人类基因组单核苷酸多态性和单体型的分析及应用

单核苷酸多态性是人类基因组中最丰富的遗传变异。单体型是指位于一条染色体上或某一区域的一组相关联的SNP等位位点,单体型已经成为近年来人类遗传研究的组成部分。人类基因组单体型图(HapMap)计划的目标就是构建人类DNA序列中多态位点的常见模式,找出代表整个人类基因图谱之中的SNP集合的标签SNP。在复杂性疾病研究中,由多个变异位点组合构成的单体型分析优于单个SNP的分析。文章论述了SNPs、基因型、表现型的定义与HapMap计划的一些情况,综述了单体型的3种推断算法和单体域的不同定义与构建方法,同时介绍了标签SNP的选择及单体型与复杂疾病关联分析的方法,可利用公共SNP数据库的情况以及SNPs与单体型在复杂疾病与药物反应方面的应用。

建立不同民族永生细胞株质量控制方法的探讨

目的以建立普米族、独龙族和怒族永生细胞为基础,探讨EB病毒转化细胞、细胞培养、冻存、复苏以及支原体检测等建立永生细胞株的技术要点及质量检测方法。方法采用EB病毒转化技术建立3个民族永生细胞株;培养法和PCR法对细胞株进行支原体污染检测;染色体G显带及核型分析细胞株的遗传稳定性。结果成功建立了3个民族B淋巴细胞永生细胞株,转化率分别为98%、86%和76%。对已建株保存的3个民族的永生细胞进行复苏培养,复苏成活率为100%。支原体污染检测均为阴性。染色体计数和G带分析显示,细胞株经早期传代培养后,仍然保持二倍体特征,未发现染色体结构畸变。结论本研究中传代培养、细胞冻存、细胞复苏和支原体污染防范等一整套技术过程是满足建库要求的。同时为大规模永生细胞库的建立和进行相应的质量监测提供了科学的依据。另外,本研究还对一些影响转化的因素和可能的机理进行了探讨。

园区花开别样红

句容市把大力加强高新科技项目示范园区、省有机农业示范园区和外向型农业开发区三大农业园区(以下简称"三大园区")建设,作为加快农业结构调整和实施农业产业化经营的主要载体,全力推进,取得了积极成效.

钩端螺旋体OmpL1抗原表位预测、克隆和表达

目的 应用生物信息学方法预测钩体外膜蛋白OmpL1的表位 ,结合基因工程手段进行表位重组、表达和分离纯化。方法 用预测程序ProPred和ANTIGENIC预测OmpL1的表位 ,PCR合成重组表位基因片段 ,克隆PCR产物构建表达质粒 pGEX/Omp Omp ,测序验证。对含有该质粒的大肠杆菌BL2 1(DE3)进行诱导表达 ,表达产物westernblot分析并纯化融合蛋白。结果 预测到 2个既具有MHC结合肽特性又具有B细胞表位特征的肽段。重组表位基因序列与理论设计完全一致。IPTG诱导BL2 1(DE3)中高效表达Mr约 30 0 0 0的融合蛋白 ,纯化后蛋白纯度 >90 %。结论 成功构建原核表达质粒pGEX/Omp Omp ,并进行含重组表位的GST融合蛋白的分离纯化 ,为OmpL1的表位研究和应用于亚单位疫苗奠定了基础。

