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基于不同方法的微量细胞全基因组遗传变异检测和比较分析
1
作者
石庆珍
徐鸿洋
+4 位作者
张燕
张毅
王雅春
韩建永
姜力
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第10期4311-4324,共14页
旨在用不同方法对微量细胞全基因组遗传变异进行检测和比较分析。本研究首先以3、5、7、10个猪耳缘成纤维细胞为试验材料,利用不同方法提取微量细胞基因组,进行全基因组测序(whole genome sequencing,WGS),比较不同细胞数及不同提取方...
旨在用不同方法对微量细胞全基因组遗传变异进行检测和比较分析。本研究首先以3、5、7、10个猪耳缘成纤维细胞为试验材料,利用不同方法提取微量细胞基因组,进行全基因组测序(whole genome sequencing,WGS),比较不同细胞数及不同提取方法之间的遗传变异检测性能。随后利用牛囊胚的5个和7个滋养外胚层细胞获得的基因组进行全基因组测序和SNP芯片技术的比较分析,每组均进行3次重复。结果表明,针对不同细胞数,基于全基因组扩增技术(whole genomic amplification,WGA)的MDA(multiple displacement amplification)方法均比其他方法的DNA产物浓度、测序质量及SNP检出性能效果更优。使用REPLI-g^((R)) Single Cell Kit扩增7、10细胞数的DNA浓度显著高于3、5细胞数,但质量评估的各项性能基本无显著差异,且不同细胞数检测到的SNP位点数量相似。5、7细胞数的Illumina Bovine GGP芯片SNP位点call rate分别为74.09%和81.52%。全基因组测序相较于芯片可以获得更丰富的遗传变异信息,但两种检测手段共同检测到的SNP以及基因型相同的位点数占比较低。综上所述,本研究系统比较了不同细胞数下不同微量细胞基因组提取方法以及不同全基因组遗传变异检测技术的各项性能,结果显示利用REPLI-g^((R)) Single Cell Kit扩增7细胞进行二代测序可得到较为准确且稳定的结果,本研究建立了一套较为可靠的家畜胚胎微量细胞样品基因组提取和遗传变异检测方案,为将来实现准确的胚胎基因组选择和胚胎质量评估具有重要的意义和价值。
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关键词
微量细胞
胚胎
全基因组扩增
重测序
SNP芯片
遗传变异
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职称材料
香茅草粉替代抗生素对文昌鸡生长性能的影响
被引量:
6
2
作者
石庆珍
宋冠中
郇树乾
《畜牧与饲料科学》
2021年第5期23-27,共5页
[目的]研究利用香茅草粉替代抗生素作为饲料添加剂在文昌鸡养殖上的应用效果,为文昌鸡无抗饲养寻找新途径。[方法]将30只1月龄文昌鸡随机分为3组,每组10只,公母各半。对照组饲喂基础日粮,试验组1基础日粮中添加3%香茅草粉,试验组2基础...
[目的]研究利用香茅草粉替代抗生素作为饲料添加剂在文昌鸡养殖上的应用效果,为文昌鸡无抗饲养寻找新途径。[方法]将30只1月龄文昌鸡随机分为3组,每组10只,公母各半。对照组饲喂基础日粮,试验组1基础日粮中添加3%香茅草粉,试验组2基础日粮中添加0.1%阿莫西林。公鸡、母鸡分笼饲养,试验期28 d。记录各组日采食量,计算平均日增重和料肉比;测定十二指肠、空肠、回肠绒毛长度和隐窝深度,计算绒隐比;测定血清中总超氧化物歧化酶(T-SOD)和过氧化氢酶(CAT)活性及丙二醛(MDA)含量。[结果]试验组1和试验组2的平均日增重显著(P<0.05)高于对照组,试验组1与试验组2无显著(P>0.05)差异;3个组的平均日采食量和料肉比无显著差异(P>0.05)。与对照组相比,试验组1和试验组2的十二指肠和空肠绒毛高度及空肠绒隐比显著(P<0.05)提高,试验组1与试验组2无显著(P>0.05)差异;3个组的十二指肠和回肠绒隐比、回肠绒毛高度差异不显著(P>0.05)。试验组1的血清CAT活力显著(P<0.05)高于对照组和试验组2;3个组的T-SOD活力差异不显著(P>0.05);试验组1和试验组2的血清MDA含量显著(P<0.05)低于对照组,试验组1与试验组2无显著(P>0.05)差异。[结论]饲料中添加香茅草粉能提高文昌鸡生长性能,促生长作用优于抗生素。
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关键词
香茅草粉
文昌鸡
生长性能
抗生素
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职称材料
维生素D_(3)的生物学功能研究进展
被引量:
2
3
作者
刘又铭
房鑫
+5 位作者
农可懿
周璐彤
喻赫
石庆珍
于江辉
张海文
《饲料研究》
CAS
北大核心
2021年第18期133-137,共5页
维生素D_(3)(VD_(3))作为饲料中常用的维生素添加剂,在畜禽生产中发挥着重要作用。文章综述近年来VD_(3)在生物先天免疫功能中扮演的角色,介绍VD_(3)在体内的代谢过程、抗氧化功能以及对免疫细胞的作用,进一步探讨这些功能是否有应用于...
