(PTC)患者发生侧颈淋巴结转移(LLNM)的相关危险因素。方法回顾性分析123例PTC患者的临床资料,根据术后病理证实侧颈淋巴结是否转移进行分组,并对临床病理特点进行分析,包括性别、年龄、多灶性、肿瘤直径、是否腺外侵犯、单双侧癌灶、中央区淋巴结是否转移、T分期、是否脉管浸润、被膜侵犯、肌肉侵犯。结果年龄、肿瘤直径、中央区淋巴结转移(CLNM)是PTC患者发生LLNM的独立危险因素(P<0.05)。对列线图进行内部验证C指数为0.916,95%置信区间0.838~0.993。校正曲线表明模型具有良好一致性,决策曲线(DCA)及临床影响曲线(CIC)表明,该列线图模型有良好的临床实用性。结论年龄、肿瘤直径、CLNM是PTC发生LLNM的独立危险因素。列线图模型可以预测PTC患者发生LLNM的风险为临床提供指导。
关键词
甲状腺乳头状癌
侧颈区淋巴结转移
预测模型
列线图
分类号
R73 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于生物信息学分析CCND2在甲状腺乳头状癌中的表达及其对免疫浸润的影响
王沁智
宋冰
郝诗睿
肖志远
金连辉
郑通
柴芳
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
下载PDF
职称材料
2
甲状腺乳头状癌侧颈淋巴结转移相关因素及构建列线图模型
金连辉
肖志远
王沁智
柴芳
《中国老年学杂志》
CAS
北大核心
2023
0
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职称材料
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