整合转录组测序数据鉴定影响猪肉质性状的差异表达基因

【目的】整合中国地方猪和瘦肉型猪的转录组测序数据,鉴定中国地方猪和瘦肉型猪背最长肌组织中的差异表达基因(DEGs),找出导致二者肉质性状差异的潜在候选基因,以期为猪肉品质研究提供参考。【方法】整合自测数据以及NCBI-SRA数据库下载的中国地方猪和瘦肉型猪的原始测序数据,包括8个中国地方猪品种的32个样本和2个瘦肉型猪品种的14个样本,对数据进行过滤、质控、比对、统计后使用R语言DEseq2包筛选差异表达基因,并进行基因富集及蛋白互作(PPI)分析。【结果】通过差异表达分析共鉴定出191个差异表达基因,其中中国地方猪相较于瘦肉型猪有149个基因表达上调,42个基因表达下调。通过基因富集分析得到9条显著富集通路,差异表达基因可能通过调控脂肪沉积和代谢、糖代谢、胰岛素生成、能量代谢、色素沉积等过程影响肉质性状。通过PPI分析鉴定出21个在调控网络中发挥重要作用的基因,其中FABP3、SLC38A4、KIT、LDHB基因处于PPI网络的核心位置。【结论】试验鉴定出FABP3、CTSL、PLIN5、SLC38A4、KIT、APPL1、IDNK、LDHB、ND6、SLC39A8、GPR27、KCNJ13等基因与中国地方猪和瘦肉型猪肉质性状差异有关,直接或间接地调控了肉质性状。研究结果为新基因的挖掘及调控猪肉质性状基因的探究提供了理论依据。

猪不同类型肌肉组织转录组的系统分析

本研究收集了公共数据库中猪的背最长肌、腰大肌、臀中肌、半腱肌的转录组数据(共计548个样本数据),通过差异表达分析、权重基因共表达网络分析、GO和KEGG分析、PPI网络分析,揭示猪不同类型肌肉组织的表达机制并筛选出关键基因。结果表明,不同肌肉组织间鉴定出大量差异表达基因,其中部分关键基因,如ND1、ND2、COX2、COX3等,参加了线粒体的电子传递过程,与氧化磷酸化、能量代谢等通路相关,SLC4A9参与肌肉细胞内的酸碱平衡调节,ERN2基因参与细胞凋亡调控以及转录过程,基因间相互作用影响猪不同类型肌肉的生物学功能。本研究结果将有助于今后更全面地了解猪肌肉的发育、功能和性能,为未来的研究提供新的思路。

乳酸菌在水产养殖中的研究进展

简述了乳酸菌可分为乳杆菌属、片球菌属、肠球菌属和乳球菌属等,其通过清除自由基、螯合金属离子、增加抗氧化酶水平和调节微生物群来发挥抗氧化作用;介绍了乳酸菌作为饲料添加剂在水产养殖中的应用现状。指出,随着我国绿色水产养殖的发展,乳酸菌在水产养殖中越来越发挥着重要作用,对乳酸菌的有效性、特异性和多样性提出了更高的要求。提出,应筛选特异性功能菌株,利用现代生物技术不断增强乳酸菌产品的功能,有针对性地使用乳酸菌产品,建立可持续、稳定、安全的水产养殖微生态系统。