鸡白痢沙门氏菌感染对雏鸡脾脏miRNA表达谱的影响

【目的】鉴定感染鸡白痢沙门氏菌后雏鸡脾脏差异表达的miRNA,为阐明miRNA在鸡白痢沙门氏菌感染中的调控机制提供理论基础。【方法】采集感染和未感染鸡白痢沙门氏菌的SPF雏鸡脾脏,提取脾脏RNA,构建6个miRNA文库;利用Illumina Hiseq 2500测序技术和生物信息学分析筛选差异表达miRNA,通过TargetScan和miRanda算法预测差异表达miRNA的靶基因,并进行GO功能富集和KEGG通路富集分析,最后利用RT-qPCR方法验证测序结果。【结果】鉴定到29个差异表达miRNAs,其中15个显著上调、14个显著下调。GO分析表明:脂多糖介导的信号通路正调控以及NIK/NF-κB介导的信号通路负调控等免疫相关生物学过程显著富集;KEGG分析显示:差异表达的miRNA主要参与溶酶体和内吞作用等免疫相关通路。高通量测序结果与RT-qPCR结果一致。【结论】成功鉴定到鸡白痢沙门氏菌感染雏鸡脾脏miRNA表达谱,获得29个鸡白痢沙门氏菌感染潜在相关miRNAs。

新城疫疫苗免疫武定鸡和霞烟鸡的外周血淋巴细胞转录组分析

为了探究武定鸡和霞烟鸡免疫新城疫疫苗后外周血淋巴细胞转录组的变化,试验随机选取60日龄健康武定鸡和霞烟鸡各5只,在免疫新城疫Ⅳ系疫苗前和免疫后第14天采血并分离其外周血淋巴细胞。提取外周血淋巴细胞总RNA,进行mRNA转录组测序,将测序获得的数据基于FPKM、GO分析、KEGG数据库功能注释,比较免疫前后外周血淋巴细胞差异表达基因和信号通路;RT-qPCR验证随机挑选的差异基因的相对表达量。结果显示:在武定鸡和霞烟鸡外周血淋巴细胞中分别获得5409万条和5095万条高质量序列;武定鸡免疫前后外周血淋巴细胞转录组差异基因共524个,其中上调基因296个、下调基因228个;霞烟鸡免疫前后差异基因178个,其中上调135个、下调43个;武定鸡差异基因显著富集于炎症反应、IL-6以及趋化因子介导的信号通路的生物过程,霞烟鸡则显著富集于基底胶原蛋白调节、细胞膜成分、血管生成等的生物过程;武定鸡和霞烟鸡免疫前后差异基因均富集于IL-17信号通路和类风湿性关节炎信号通路;武定鸡与霞烟鸡在接种疫苗后IL-8与TNF-α表达量均显著上调,武定鸡表达量显著高于霞烟鸡。研究表明接种新城疫Ⅳ系疫苗后,武定鸡与霞烟鸡免疫前后差异表达基因分别富集于炎症通路和血管生成通路,新城疫疫苗对武定鸡和霞烟鸡的外周血淋巴细胞调节途径存在差异。