红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)是中国北方重要的海水养殖鱼类。本研究通过Illumina测序技术对13月龄和15月龄红鳍东方鲀的脑组织和肌肉组织共12个样本进行了转录组测序与分析。结果表明:在脑组织样本中平均共得到5510万条原始reads,在...红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)是中国北方重要的海水养殖鱼类。本研究通过Illumina测序技术对13月龄和15月龄红鳍东方鲀的脑组织和肌肉组织共12个样本进行了转录组测序与分析。结果表明:在脑组织样本中平均共得到5510万条原始reads,在肌肉组织样本中平均共得到5482万条原始reads。在15月龄相对13月龄脑(BB15 vs BB13)中筛选到554个差异基因,其中234个上调表达基因,320个下调表达基因。15月龄相对13月龄肌肉(MB15 vs MB13)中筛选到380差异基因,其中253个上调表达基因,127个下调表达基因。GO富集结果将差异基因分为生物过程、细胞组成、分子功能三个层面。根据KEGG代谢通路分析,在BB15 vs BB13中,注释到163个差异基因,共富集到82条通路上,其中MAPK信号通路和神经信号传递通路的富集程度最高。在MB15 vs MB13中注释到138个差异基因,富集到97条通路上,其中也是MAPK信号通路富集程度最高。共筛选出3个可能与生长相关基因MSTN2、IER2、C-FOS。研究结果为今后开展红鳍东方鲀的基因研究提供了有价值的参考信息,也为改善养殖红鳍东方鲀的生长、抗逆和抗病能力的研究提供科学依据。展开更多
文摘为了探究养殖红鳍东方鲀肠组织和胃组织在主要功能上的差异性,本研究选择一龄红鳍东方鲀通过转录组测序方法,比较肠和胃2种组织在基因表达上的差异性。研究分析发现:在胃组织中测出的碱基数均大于4.89×10^(7) bp,在肠组织中测出的碱基数均大于5.42×10^(7) bp。在肠相对胃(SA13 vs IA13)的比较中共获得3564个差异表达基因,其中2167个上调表达,1397个下调表达。在GO富集结果中的酶调节活动、细胞骨架结合、跨膜转运蛋白活性等功能存在显著富集。在KEGG的富集分析中发现大量与代谢有关的通路存在显著富集,这些代谢通路中大多数的差异基因在肠中表达量高于胃,呈下调表达。此外在粘着连接、紧密连接、细胞粘附分子等通路中也存在显著富集,而其中大多数的基因呈上调表达。研究中筛选到6个差异表达基因并通过RT-qPCR方法进行验证,验证结果与转录组测序结果保持一致。研究结果为今后养殖红鳍东方鲀饵料选择和提高饵料系数提供思路,也为其他生物肠道基因的研究提供参考。
文摘红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)是中国北方重要的海水养殖鱼类。本研究通过Illumina测序技术对13月龄和15月龄红鳍东方鲀的脑组织和肌肉组织共12个样本进行了转录组测序与分析。结果表明:在脑组织样本中平均共得到5510万条原始reads,在肌肉组织样本中平均共得到5482万条原始reads。在15月龄相对13月龄脑(BB15 vs BB13)中筛选到554个差异基因,其中234个上调表达基因,320个下调表达基因。15月龄相对13月龄肌肉(MB15 vs MB13)中筛选到380差异基因,其中253个上调表达基因,127个下调表达基因。GO富集结果将差异基因分为生物过程、细胞组成、分子功能三个层面。根据KEGG代谢通路分析,在BB15 vs BB13中,注释到163个差异基因,共富集到82条通路上,其中MAPK信号通路和神经信号传递通路的富集程度最高。在MB15 vs MB13中注释到138个差异基因,富集到97条通路上,其中也是MAPK信号通路富集程度最高。共筛选出3个可能与生长相关基因MSTN2、IER2、C-FOS。研究结果为今后开展红鳍东方鲀的基因研究提供了有价值的参考信息,也为改善养殖红鳍东方鲀的生长、抗逆和抗病能力的研究提供科学依据。