基于全基因组测序分析1起产气荚膜梭菌导致的腹泻暴发事件

目的对1起产气荚膜梭菌导致腹泻暴发事件进行病原学分析。方法采集病例肛拭子样本和环境涂抹样本,肛拭子样本增菌前后分别进行产气荚膜梭菌plc和cpe基因荧光PCR检测和产气荚膜梭菌分离培养,对分离菌落进行全自动生化鉴定和飞行时间质谱鉴定。对鉴定为产气荚膜梭菌的分离株进行全基因组测序,分析菌株携带毒力基因和耐药基因情况,基于全部分离株核心基因组单核苷酸多态性进行遗传聚集性分析。结果未增菌的病例肛拭子cpe和plc基因检出率分别为46.15%(6/13)和53.85%(7/13),基于BHI厌氧增菌后病例肛拭子cpe和plc基因检出率分别为38.46%(5/13)和53.85%(7/13);10名病例肛拭子分离到产气荚膜梭菌,均为F生物型(携带毒力基因分布plc+/cpb-/etx-/iA-/cpe+/cpb2+/netB-),10个分离株基于cgSNP构建的聚类树形成2个相互独立且遗传距离较远的分支,Lineage 1仅分布1株,为ST589,携带耐药基因为erm(Q),Lineage 2分布9株,为ST149,携带耐药基因为tetB(P),为一组高度克隆化的菌株。结论本次暴发事件由F型产气荚膜梭菌所导致,且多数病例感染一组cpe+高度克隆化菌株。全基因组测序技术可应用于产气荚膜梭菌暴发事件病原学分析,基于肛拭子样本的产气荚膜梭菌增菌方法和分子筛查方法有待开发和应用。

北京一起副溶血性弧菌和非O1/O139霍乱弧菌共感染导致急性胃肠炎暴发事件病原检测分析

目的对一起副溶血性弧菌和非O1/O139霍乱弧菌共感染导致急性胃肠炎暴发事件进行实验室病原学分析。方法采用实时荧光PCR方法对4个病例肛拭子、12件可疑污染食品和8件环境涂抹的增菌液进行多种腹泻病原检测,将副溶血性弧菌和霍乱弧菌分离培养,并对分离株进行全基因组测序,获取菌株毒力基因和耐药基因,基于核心基因组单核苷酸多态性构建聚类树。结果4件病例肛拭子增菌液荧光PCR检测副溶血性弧菌结果均为toxRVP+/tdh+/trh-,其中2件肛拭子荧光PCR检测霍乱弧菌结果为阳性。病例肛拭子副溶血性弧菌培养法检出率为100%(4/4),分离株均为toxR_(VP)+/tdh+/trh-,血清型均为O4:KUT;病例肛拭子霍乱弧菌培养法检出率为50%(2/4),均为非O1/O139血清型,其中1分离株为toxR_(VC)+/ctx-/t3ss+。可疑污染食品副溶血性弧菌培养法检出率为66.67%(8/12),环境涂抹副溶血性弧菌检出率为12.50%(1/8),可疑污染食品和环境副溶血性弧菌分离株均为toxR_(VP)+/tdh-/trh-;可疑污染食品霍乱弧菌检出率为25.00%(3/12),分离株均为toxR_(VC)+/ctx-/t3ss-。基于病例、可疑污染食品和环境分离副溶血性弧菌形成10个相互独立且遗传距离较远的分支,全部病例分离株处在同一分支,为高度克隆化分支。分离自2个病例和3件可疑污染食品的霍乱弧菌分离株形成5个相互独立且遗传距离较远的分支。结论本次暴发事件由副溶血性弧菌和非O1/O139霍乱弧菌共感染导致;弧菌共感染暴发事件中应加强多病原荧光PCR的辅助检测和菌株基因组特征分析,优化弧菌优化培养路径。

一起食源性疾病暴发事件分离的2种血清型沙门菌的病原学分析

目的对一起食源性疾病暴发事件中分离的2种血清型沙门菌进行病原学分析。方法采集2022年9月8日某学校暴发事件中病例肛拭子11件、可疑污染食品13件和环境样本10件;对病例肛拭子分别使用亚硒酸盐煌绿增菌液和脑心浸液肉汤(BHI)进行增菌培养,在完成常见肠道病原菌荧光PCR检测后,根据结果开展相应致病菌的分离培养;对可疑污染食品参照食品安全国家标准进行检测;每份肛拭子样本和食品样本均挑取多个疑似沙门菌菌落进行血清学凝集和全基因组测序;根据全基因组测序结果确定沙门菌血清型,基于菌株核心基因组单核苷酸多态性(SNP)进行聚类分析。结果病例肛拭子和可疑污染食品沙门菌检出率分别为9/11和5/13,其中4例病例肛拭子和4件可疑污染食品样本均分离到2种血清型沙门菌(乌干达沙门菌和伊迪坎沙门菌),其余阳性样本分离沙门菌均为单一乌干达沙门菌血清型或单一伊迪坎沙门菌血清型。11件病例肛拭子样本接种BHI增菌液后12 h和24 h沙门菌荧光PCR检出率均为9/11,与分离培养结果一致。2种血清型沙门菌在基于核心基因组SNP构建的聚类树中形成2个相互独立且遗传距离较远的分支,而每一种血清型沙门菌也表现出基因组多态性,乌干达沙门菌之间SNP差异个数介于0~14个,伊迪坎沙门菌之间SNP差异个数介于0~23个。结论本次事件为乌干达沙门菌和伊迪坎沙门菌共同导致食源性疾病暴发事件,基于BHI对病例肛拭子增菌并进行沙门菌荧光PCR检测的方案可在暴发中应用。