动脉粥样硬化患者血液转录组中关键基因的筛选

[目的]基于血液转录组学探讨动脉粥样硬化患者血液转录组中的关键基因。[方法]从GEO数据库中选取三个数据集GSE12288、GSE27034和GSE90074,进行合并和归一化处理,分析动脉粥样硬化患者和对照者外周血样本之间的差异基因,对差异表达基因进行富集分析,然后对所有基因进行加权基因共表达网络分析,利用差异表达基因构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用CytoHubba基于共表达网络和PPI网络筛选关键基因。通过RT-qPCR检测关键基因的表达。[结果]在动脉粥样硬化患者和对照者之间鉴定出74个下调基因和145个上调基因,通过GO和KEGG富集分析发现其主要在中性粒细胞活化、粒细胞活化、细胞因子-细胞因子受体相互作用和趋化因子信号通路等方面显著富集。此外,还鉴定出共表达网络中的前10个基因和PPI网络中的前20个基因,其中PRF1、NKG7、GZMB和CCL5在PPI网络和共表达网络中具有较高的核心地位。RT-qPCR结果显示,与非冠状动脉动脉粥样硬化者相比,冠状动脉粥样硬化患者外周静脉血外周血单个核细胞(PBMC)中PRF1和GZMB的mRNA表达水平显著降低(P<0.05),而NKG7和CCL5的mRNA表达水平显著升高(P<0.05)。[结论]PRF1、GZMB、NKG7和CCL5可能是动脉粥样硬化患者血液转录组中的关键基因,有望成为诊断和治疗动脉粥样硬化的潜在生物学标志。