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题名不同组装软件在系统发育基因组学中的应用比较
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作者
王耀卓
张文强
张俊霞
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机构
河北大学生命科学学院
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出处
《河北大学学报(自然科学版)》
CAS
北大核心
2023年第2期171-178,共8页
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基金
国家自然科学基金资助项目(32070422)
河北大学高层次人才科研启动项目(521000981324)。
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文摘
为了筛选出最适合于超级保守元件(ultra-conserved elements,UCE)序列组装的软件,分别使用5款组装软件SPAdes、ABySS、Velvet、Trinity和Minia对17个UCE捕获测序文库进行组装.结果发现:5款组装软件对UCE数据的组装结果不同,Trinity组装所耗时间明显比其他软件长;SPAdes和Trinity的组装结果较好,得到的可观长度的重叠群(contigs)总数较多,产生的长片段(>250 bp)contigs较其他3款软件更多,但是SPAdes捕获到的UCE数量最多,因此,相比于其他4款组装软件,SPAdes更适合UCE数据的组装.本研究为基于UCE的系统发育基因组学分析提供了参考.
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关键词
数据分析
超级保守元件
系统发育基因组学
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Keywords
data analysis
UCE
phylogenomics
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分类号
Q951
[生物学—动物学]
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