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汉滩病毒糖蛋白Gn的T细胞表位预测及其跨种属验证
被引量:
1
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作者
孙报增
秦聪聪
+8 位作者
张俊琦
王永凯
张文标
刘瑞波
白天原
张志辉
张宇丝
杨琨
姜东伯
《解放军医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第9期1000-1010,共11页
目的筛选、鉴定并验证汉滩病毒(HTNV)包膜糖蛋白-N末端(Gn)上的免疫反应性表位。方法通过UniProt数据库获取HTNV 76-118株Gn蛋白序列。采用IEDB、SMMPMBEC、NetMHCpan 4.1、SYFPEITHI、Rankpep算法预测表位亲和力,VaxiJen v2.0分析免疫...
目的筛选、鉴定并验证汉滩病毒(HTNV)包膜糖蛋白-N末端(Gn)上的免疫反应性表位。方法通过UniProt数据库获取HTNV 76-118株Gn蛋白序列。采用IEDB、SMMPMBEC、NetMHCpan 4.1、SYFPEITHI、Rankpep算法预测表位亲和力,VaxiJen v2.0分析免疫原性,Blastp工具计算保守性,HPEPDOCK和EpiDOCK模拟pMHC对接,TBtools进行双向聚类分析,酶联免疫斑点(ELISpot)实验评价表位细胞免疫反应性。结果通过UniProt数据库获得了HTNV 76-118株Gn蛋白序列(PRO_0000036816)。整合5种亲和力算法,在小鼠H-2亚型中获得了61个优势表位,在人主要组织相容性复合物(MHC)-Ⅰ亚型中得到234个优势表位,MHC-Ⅱ亚型中得到212个优势表位;VaxiJen筛选分别获得H-2、MHC-Ⅰ、MHC-Ⅱ亚型强免疫原性优势表位23、110、42个;进一步采用Blastp筛选获得高亲和力、强免疫原性、种间种内保守的MHC-Ⅰ类限制性表位3个,MHC-Ⅱ类限制性表位81个。双向分层聚类分析揭示了小鼠H2-d、H2-b和部分人类白细胞分化抗原(HLA)在提呈HTNV Gn表位上的相似性。ELISpot验证了5个表位具有较强的诱导脾细胞分泌γ干扰素(IFN-γ)的能力。结论预测并验证了HTNV Gn上的细胞免疫反应性表位,证实在MHC提呈中病毒抗原存在跨基因、种属、物种的交叉免疫反应性,为预防肾综合征出血热(HFRS)提供了新思路。
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关键词
汉滩病毒
糖蛋白
表位
计算机预测
免疫反应性
下载PDF
职称材料
题名
汉滩病毒糖蛋白Gn的T细胞表位预测及其跨种属验证
被引量:
1
1
作者
孙报增
秦聪聪
张俊琦
王永凯
张文标
刘瑞波
白天原
张志辉
张宇丝
杨琨
姜东伯
机构
空军军医大学基础医学院免疫学教研室
空军军医大学基础医学院生物武器损伤防治药物重点实验室
空军医科大学唐都医院风湿科
空军军医大学基础医学院微生物学教研室
出处
《解放军医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第9期1000-1010,共11页
基金
国家自然科学基金面上项目(82073154)
国家自然科学基金青年项目(82203510)
空军军医大学提升计划课题项目(2020XXXX03)。
文摘
目的筛选、鉴定并验证汉滩病毒(HTNV)包膜糖蛋白-N末端(Gn)上的免疫反应性表位。方法通过UniProt数据库获取HTNV 76-118株Gn蛋白序列。采用IEDB、SMMPMBEC、NetMHCpan 4.1、SYFPEITHI、Rankpep算法预测表位亲和力,VaxiJen v2.0分析免疫原性,Blastp工具计算保守性,HPEPDOCK和EpiDOCK模拟pMHC对接,TBtools进行双向聚类分析,酶联免疫斑点(ELISpot)实验评价表位细胞免疫反应性。结果通过UniProt数据库获得了HTNV 76-118株Gn蛋白序列(PRO_0000036816)。整合5种亲和力算法,在小鼠H-2亚型中获得了61个优势表位,在人主要组织相容性复合物(MHC)-Ⅰ亚型中得到234个优势表位,MHC-Ⅱ亚型中得到212个优势表位;VaxiJen筛选分别获得H-2、MHC-Ⅰ、MHC-Ⅱ亚型强免疫原性优势表位23、110、42个;进一步采用Blastp筛选获得高亲和力、强免疫原性、种间种内保守的MHC-Ⅰ类限制性表位3个,MHC-Ⅱ类限制性表位81个。双向分层聚类分析揭示了小鼠H2-d、H2-b和部分人类白细胞分化抗原(HLA)在提呈HTNV Gn表位上的相似性。ELISpot验证了5个表位具有较强的诱导脾细胞分泌γ干扰素(IFN-γ)的能力。结论预测并验证了HTNV Gn上的细胞免疫反应性表位,证实在MHC提呈中病毒抗原存在跨基因、种属、物种的交叉免疫反应性,为预防肾综合征出血热(HFRS)提供了新思路。
关键词
汉滩病毒
糖蛋白
表位
计算机预测
免疫反应性
Keywords
Hantaan virus
glycoprotein
epitope
in silico prediction
immunoreactivity
分类号
R512.8 [医药卫生—内科学]
R373.3 [医药卫生—病原生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
汉滩病毒糖蛋白Gn的T细胞表位预测及其跨种属验证
孙报增
秦聪聪
张俊琦
王永凯
张文标
刘瑞波
白天原
张志辉
张宇丝
杨琨
姜东伯
《解放军医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023
1
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职称材料
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