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长链非编码RNA ZIM2-AS1在肝细胞癌中的表达及其临床意义
1
作者
孙晋
李英楠
+4 位作者
石梦姣
田红卫
慕艳华
李君
李宗芳
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第1期116-121,共6页
目的:利用癌症基因组图谱(TCGA)数据探讨长链非编码RNA(lncRNA)ZIM2-AS1在肝细胞癌(HCC)中的表达及其临床意义和诊断价值。方法:从TCGA数据库下载374例HCC组织样本和50例癌旁组织样本的转录组测序(RNA-seq)数据及相关临床资料,基于R语...
目的:利用癌症基因组图谱(TCGA)数据探讨长链非编码RNA(lncRNA)ZIM2-AS1在肝细胞癌(HCC)中的表达及其临床意义和诊断价值。方法:从TCGA数据库下载374例HCC组织样本和50例癌旁组织样本的转录组测序(RNA-seq)数据及相关临床资料,基于R语言进行相关生物信息学分析,以解析ZIM2-AS1在HCC中的表达模式及其与临床病理特征、预后及免疫细胞浸润的相关性,并评估其在HCC中的诊断价值;采用qRT-PCR检测ZIM2-AS1在人正常肝细胞及不同HCC细胞系中的表达情况。结果:ZIM2-AS1在HCC组织中的表达呈升高趋势(P<0.001),其表达水平与患者年龄、性别、肿瘤N分期、组织学分级和AFP水平显著相关(P均<0.05),且高表达患者的总生存期(OS)和疾病相关生存期(DSS)显著短于低表达患者(P<0.05),是影响HCC患者OS的独立危险因素。肿瘤免疫细胞浸润分析显示,ZIM2-AS1与Th2细胞、CD56brightNK细胞、滤泡辅助性T细胞(Tfh)、中性粒细胞和浆细胞样树突状细胞(pDC)的浸润水平显著相关(|Spearman's r|>0.1,P<0.05)。受试者工作特征(ROC)曲线分析显示ZIM2-AS1表达水平对HCC、N0分期、组织学分级G1和G2期、OS及DSS均具有一定诊断价值(AUC均>0.50)。qRT-PCR结果显示ZIM2-AS1在HCC细胞系中的表达水平显著高于人正常肝细胞(P均<0.05)。结论:LncRNA ZIM2-AS1的高表达是HCC预后不良的独立危险因素,具有成为HCC诊断、预后判断及肿瘤免疫微环境评估生物标志物的潜在应用价值。
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关键词
长链非编码RNA
ZIM2-AS1
肝细胞癌
预后
诊断
免疫细胞浸润
下载PDF
职称材料
长链非编码RNA同源盒基因A11反义RNA对肝癌细胞增殖和肝癌相关基因表达的影响
2
作者
孙晋
石梦姣
+6 位作者
李英楠
田红卫
慕艳华
李君
尚琪
张健
李宗芳
《中华实验外科杂志》
CAS
北大核心
2023年第10期1936-1939,共4页
目的探究长链非编码RNA(lncRNA)同源盒基因A11反义RNA(HOXA11-AS)对肝细胞癌(HCC)细胞增殖及HCC相关基因表达的影响。方法15例人HCC组织及癌旁组织由西安交通大学第二附属医院生物诊疗中心样本库于2017年6月至2019年11月收集。采用实时...
目的探究长链非编码RNA(lncRNA)同源盒基因A11反义RNA(HOXA11-AS)对肝细胞癌(HCC)细胞增殖及HCC相关基因表达的影响。方法15例人HCC组织及癌旁组织由西安交通大学第二附属医院生物诊疗中心样本库于2017年6月至2019年11月收集。采用实时定量聚合酶链反应(qPCR)检测HOXA11-AS的表达并用RNA荧光原位杂交进行亚细胞定位;通过转染lncRNA Smart Silencer敲低Bel-7402和Hep3细胞中HOXA11-AS的表达,并采用细胞计数试剂(CCK-8)、平板克隆形成实验、流式细胞术检测细胞的增殖、周期及凋亡情况;利用qPCR芯片检测敲低HOXA11-AS对HCC相关基因表达的影响,使用R语言clusterProfiler包对差异基因进行功能富集分析,并通过rescue实验验证差异基因介导HOXA11-AS调控HCC细胞增殖的作用。分别采用t检验和Turkey检验分析两组或多组间差异。结果HOXA11-AS在HCC组织中的表达明显高于癌旁组织(9.72±5.99比5.53±4.92,t=2.09,P<0.05),在3种HCC细胞系(Bel-7402、HepG2和Hep3B)中的表达显著高于与正常肝细胞系L-O2(1.81±0.33、1.49±0.17、3.53±0.30比1.00±0.02,t=4.20、4.94、14.34,P均<0.05)。RNA荧光原位杂交显示HOXA11-AS在HCC细胞的胞核和胞质均有分布。