中国西南地区汉族脊肌萎缩症患者SMA相关基因分子特征

目的 以中国西南地区汉族人群为研究对象,构建脊肌萎缩症（SMA）相关基因拷贝数变化频率,为SMA的临床诊断和分型提供依据。方法 收集62例临床诊断为SMA的无亲缘关系患者,以及50例无亲缘关系的正常人作为健康对照组,采用多重连接酶依赖的探针扩增技术（MLPA）分析运动神经元基因（SMN）和神经原凋亡抑制蛋白基因（NAIP）的拷贝数。结果 62例患者中,SMAⅠ-Ⅳ型分别占30.65%（19/62）、41.94%（26/62）、16.13%（10/62）、11.29%（7/62）。SMN1基因外显子7纯合缺失占98.38%（61/62）,SMN1基因外显子8纯合缺失占82.26%（51/62）。SMAⅠ型患者中NAIP基因外显子5有68.42%（13/19）纯合缺失,26.32%（5/19）杂合缺失;SMAⅡ-Ⅳ型患者中NAIP基因外显子5有13.95%（6/43）纯合缺失,62.79%（27/43）杂合缺失。SMAⅠ型患者中68.42%（13/19）有1-2拷贝的SMN2基因,SMAⅡ型中84.62%（22/26）有2拷贝以上的SMN2基因,90.00%（9/10）SMAⅢ型和85.71%（6/7）SMAⅣ型患者有2拷贝以上的SMN2基因,且发现有5拷贝和6拷贝SMN2基因。结论 SMN1基因缺失是SMA的主要致病原因,SMN2和NAIP基因拷贝数变化可以影响SMA病情严重程度。

活动性肺结核患者外周血中长链非编码RNA lnc-PAPSS2-2的表达及其诊断价值的探究

目的评价长链非编码RNA lnc-PAPSS2-2(lnc-PA)在活动性肺结核患者外周血中的表达情况及其对活动性肺结核的诊断价值。方法收集2011年1月—2018年1月于四川大学华西医院就诊的活动性肺结核患者798例、健康体检者1 650例及所有研究对象的电子病历(electronic health record,EHR)资料(年龄、性别、血常规及免疫学指标等)。采用实时荧光定量聚合酶链反应方法检测lnc-PA表达水平。进一步结合EHR进行分析并利用列线图模型评价lnc-PA对活动性肺结核的诊断价值。结果活动性肺结核患者全血中lnc-PA的表达水平显著低于健康对照(P<0.001)。列线图模型详细分析了lnc-PA、EHR以及两者联合的诊断效能,训练集受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC曲线)下面积依次为0.619、0.962和0.964,验证集ROC曲线下面积依次为0.626、0.950和0.950。结论 lnc-PA诊断活动性肺结核价值较差,EHR诊断能力较好,提示lnc-PA作为活动性肺结核生物标志物的临床应用价值有待于进一步探索。

TBX1激活PARK2抑制MAPK和PI3K信号通路激活而降低结直肠癌细胞的增殖

目的探讨转录因子TBX1对结直肠癌细胞增殖的影响及可能的分子机制。方法分别利用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)和蛋白质印迹法对结直肠癌细胞株HCT116、RKO、SW480、HT29、LOVO中TBX1的mRNA和蛋白水平进行检测。选择TBX1表达水平较低的HCT116和SW480细胞,转染载有TBX1模拟物的pcDNA3.1质粒(过表达TBX1组)或空载pcDNA3.1质粒(对照组);选择高表达TBX1的LOVO细胞,转染靶向TBX1的小干扰RNA(siRNA)si-TBX1-8604A、si-TBX1-8604B以及阴性对照siRNA(si-NC),分别为si-TBX1-8604A组、si-TBX1-8604B组、si-NC组。采用qRT-PCR检测各组细胞TBX1和PARK2转录水平的表达,采用蛋白质印迹法检测各组细胞TBX1、PARK2及MAPK和PI3K信号通路中关键因子的蛋白表达。采用四甲基偶氮唑盐(MTT)实验及细胞克隆形成实验检测各组细胞增殖能力。结合文献并利用JASPAR数据库预测TBX1在PARK2启动子区两处结合位点。利用染色质免疫共沉淀实验验证HCT116细胞和SW480细胞中TBX1与PARK2的结合位点,利用双荧光素酶报告基因实验验证TBX1与PARK2的靶向关系。利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库(2023年9月)数据分析结肠癌组织TBX1及PARK2表达情况。结果采用qRT-PCR、蛋白质印迹法检测均验证转染载有TBX1模拟物质粒的HCT116和SW480细胞TBX1高表达,转染靶向TBX1的siRNA的LOVO细胞成功敲减TBX1。MTT实验显示,过表达TBX1组HCT116细胞在接种后的第1、3、5、7天及SW480细胞在接种后的第3、5、7天吸光度值均低于对照组,差异均有统计学意义(均P<0.01);si-TBX1-8604A组、si-TBX1-8604B组LOVO细胞在接种后的第1、3、5、7天吸光度值均高于si-NC组,差异均有统计学意义(均P<0.05)。细胞克隆形成实验显示,培养14 d后,过表达TBX1组HCT116细胞[(387±9)个比(843±13)个]和SW480细胞[(413±9)个比(931±15)个]克隆数均少于对照组,差异均有统计学意义(均P<0.05);si-TBX1-8604A组、si-TBX1-8604B组LOVO细胞克隆数分别为(493±77)个和(470±32)个,均高于si-NC组[(349±26)个],差异均有统计学意义(均P<0.05)。过表达TBX1组HCT116和SW480细胞p-ERK和p-AKTS473蛋白相对表达量均低于对照组,si-TBX1-8604A组和si-TBX1-8604B组LOVO细胞p-ERK和p-AKTS473蛋白相对表达量均高于si-NC组,差异均有统计学意义(均P<0.05)。过表达TBX1组HCT116细胞和SW480细胞PARK2 mRNA相对表达量和蛋白水平均高于对照组(均P<0.01)。染色质免疫共沉淀实验显示,过表达TBX1组HCT116和SW480细胞中TBX1与PARK2内含子的两处位点结合的富集倍数均高于对照组,差异均有统计学意义(均P<0.05);双荧光素酶报告基因实验显示,共转染载有TBX1模拟物pcDNA3.1质粒和载有PARK2模拟物pGL3质粒的HCT116和SW480细胞相对荧光素酶活性较共转染空载pcDNA3.1质粒和pGL3质粒、共转染空载pcDNA3.1质粒和载有PARK2模拟物pGL3质粒、共转染载有TBX1模拟物pcDNA3.1质粒和空载pGL3质粒的细胞均高,差异均有统计学意义(均P<0.05)。Spearman法分析显示,TCGA数据库结肠癌组织(288例)转录水平TBX1与PARK2表达呈正相关性(r=0.226,P<0.001),结肠癌组织(383例)PARK2 mRNA相对表达量低于正常肠道组织(50例),差异有统计学意义(P<0.001)。结论转录因子TBX1表达水平升高可抑制结直肠癌细胞增殖,机制可能为TBX1激活下游靶基因PARK2而抑制MAPK和PI3K信号通路ERK和AKT的磷酸化,影响信号通路的激活。