维生素D_(3)(VD_(3))作为饲料中常用的维生素添加剂,在畜禽生产中发挥着重要作用。文章综述近年来VD_(3)在生物先天免疫功能中扮演的角色,介绍VD_(3)在体内的代谢过程、抗氧化功能以及对免疫细胞的作用,进一步探讨这些功能是否有应用于畜牧领域的潜力,为VD_(3)在畜禽饲料中的合理应用提供参考。
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关键词
维生素D
代谢
氧化应激
先天免疫
抗菌肽
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职称材料
题名
基于不同方法的微量细胞全基因组遗传变异检测和比较分析
1
作者
石庆珍
徐鸿洋
张燕
张毅
王雅春
韩建永
姜力
机构
中国农业大学动物科学技术学院畜禽生物育种全国重点实验室
中国农业大学生物学院
山东奥克斯畜牧种业有限公司
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第10期4311-4324,共14页
基金
国家重点研发项目(2022YFD1302200)。
文摘
旨在用不同方法对微量细胞全基因组遗传变异进行检测和比较分析。本研究首先以3、5、7、10个猪耳缘成纤维细胞为试验材料,利用不同方法提取微量细胞基因组,进行全基因组测序(whole genome sequencing,WGS),比较不同细胞数及不同提取方法之间的遗传变异检测性能。随后利用牛囊胚的5个和7个滋养外胚层细胞获得的基因组进行全基因组测序和SNP芯片技术的比较分析,每组均进行3次重复。结果表明,针对不同细胞数,基于全基因组扩增技术(whole genomic amplification,WGA)的MDA(multiple displacement amplification)方法均比其他方法的DNA产物浓度、测序质量及SNP检出性能效果更优。使用REPLI-g^((R)) Single Cell Kit扩增7、10细胞数的DNA浓度显著高于3、5细胞数,但质量评估的各项性能基本无显著差异,且不同细胞数检测到的SNP位点数量相似。5、7细胞数的Illumina Bovine GGP芯片SNP位点call rate分别为74.09%和81.52%。全基因组测序相较于芯片可以获得更丰富的遗传变异信息,但两种检测手段共同检测到的SNP以及基因型相同的位点数占比较低。综上所述,本研究系统比较了不同细胞数下不同微量细胞基因组提取方法以及不同全基因组遗传变异检测技术的各项性能,结果显示利用REPLI-g^((R)) Single Cell Kit扩增7细胞进行二代测序可得到较为准确且稳定的结果,本研究建立了一套较为可靠的家畜胚胎微量细胞样品基因组提取和遗传变异检测方案,为将来实现准确的胚胎基因组选择和胚胎质量评估具有重要的意义和价值。
关键词
微量细胞
胚胎
全基因组扩增
重测序
SNP芯片
遗传变异
Keywords
trace cells
embryo
whole genome amplification
resequencing
SNP chip
genetic variation
分类号
S828.2 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
香茅草粉替代抗生素对文昌鸡生长性能的影响
被引量:
6
2
作者
石庆珍
宋冠中
郇树乾
机构
海南大学动物科技学院
出处
《畜牧与饲料科学》
2021年第5期23-27,共5页
基金
海南大学教育教学改革研究项目(hdjy1906)
海南大学大学生创新创业训练项目(S202010589137)。
文摘