HOXA11-AS功能缺失实验提示敲低组细胞增殖活性明显低于对照组(Bel-7402:0.95±0.03比1.27±0.07,t=8.60,P<0.01;Hep3B:0.59±0.04比0.74±0.03,t=6.00,P<0.01);敲低组细胞克隆形成数量显著低于对照组(Bel-7402:228.33±25.18比572.33±26.08,t=19.74,P<0.01;Hep3B:112.33±11.50比214.33±14.64,t=9.49,P<0.01);敲低组S期细胞比例显著高于对照组[Bel-7402:(33.13±2.37)%比(18.92±0.49)%,t=10.15,P<0.01;Hep3B:(27.66±0.85)%比(21.88±0.81)%,t=8.48,P<0.01];敲低组凋亡细胞比例显著高于对照组[Bel-7402:(18.50±0.95)%比(15.43±1.24)%,t=3.41,P<0.05;Hep3B:(8.65±0.88)%比(3.28±0.34)%,t=9.82,P<0.01]。qPCR芯片检测显示敲低HOXA11-AS可显著改变46个HCC相关基因的表达,这些基因显著富集于细胞增殖、周期和凋亡等相关生物学过程以及肿瘤坏死因子(TNF)、酪氨酸激酶(JAK)/信号转导与转录激活因子(STAT)、磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)和Ras等肿瘤相关通路。过表达KIT、SPARC、HDAC10可逆转HOXA11-AS敲低对HCC细胞增殖的抑制作用。结论HOXA11-AS在HCC细胞中高表达,可通过影响细胞周期、凋亡以及HCC相关基因的表达促进HCC细胞增殖。
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关键词
肝细胞癌
长链非编码RNA
同源盒基因A11反义RNA
增殖
细胞周期
凋亡
原文传递
活出个味儿来
3
作者
石梦姣
《做人与处世》
2018年第22期48-49,共2页
他坐在红漆斑驳的檀木椅上,歪着脑袋,手中把玩着我读国中时从闹市淘来的金色小铜人,时不时用墨绿色的手帕笨拙地擦一擦,眼睛放出异样的光,口中还叨叨着什么,悄悄凑近一听,原来在念我的乳名:“小茹乖,乖小茹。”
关键词
随笔
杂文
杂谈
阅读知识
原文传递
题名
长链非编码RNA ZIM2-AS1在肝细胞癌中的表达及其临床意义
1
作者
孙晋
李英楠
石梦姣
田红卫
慕艳华
李君
李宗芳
机构
西安交通大学第二附属医院生物诊断治疗国家地方联合工程研究中心
出处
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第1期116-121,共6页
基金
国家自然科学基金(81502136)
陕西省自然科学基础研究计划项目(2023-JC-YB-750)。
文摘
目的:利用癌症基因组图谱(TCGA)数据探讨长链非编码RNA(lncRNA)ZIM2-AS1在肝细胞癌(HCC)中的表达及其临床意义和诊断价值。方法:从TCGA数据库下载374例HCC组织样本和50例癌旁组织样本的转录组测序(RNA-seq)数据及相关临床资料,基于R语言进行相关生物信息学分析,以解析ZIM2-AS1在HCC中的表达模式及其与临床病理特征、预后及免疫细胞浸润的相关性,并评估其在HCC中的诊断价值;采用qRT-PCR检测ZIM2-AS1在人正常肝细胞及不同HCC细胞系中的表达情况。结果:ZIM2-AS1在HCC组织中的表达呈升高趋势(P<0.001),其表达水平与患者年龄、性别、肿瘤N分期、组织学分级和AFP水平显著相关(P均<0.05),且高表达患者的总生存期(OS)和疾病相关生存期(DSS)显著短于低表达患者(P<0.05),是影响HCC患者OS的独立危险因素。肿瘤免疫细胞浸润分析显示,ZIM2-AS1与Th2细胞、CD56brightNK细胞、滤泡辅助性T细胞(Tfh)、中性粒细胞和浆细胞样树突状细胞(pDC)的浸润水平显著相关(|Spearman's r|>0.1,P<0.05)。受试者工作特征(ROC)曲线分析显示ZIM2-AS1表达水平对HCC、N0分期、组织学分级G1和G2期、OS及DSS均具有一定诊断价值(AUC均>0.50)。qRT-PCR结果显示ZIM2-AS1在HCC细胞系中的表达水平显著高于人正常肝细胞(P均<0.05)。结论:LncRNA ZIM2-AS1的高表达是HCC预后不良的独立危险因素,具有成为HCC诊断、预后判断及肿瘤免疫微环境评估生物标志物的潜在应用价值。
关键词
长链非编码RNA
ZIM2-AS1
肝细胞癌
预后
诊断
免疫细胞浸润
Keywords
Long non-coding RNA
ZIM2-AS1
Hepatocellular carcinoma
Prognosis
Diagnosis
Immune cell infiltration
分类号
R735.7 [医药卫生—肿瘤]
下载PDF
职称材料
题名
长链非编码RNA同源盒基因A11反义RNA对肝癌细胞增殖和肝癌相关基因表达的影响
2
作者
孙晋
石梦姣
李英楠
田红卫
慕艳华
李君
尚琪
张健
李宗芳
机构
西安交通大学第二附属医院生物诊断治疗国家地方联合工程研究中心
西安交通大学第二附属医院陕西省肝脾疾病临床研究中心
出处
《中华实验外科杂志》
CAS
北大核心
2023年第10期1936-1939,共4页
基金
