红树林沉积物中可培养细菌的分离及其系统进化分析

红树林沉积物蕴含着丰富的微生物资源,其中红树林细菌具有重要的开发利用价值。为了解红树林细菌资源多样性及其分布,采用稀释涂布培养法对三亚市青梅港红树林湿地保护区沉积物中可培养细菌进行分离和系统进化分析,共分离得到47株菌株,分属于4门7纲16目18科29属沉积物。在门水平上,主要包括变形菌门(Proteobacteria)(51.06%)、厚壁菌门(Firmicutes)(21.27%)、拟杆菌门(Bacteroidetes)(19.14%)和放线菌门(Actinobacteria)(8.51%)。丰度前10的属主要有弧形菌属Vibrio(12.77%)、Salipiger(10.64%)、Novosphingobium(6.38%)、Qipengyuania(6.38%)、微杆菌属Microbacterium(4.26%)、Rossellomorea(4.26%)、微泡菌属Microbulbifer(4.26%)、Muricauda(4.26%)、芽孢杆菌属Bacillus(4.26%)及不动杆菌属Acinetobacter(2.13%)。通过16S rDNA序列分析发现,有5株细菌的16S rDNA序列与其模式菌株的最大相似性在96.00%~97.00%之间,它们是潜在的新种资源。以上结果表明,三亚市青梅港红树林沉积物中可培养细菌多样性较为丰富。

八门湾红树林土壤放线菌多样性及抗病原菌活性分析

红树林土壤中蕴藏着丰富的放线菌资源,是新菌种的重要来源。为获得更多新的放线菌资源以用于开发新的生物活性化合物,了解放线菌的多样性是非常重要和必要的。研究采用扩增子高通量测序和传统培养法对八门湾红树林土壤放线菌进行了非培养和培养水平多样性研究,同时对其抗病原菌活性进行了分析。对于非培养水平多样性研究,与细菌通用引物相比,利用放线菌相关引物可以提高放线菌丰度的检测水平,其百分比含量提高2.47倍;可以检测到放线菌门更多的目、科和属;对于在目水平上的放线菌类群组成来说,Acidimicrobiales、Corynebacteriales、Gaiellales、Kineosporiales、Solirubrobacterales是优势类群,但是在用两对不同引物得到的结果中,其百分含量差异较大。放线菌相关引物更适合环境样品中放线菌多样性的分析。对于培养水平多样性研究,分离到256株放线菌,属于7个目、9个科、14个属,Shannon-Wiener多样性指数为1.32,Streptomyces(42.58%)和Micromonospora(42.19%)是优势属;与模式菌株的相似性小于98.5%的有13株,其中菌株HA161004和HA161010与Amycolatopsis thermoflava N1165T相似性分别为95.56%和96.80%,是潜在新种。病原微生物拮抗活性测定表明,来自9个属的92株代表性菌株具有抗病原菌活性,其中对Colletotrichum gloeosporioides、Fusarium oxysporum、Escherichia coli、Staphylococcus aureus和Vibrio neocaledonicus有拮抗活性的菌株数量分别为71、25、6、9和19株。研究为选择更合适的引物以便更客观地反映环境中放线菌多样性提供了数据支持,同时也为后续红树林放线菌资源收集、活性评价和开发利用提供菌种保障。