产志贺毒素大肠杆菌基因分型技术的研究进展

产志贺毒素大肠杆菌(Shiga toxin-producing Escherichia coli, STEC)是重要的食源性致病菌,能引起人和动物发生腹泻、出血性肠炎和溶血性尿毒综合症等疾病。为了更好的开展STEC检测、表征、分子进化分析及溯源调查,本文对国内外STEC基因分型技术包括基于酶切扩增分型方法、基于全基因组测序(Whole genome sequencing, WGS)分型方法以及多位点串联重复序列分析(MLVA)、DNA微阵列(DNA microarray)和成簇规律间隔短回文重复序列(CRISPR)分型技术研究进展进行综述,并对基因分型研究方法存在的问题进行探讨,为STEC的溯源追踪和流行病学调查提供参考。

CRISPR在食源性致病菌进化分析、检测分型及毒力耐药调控中的应用进展

规律成簇间隔的短回文重复序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)与其相关蛋白基因系统可通过限制基因的水平转移而有效防御噬菌体等外源基因元件的入侵,不同细菌之间的CRISPR结构有所差异。基于CRISPR系统的差异性,文中对近几年CRISPR在食源性致病菌进化分析、检测与分型、毒力与耐药中的应用研究进行概述,并对基于CRISPR序列特点开发的细菌检测分型方法以及CRISPR与食源性致病菌的毒力、耐药性之间的相关性进行重点总结分析。此外,文中探讨了CRISPR在进化分析、检测与分型、毒力与耐药应用中的不足,提出将CRISPR分型方法标准化、完善与扩充致病菌CRISPR数据库、进一步探究噬菌体与细菌之间的共进化关系等建议,为进一步探索CRISPR功能提供参考。