不同宿主H1N1病毒血凝素蛋白(HA)受体结合位点的变异特征

2009年全球性爆发的H1N1病毒已经导致213个国家和地区受到感染，有16226人死亡。病毒与宿主细胞表面受体的结合是病毒感染不可缺少的第一步，从而导致病毒膜与宿主细胞膜的融合。血凝素（HemagglutininHA）就是介导这种受体结合与膜融合的病毒蛋白，受体结合位点（Receptorbindingsites，RBSs）位于HA蛋白三聚体中每个单体的球形头部，主要由190位螺旋（190～198aa）、130位环（135～138aa）和220位环（221～228）3个二级结构域组成。文章收集了1918—2009年间1221株H1N1病毒株的HA1序列（长度为327个氨基酸残基），通过序列比对、各位点氨基酸残基的熵值以及3D结构模拟等生物信息学研究。结果显示不同宿主的不同病毒RBSs具有不同的熵值，而且不同宿主的病毒HA1其RBSs具有不同的优势序列。3D结构模拟也显示了H1N1不同HA1之间在190位螺旋构象上的细微差异。该研究揭示了不同HA1上RBSs的一些新的特征，为进一步探讨病毒感染的机理提供了新的信息。

基于禁忌搜索和遗传算法的智能化双聚类方法

在基因表达数据中寻找重要双聚簇的难度随数据规模的增长而增长.该文讨论一种智能化的双聚类方法,充分利用禁忌搜索和遗传算法自身的爬山能力,很好地平衡了区域搜索和全局搜索的关系,并使输出结果不依赖于预先设定的阐值.实验表明,该方法具有很好的收敛性,并可发现比传统方法更好的双聚簇.

计算方法在蛋白质相互作用研究中的应用

计算方法在蛋白质相互作用研究的各个阶段扮演了一个重要的角色。对此,作者将从以下几个方面对计算方法在蛋白质相互作用及相互作用网络研究中的应用做一个概述:蛋白质相互作用数据库及其发展;数据挖掘方法在蛋白质相互作用数据收集和整合中的应用;高通量方法实验结果的验证;根据蛋白质相互作用网络预测和推断未知蛋白质的功能;蛋白质相互作用的预测。

大规模蛋白质功能预测方法的进展

全基因组测序的快速发展在获得大量序列信息的同时也迫切需要获取功能信息,用生物信息学方法进行大规模蛋白质功能预测在这种需求中获得发展。这些预测方法从基于序列同源性发展到基于genomic -context获得功能相关蛋白质对。基于genomic- context的方法具体有基因融合、染色体邻近、相似系统发生谱等。由于各种方法的偏向性,最新的趋势是整合多种方法的数据,组成蛋白质相互作用网络,通过分析网络的结构进行蛋白质功能预测。

异源蛋白质相互作用数据整合算法的进展

蛋白质相互作用在生物学过程和细胞功能行使中起核心作用。高通量技术的应用结合计算机预测方法的发展,使得直接和间接来源的蛋白质相互作用数据得到了大规模的增加。如何系统地整合这些数据并从中提取有用的信息是一项挑战,这也促使了许多整合算法应运而生。本文综述了八种整合蛋白质相互作用数据源的方法:投票、支持向量机、朴素贝叶斯、逻辑斯蒂回归、决策树、随机森林、基于随机森林的k-近邻法以及混合属性分类等方法。

中国28个民族群体Y染色体DYS287位点的遗传多态性

目的研究我国9个省28个民族群体Y染色体DYS287位点的遗传多态性。方法应用Touchdown PCR技术扩增1006个DNA样品的Y染色体Alu序列多态性(YAP)+片断,琼脂糖凝胶电泳分离检测。结果藏族YAP+频率为36·7%,土族23·8%,彝族18·4%,普米族11·3%,塔吉克族7·4%,白族6·7%,基诺族5·1%,山东汉族4%,仫佬族2·7%,毛南族1·3%,甘肃汉族、云南汉族、壮族、傣族、黎族、怒族、傈僳族、纳西族、拉祜族、独龙族、哈尼族、畲族、维吾尔族、撒拉族、柯尔克孜族、东乡族、佤族及朝鲜族的YAP+频率均为0。结论YAP+频率在部分汉藏语系民族(藏、彝、普米、基诺、白族)中频率较高。在历史学、语言学上被认为来源于中亚的民族(土族、塔吉克族)中YAP+频率也较高。而起源于百越民族的少数民族(仫佬族、毛南族)YAP+频率值得进一步探讨。