国家自然科学基金(81502136)
陕西省自然科学基础研究计划(2023-JC-YB-750)。
文摘
目的探究长链非编码RNA(lncRNA)同源盒基因A11反义RNA(HOXA11-AS)对肝细胞癌(HCC)细胞增殖及HCC相关基因表达的影响。方法15例人HCC组织及癌旁组织由西安交通大学第二附属医院生物诊疗中心样本库于2017年6月至2019年11月收集。采用实时定量聚合酶链反应(qPCR)检测HOXA11-AS的表达并用RNA荧光原位杂交进行亚细胞定位;通过转染lncRNA Smart Silencer敲低Bel-7402和Hep3细胞中HOXA11-AS的表达,并采用细胞计数试剂(CCK-8)、平板克隆形成实验、流式细胞术检测细胞的增殖、周期及凋亡情况;利用qPCR芯片检测敲低HOXA11-AS对HCC相关基因表达的影响,使用R语言clusterProfiler包对差异基因进行功能富集分析,并通过rescue实验验证差异基因介导HOXA11-AS调控HCC细胞增殖的作用。分别采用t检验和Turkey检验分析两组或多组间差异。结果HOXA11-AS在HCC组织中的表达明显高于癌旁组织(9.72±5.99比5.53±4.92,t=2.09,P<0.05),在3种HCC细胞系(Bel-7402、HepG2和Hep3B)中的表达显著高于与正常肝细胞系L-O2(1.81±0.33、1.49±0.17、3.53±0.30比1.00±0.02,t=4.20、4.94、14.34,P均<0.05)。RNA荧光原位杂交显示HOXA11-AS在HCC细胞的胞核和胞质均有分布。HOXA11-AS功能缺失实验提示敲低组细胞增殖活性明显低于对照组(Bel-7402:0.95±0.03比1.27±0.07,t=8.60,P<0.01;Hep3B:0.59±0.04比0.74±0.03,t=6.00,P<0.01);敲低组细胞克隆形成数量显著低于对照组(Bel-7402:228.33±25.18比572.33±26.08,t=19.74,P<0.01;Hep3B:112.33±11.50比214.33±14.64,t=9.49,P<0.01);敲低组S期细胞比例显著高于对照组[Bel-7402:(33.13±2.37)%比(18.92±0.49)%,t=10.15,P<0.01;Hep3B:(27.66±0.85)%比(21.88±0.81)%,t=8.48,P<0.01];敲低组凋亡细胞比例显著高于对照组[Bel-7402:(18.50±0.95)%比(15.43±1.24)%,t=3.41,P<0.05;Hep3B:(8.65±0.88)%比(3.28±0.34)%,t=9.82,P<0.01]。qPCR芯片检测显示敲低HOXA11-AS可显著改变46个HCC相关基因的表达,这些基因显著富集于细胞增殖、周期和凋亡等相关生物学过程以及肿瘤坏死因子(TNF)、酪氨酸激酶(JAK)/信号转导与转录激活因子(STAT)、磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)和Ras等肿瘤相关通路。过表达KIT、SPARC、HDAC10可逆转HOXA11-AS敲低对HCC细胞增殖的抑制作用。结论HOXA11-AS在HCC细胞中高表达,可通过影响细胞周期、凋亡以及HCC相关基因的表达促进HCC细胞增殖。
关键词
肝细胞癌
长链非编码RNA
同源盒基因A11反义RNA
增殖
细胞周期
凋亡
Keywords
Hepatocellular carcinoma
Long noncoding RNA
Homeobox A11 antisense
Cell proliferation
Cell cycle
Apoptosis
分类号
R735.7 [医药卫生—肿瘤]
原文传递
题名
活出个味儿来
3
作者
石梦姣
机构
湖北大学汉口校区
出处
《做人与处世》
2018年第22期48-49,共2页
文摘
他坐在红漆斑驳的檀木椅上,歪着脑袋,手中把玩着我读国中时从闹市淘来的金色小铜人,时不时用墨绿色的手帕笨拙地擦一擦,眼睛放出异样的光,口中还叨叨着什么,悄悄凑近一听,原来在念我的乳名:“小茹乖,乖小茹。”
关键词
随笔
杂文
杂谈
阅读知识
分类号
I266.1 [文学—中国文学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
长链非编码RNA ZIM2-AS1在肝细胞癌中的表达及其临床意义
孙晋
李英楠
石梦姣
田红卫
慕艳华
李君
李宗芳
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
下载PDF
职称材料
2
长链非编码RNA同源盒基因A11反义RNA对肝癌细胞增殖和肝癌相关基因表达的影响
孙晋
石梦姣
李英楠
田红卫
慕艳华
李君
尚琪
张健
李宗芳
《中华实验外科杂志》
CAS
北大核心
2023
0
原文传递
3
活出个味儿来
石梦姣
《做人与处世》
2018
0
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