基于脂质代谢与内质网应激的肾透明细胞癌免疫浸润及预后预测模型

目的基于脂质代谢与内质网应激相关基因构建肾透明细胞癌(ccRCC)免疫浸润及预后的风险预测模型。方法下载癌症基因组图谱(TCGA)数据库中ccRCC转录组数据进行差异分析,对差异表达基因(DEGs)与脂质代谢与内质网应激相关基因进行整合,筛选8个预后相关基因(LERGs)。利用最小绝对收宿和选择算子(LASSO)方法进一步筛选出5个基因用于构建预测模型。结果预测模型具有良好的预测性能,曲线下面积(AUC)为0.7;构建风险评分模型的5个基因的单因素Cox回归显示HSD11B1、CYP21A2、IL6、F2和ADIPOQ均为ccRCC患者预后的危险因素;高风险组患者中死亡事件显著高于低风险患者,Fuhrman分级高肿瘤的比例明显高于低风险组,病理T分期高的比例高于低风险组,而抗肿瘤免疫细胞浸润情况差于低风险组,且高低风险组最化疗药物敏感性存在显著差异(P<0.05)。结论基于脂质代谢与内质网应激相关基因构建的风险预测模型对ccRCC患者的免疫浸润及预后预测价值较高。

基于生物信息学分析通用转录因子IIH对前列腺癌预后的影响

目的探讨转录起始前复合物中通用转录因子IIH(TFIIH)在前列腺癌(PCa)中的遗传、表达特征及其与PCa预后的关系。方法通过分析癌症基因图谱-PCa数据库(TCGA-PRAD)中495例PCa组织及52例癌旁组织TFIIH亚基的表达特征及临床意义。再通过PCa微阵列芯片验证TFIIH中的关键因子通用转录因子IIH亚基4(GTF2H4)与临床特征[病理分期、生化复发(BCR)以及格里森评分]的相关性。结果495例PCa患者年龄为(61.01±6.82)岁。ERCC3、GTF2H4、MNAT1在格里森评分≥8的PCa组织中mRNA表达量较高(P<0.05)。GTF2H4、MNAT1的表达量与病理分期相关(P<0.05)。高表达GTF2H4的PCa患者的BCR率较高(HR=2.47,95%CI:1.62~3.77,P<0.001),同时其对PCa患者BCR预测效果在各亚基中最好[3、5、7年受试者工作特征曲线下面积(AUC)均>0.7],并在额外4个数据库中得到验证。480例PCa样本中,9例发生了TFIIH亚基的突变,占比1.87%。其中3例为ERCC2亚基突变,2例为GTF2H3亚基突变,GTF2H1、GTF2H4、CCNH、CDK7亚基突变各1例。单因素Cox回归分析显示GTF2H4为BCR的危险因素(HR=2.470,95%CI:1.620~3.767,P<0.001),GTF2H5为保护因素(HR=0.506,95%CI:0.336~0.762,P=0.001)。免疫组织化学染色评分结果显示GTF2H4的蛋白表达量与患者临床特征相关,差异均有统计学意义。结论TFIIH中的关键因子GTF2H4在PCa中高表达并提示预后欠佳。