镇江农村改革三十年

回顾三十年改革之路，镇江农村改革大体经历了四个阶段：第一阶段，1978年至1984年，全市普遍实行了以家庭联产承包责任制为主的双层经营体制：第二阶段．1985年至1991年．全面开展了农村经济结构调整：第三阶段。1992年至1997年，确立了社会主义市场经济的目标，开始走上了市场化轨道；第四阶段，1998至2008年，

对镇江保障农民土地财产权的调查与思考

温家宝总理在2011年中央农村工作会议上强调：要“保障农民的土地财产权”。那么，什么是农民的土地财产权？在城镇化进程中，怎样既稳步促进人口城镇化，又确保农民土地财产权？为此，我们对镇江市相关情况进行了调查，并作了一些思考。

影像组学在卵巢癌管理中的应用:从诊断到治疗的新兴前景

影像组学(radiomics)是一个新兴领域,专注于从医学图像中提取定量成像特征,以增强癌症的诊断、预后和治疗。本综述突出了影像组学在卵巢癌管理中的应用。通过提取大量形状、强度和纹理特征,影像组学实现了基于数据的图像分析。当与各类数据、算法结合时,影像组学能够准确地对卵巢癌进行诊断、预测和评估异质性,并通过影像基因组学预测基因表达模式。已有研究利用计算机断层扫描(computed tomography, CT)、磁共振成像(magnetic resonance imaging, MRI)和超声技术来开发影像组学标志物,以高准确度区分良性、边缘性和恶性卵巢癌。当深度学习技术被用来进一步增强影像组学分析,则实现自动化的特征学习。然而,影像组学仍然处于早期阶段,在广泛采用之前需要对其临床效用进行广泛验证,并将其整合到现有工作流程中。总体而言,影像组学代表了卵巢癌精准医学中一种有前途的方法;然而,更大规模的多中心试验对于充分发挥其在改善患者护理方面的潜力至关重要。

基于郑州甲型H1N1流感疫情来评估相关诊断标准

目的基于郑州市2009年5月至2010年1月甲型H1N1流感疫情来评估甲型H1N1流感诊断标准。方法对疫情进行流行病学分析，使用卡方检验检测数据中所记录特征间的关联，通过Logistics回归、潜在类别分析分别评估了甲型H1N1流感病毒检测试剂盒三组探针和除其以外是否需额外的特征用于临床诊断。结果流行病学分析表明平均世代时间为（3．59±1．41）d（[2．01，7．26]），感染率为0．258±0．0883，再生数为1．94（[1．12，3．18]）。统计模型结果表明，三组探针、性别、年龄、体温均与甲型H1N1流感相关并且加入性别等特征，预测结果有显著性的提高。结论甲型H1N1流感诊断中，试剂盒三组探针和其他额外特征应一起作为标准来诊断甲型H1N1流感。

系统生物学的现状与展望

作为生物学的一个新领域,系统生物学的兴起及发展为研究生命活动提供了一个全新的思路和方法,它将各种组学的方法综合起来,通过高通量的实验手段,从转录组、蛋白质组、代谢组等方面多层次、全方位地对生物体内的生命活动进行检测,同时利用生物信息学的方法和手段对相关的数据进行分析及整合,并在此基础上,对相关的生命活动进行模拟,以期系统地研究和阐明生命活动的规律。本文简单介绍了系统生物学的现状,研究的内容及方法,并对今后的发展提出了一些想法。

新技术能使DNA测序的成本降低多少?

1977年,Sanger及其同事发明出最早的DNA测序技术,1990年开始的人类基因组计划催生了DNA测序技术的自动化.近10多年来,新一代测序技术得到了飞速的发展,测序速度及测序通量的巨大提升使得个人基因组的测序成本急剧下降,达到了1000美元一个全基因组的水平,从而使得DNA测序技术在生命科学研究领域以及临床医学上有着更广阔的应用前景.近来出现的第三代测序技术具有测序过程中无需PCR扩增而且产生非常长的测序片段的优势.尽管其测序的准确性只达到85%左右且成本高,但仍然显示出了较好的前景."精准医学"时代的来临将进一步促进DNA测序技术的革新,并使个人基因组测序成本进一步下降,有望使个人基因组测序成本进入百美元的时代.随着海量的测序数据的积累,如何有效地分析和解读这些测序数据面临着巨大的挑战,生物信息学在此过程中扮演着关键的角色.

