可变剪接及其在畜禽育种中的研究与应用

可变剪接是指个体发育或者细胞分化时有选择地越过某些外显子或某个剪接点进行变位剪接,从而产生组织或发育阶段特异性mRNA的过程。通过可变剪接,生物体可以由单个基因产生多个不同的蛋白质异构体,从而导致大量的蛋白质变异。因此,可变剪接在动物生长发育和生理代谢等过程中发挥重要的调控作用。本文对可变剪接的类型、鉴定方法及其对畜禽各种经济性状的影响进行了总结,并展望了其在畜禽育种中的应用前景,以期为畜禽育种改良进行提供新思路。

基于重测序的民猪与大白猪SLAⅠ类基因多态性及抗病潜能差异分析

不同中外猪种对疾病的抵抗能力有一定差异,原因之一是不同猪种猪白细胞抗原(swine leukocyte antigen,SLA)分子的多样性不同。本研究旨在探究中外猪种的SLA基因差异,为阐明地方猪的抗病机理提供重要参考。本研究首先对健康的8头民猪以及4头大白猪进行基因组重测序,并对所获得的SNP进一步质控用于后续分析。使用VCFtools、GEVALT软件分析SLAⅠ类基因的SNP以及单倍型,并将SNP利用ENSEMBL中的VEP工具进行注释,在全局层面阐述两个猪种的SLAⅠ类基因多样性。通过Mega软件比对两猪种的经典SLAⅠ类基因外显子2和3的核苷酸及编码氨基酸序列,利用Expasy服务器上的ProtParam工具和Protscale程序分析蛋白质特性,并利用DnaSP软件计算核苷酸多样性,分析两个猪种经典SLAⅠ类基因抗原递呈能力的差异。结果表明,民猪的SLAⅠ类基因具有更多的SNPs和长度较短的单倍型块,并且错义突变的碱基数量较多。在经典SLAⅠ类基因的外显子2和3可分别鉴定出2个等位基因,民猪在等位基因上的核苷酸多样性要明显高于大白猪,并且民猪具有更多的碱基突变以及位于抗原结合位点上的氨基酸突变。两个猪种的经典SLAⅠ类基因氨基酸表现为亲水性,民猪的亲水性要强于大白猪。综上所述,SLAⅠ类基因在民猪上有更强的多态性。民猪经典SLAⅠ类基因的碱基突变数量和抗原结合位点上氨基酸突变的数量都要多于大白猪。本研究所检测到的民猪在经典SLAⅠ类基因ARSs上的变异可为猪抗病育种标记的筛选提供参考。

tRNA来源的非编码小RNA的生成调控及功能研究前沿进展

转运RNA衍生小RNA(tRNA-derived small RNAs, tsRNAs)是一类来源于tRNAs的新型非编码小RNA,广泛存在于动物、植物的组织细胞以及体液中,在胚胎发育、细胞命运决定、机体免疫调控、获得性遗传以及包括癌症在内的多种人类疾病的发生发展中发挥着不可或缺的作用。然而,由于tsRNAs含有从其tRNAs前体继承而来的多种RNA修饰,这些RNA修饰一方面增加了tsRNAs信息编码的深度,丰富了tsRNAs在细胞内功能和作用机制的多样性,另一方面也增加了其功能研究的复杂性。近年来, tsRNAs的作用机制成为该领域的研究焦点和关键点。该文系统性地综述了tsRNAs的最新研究进展,包括其生成途径、检测方法、作用机制以及生物学功能的多样性,并探讨了tsRNAs作为生物标志物在临床疾病诊断中的应用前景。