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番鸭下丘脑组织的RNA-Seq特征分析
被引量:
8
1
作者
王旭平
杨胜林
+6 位作者
柳诚刚
陆曼
杨汝才
谭斌
周美迪
王达娜
李潇蒙
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2018年第3期604-611,共8页
为筛选番鸭下丘脑组织中的基因组信息,本研究以NCBI数据库中已标注的绿头鸭基因组(登录号:BGI_duck_1.0)为参照,利用RNA-Seq技术对番鸭下丘脑组织基因表达水平,以及可变剪切事件、SNPs及InDel进行筛选。结果显示,共鉴定出14 619个基因表...
为筛选番鸭下丘脑组织中的基因组信息,本研究以NCBI数据库中已标注的绿头鸭基因组(登录号:BGI_duck_1.0)为参照,利用RNA-Seq技术对番鸭下丘脑组织基因表达水平,以及可变剪切事件、SNPs及InDel进行筛选。结果显示,共鉴定出14 619个基因表达(FPKM≥1),占筛选出总基因数的72.7%。共有5 034个基因发生了7 528次可变剪切,其中外显子跳跃占92.76%,第一个外显子可变剪切和内含子滞留所占比例最小,共占总数的0.027%。通过RNA-Seq技术,本研究还筛选到646 423个SNP位点和77 712个InDel位点。对SNPs和InDel所在的基因进行功能注释发现,这些基因主要参与分子功能、生物过程和细胞组成过程。通过KEGG通路分析发现,出现SNPs和InDel所在基因主要富集在内分泌调节和神经行为调节的相关通路上,表明下丘脑既可参与内分泌调节,又参与动物的神经行为调节。本研究筛选出的数据不仅丰富了番鸭的遗传信息,而且也建立了番鸭相关基因的SNPs和InDel的数据库,这为番鸭的遗传育种工作及相关功能基因的具体定位提供了可靠依据,同时也为以后番鸭行为的研究提供了一定的参考价值。
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关键词
转录组
番鸭
下丘脑
可变剪切
单核苷酸多态性
插入缺失标记
下载PDF
职称材料
大豆食心虫及其防治方法
2
作者
王达娜
《吉林农业》
2003年第8期19-19,共1页
大豆食心虫又称蛀荚蛾,幼虫蛀入豆荚咬食豆粒,严重的将豆粒吃掉大半,豆荚内充满虫粪,降低大豆的产量和品质,为保证大豆提质增产,必须做好大豆食心虫的防治工作.
关键词
大豆
食心虫
防治方法
发生特点
鉴别技术
下载PDF
职称材料
题名
番鸭下丘脑组织的RNA-Seq特征分析
被引量:
8
1
作者
王旭平
杨胜林
柳诚刚
陆曼
杨汝才
谭斌
周美迪
王达娜
李潇蒙
机构
贵州大学动物科学学院
高原山地动物遗传育种与繁殖省部共建教育部重点实验室
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2018年第3期604-611,共8页
基金
国家自然科学基金项目(31360566)
贵州省科技厅农业重大专项项目(黔科合重大专项字2012-6004号)
+3 种基金
贵州省科技厅农业攻关项目(黔科合NY[2015]3006-2号)
贵州省教育厅科技成果转化与产业化项目(黔教合KY字[2017]056号)
贵州省科技成果应用与产业的计划项目(黔科合成果[2017]-4110号)
贵州省科技支撑计划项目(黔科合支持[2017]2539号)
文摘
为筛选番鸭下丘脑组织中的基因组信息,本研究以NCBI数据库中已标注的绿头鸭基因组(登录号:BGI_duck_1.0)为参照,利用RNA-Seq技术对番鸭下丘脑组织基因表达水平,以及可变剪切事件、SNPs及InDel进行筛选。结果显示,共鉴定出14 619个基因表达(FPKM≥1),占筛选出总基因数的72.7%。共有5 034个基因发生了7 528次可变剪切,其中外显子跳跃占92.76%,第一个外显子可变剪切和内含子滞留所占比例最小,共占总数的0.027%。通过RNA-Seq技术,本研究还筛选到646 423个SNP位点和77 712个InDel位点。对SNPs和InDel所在的基因进行功能注释发现,这些基因主要参与分子功能、生物过程和细胞组成过程。通过KEGG通路分析发现,出现SNPs和InDel所在基因主要富集在内分泌调节和神经行为调节的相关通路上,表明下丘脑既可参与内分泌调节,又参与动物的神经行为调节。本研究筛选出的数据不仅丰富了番鸭的遗传信息,而且也建立了番鸭相关基因的SNPs和InDel的数据库,这为番鸭的遗传育种工作及相关功能基因的具体定位提供了可靠依据,同时也为以后番鸭行为的研究提供了一定的参考价值。
关键词
转录组
番鸭
下丘脑
可变剪切
单核苷酸多态性
插入缺失标记
Keywords
transcriptome
Muscovy duck
hypothalamus
alternative splice
SNPs
InDel
分类号
Q786 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
大豆食心虫及其防治方法
2
作者
王达娜
机构
农安县伏龙泉镇农业站
出处
《吉林农业》
2003年第8期19-19,共1页
文摘
大豆食心虫又称蛀荚蛾,幼虫蛀入豆荚咬食豆粒,严重的将豆粒吃掉大半,豆荚内充满虫粪,降低大豆的产量和品质,为保证大豆提质增产,必须做好大豆食心虫的防治工作.
关键词
大豆
食心虫
防治方法
发生特点
鉴别技术
分类号
S435.651 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
番鸭下丘脑组织的RNA-Seq特征分析
王旭平
杨胜林
柳诚刚
陆曼
杨汝才
谭斌
周美迪
王达娜
李潇蒙
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2018
8
下载PDF
职称材料
2
大豆食心虫及其防治方法
王达娜
《吉林农业》
2003
0
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职称材料
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