钩端螺旋体蛋白质相互作用网络预测与系统分析

问号钩端螺旋体是一种致病菌,能够引起人畜共患病．该细菌全基因组序列测序的完成,为从全蛋白质组学的角度分析蛋白质相互作用网络提供了基础．本研究通过整合4种计算方法(基因融合法、基因邻居法、系统发生谱法和操纵子法)来预测钩端螺旋体赖株蛋白质相互作用网络．对运动和趋化系统、信号传导系统、脂多糖生物合成以及黏附、侵袭等有关蛋白质之间的相互作用进行了详细分析．除此以外,根据蛋白质的相互作用网络以及功能分类,预测了203个未知蛋白质可能的功能．这不仅为进一步研究钩端螺旋体赖株的致病机制提供了一个资料,也为在基因组范围内应用生物信息学方法研究微生物提供了一个实例．

开展“我为八五争贡献”主题演讲活动

江苏镇江市委宣传部、组织部、市纪委联合组织全市党员开展"我为八五争贡献"主题演讲比赛活动。他们将主题教育活动与开展经常性教育相结合,均纳入年初党员教育规划,并在下发全市党员教育意见中专项列出主题演讲活动要求。在广泛试讲、选讲的基础上,做到层层推荐。

猪链球菌全基因组序列比较分析

1995年,在四川局部地区爆发的人感染猪链球菌疫情导致200多人感染,30多人死亡.为了研究猪链球菌的致病机理,以达到防止细菌传播和人畜感染的目的,对已测序的猪链球菌(Streptococcussuis)的2个菌株(P1/7,89-1591)进行了全面的功能注释和分析.猪链球菌P1/7的基因组全长为2.007Mb,共有1969个可读框(ORF),而部分测序的猪链球菌89-1591序列包含在177个连接群(contig)中,长为1.98Mb,含有1918个ORF.两菌株基因组比较结果表明,其平均编码区(CDS)的长度非常接近.在所有ORF中,同源ORF数为1306个.两菌株中可能的毒性因子大多数具同源性.但也存在例外,如在P1/7中存在于一个基因岛内,编码与毒性相关的荚膜多糖的11个毒性因子(CPS2A-2K)中,4个基因cps2A,2B,2I,2J未在89-159菌株中发现.同时,P1/7中编码细胞外因子(EF)和溶血素(Haemolysin)的基因也未在89-159菌株中发现.另外,两菌株中与DNA复制、修复及重组相关的基因组成上存在着明显的差异,并且在表面蛋白质组成上也同样存在着一定的差异.这些特性表明两菌株为了适应不同的环境压力而演化出特有的功能单位,暗示着2个菌株在毒性机理上存在着一定的差异.以上分析结果为系统地研究猪链球菌以及防治、疫苗的开发、治疗药物的设计提供了广泛的基因组学信息.

一种基于结构域的蛋白质功能分类预测新方法

从已知的蛋白质序列数据出发,预测蛋白质的功能是生物信息学研究的一项重要任务.常见而有效的一种方法是将蛋白质按照其序列特征归并到不同的功能类中去.据此应用最大似然估计(MLE)算法,我们发展了一种以蛋白质结构域组成特征为基础的方法,对蛋白质进行功能分类.运用此方法及根据文献发展的另一种方法对酵母(Saccharomycescerevisiae)基因组进行了预测,并对2种方法进行了比较.结果表明,MLE方法预测明显优于另一种方法.MLE方法的特异性达到75.45%,敏感性达到40.26%,也说明结构域是蛋白质的一个重要特性,它与蛋白质的功能紧密相关.