[目的]研究利用香茅草粉替代抗生素作为饲料添加剂在文昌鸡养殖上的应用效果,为文昌鸡无抗饲养寻找新途径。[方法]将30只1月龄文昌鸡随机分为3组,每组10只,公母各半。对照组饲喂基础日粮,试验组1基础日粮中添加3%香茅草粉,试验组2基础日粮中添加0.1%阿莫西林。公鸡、母鸡分笼饲养,试验期28 d。记录各组日采食量,计算平均日增重和料肉比;测定十二指肠、空肠、回肠绒毛长度和隐窝深度,计算绒隐比;测定血清中总超氧化物歧化酶(T-SOD)和过氧化氢酶(CAT)活性及丙二醛(MDA)含量。[结果]试验组1和试验组2的平均日增重显著(P<0.05)高于对照组,试验组1与试验组2无显著(P>0.05)差异;3个组的平均日采食量和料肉比无显著差异(P>0.05)。与对照组相比,试验组1和试验组2的十二指肠和空肠绒毛高度及空肠绒隐比显著(P<0.05)提高,试验组1与试验组2无显著(P>0.05)差异;3个组的十二指肠和回肠绒隐比、回肠绒毛高度差异不显著(P>0.05)。试验组1的血清CAT活力显著(P<0.05)高于对照组和试验组2;3个组的T-SOD活力差异不显著(P>0.05);试验组1和试验组2的血清MDA含量显著(P<0.05)低于对照组,试验组1与试验组2无显著(P>0.05)差异。[结论]饲料中添加香茅草粉能提高文昌鸡生长性能,促生长作用优于抗生素。
关键词
香茅草粉
文昌鸡
生长性能
抗生素
Keywords
lemongrass meal
Wenchang chicken
growth performance
antibiotics
分类号
S831.895 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
维生素D_(3)的生物学功能研究进展
被引量:
2
3
作者
刘又铭
房鑫
农可懿
周璐彤
喻赫
石庆珍
于江辉
张海文
机构
海南大学动物科技学院
出处
《饲料研究》
CAS
北大核心
2021年第18期133-137,共5页
基金
海南省自然科学基金资助(项目编号:320RC463)
海南省高等学校教育教学改革研究资助项目(项目编号:Hnjg2020-23)
+1 种基金
海南大学教育教学改革研究项目(项目编号:hdjy2026)
海南省青年科技英才计划(项目编号:QCXM2018)。
文摘
维生素D_(3)(VD_(3))作为饲料中常用的维生素添加剂,在畜禽生产中发挥着重要作用。文章综述近年来VD_(3)在生物先天免疫功能中扮演的角色,介绍VD_(3)在体内的代谢过程、抗氧化功能以及对免疫细胞的作用,进一步探讨这些功能是否有应用于畜牧领域的潜力,为VD_(3)在畜禽饲料中的合理应用提供参考。
关键词
维生素D
代谢
氧化应激
先天免疫
抗菌肽
Keywords
vitamin D
metabolism
oxidative stress
innate immunity
antimicrobial peptides
分类号
S816.7 [农业科学—饲料科学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于不同方法的微量细胞全基因组遗传变异检测和比较分析
石庆珍
徐鸿洋
张燕
张毅
王雅春
韩建永
姜力
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
下载PDF
职称材料
2
香茅草粉替代抗生素对文昌鸡生长性能的影响
石庆珍
宋冠中
郇树乾
《畜牧与饲料科学》
2021
6
下载PDF
职称材料
3
维生素D_(3)的生物学功能研究进展
刘又铭
房鑫
农可懿
周璐彤
喻赫
石庆珍
于江辉
张海文
《饲料研究》
CAS
北大核心
2021
2
下载PDF
职称材料
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