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题名甘蔗栽培种单倍体基因组SSR位点的发掘与应用
被引量:8
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作者
王恒波
祁舒婷
陈姝琦
郭晋隆
阙友雄
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机构
福建农林大学农业部福建甘蔗生物学与遗传育种重点实验室/国家甘蔗工程技术研究中心
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出处
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第4期631-642,共12页
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基金
引进国际先进农业科学技术计划(948计划)项目(2014-S18)
国家现代农业产业技术体系建设专项(CARS-17)
福建农林大学校科技发展专项(KFA18025A)资助~~
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文摘
甘蔗是世界上最重要的糖料作物之一,由于尚未完全破译栽培种基因组,导致SSR标记匮乏,难以覆盖全基因组,限制了甘蔗遗传研究的进展。本研究以栽培种R570的4660个BAC文库片段序列(累计总长为382 Mb,预测到25,316个编码蛋白基因)组装成的一套甘蔗单倍体基因组的模板,利用MISA (Microsatellite identification tool)软件,发掘SSR位点;并综合分析其与4种禾本科植物(高粱、玉米、水稻和二岁短柄草)SSR位点的分布特征;选取50对以TG和AG重复基序的SSR引物,分别利用4个甘蔗属材料(R570、ROC1、LA purple和SES208)和24个重要甘蔗亲本,对SSR引物进行扩增效率验证和多态性分析。共发掘到27,241个SSR位点,平均每个BAC片段有6.29个SSR位点,平均密度为71.33个SSR Mb?1,远低于高粱的平均密度(350.00个SSR Mb?1)。在重复基序中,占比前2位的分别为单核苷酸基序(11,079个)和三核苷酸重复基序(6447个),合计占总SSR位点数的64.33%。与甘蔗不同的是, 4种禾本科植物中的三核苷酸基序类型数量最多、占比最大。此外,在单核苷酸重复基序中, A/T所占比例最高,为84.8%, C/G所占比例最低,为15.2%;在三核苷酸重复基序中, TGT/ACA所占比例最高,为16.04%。总之,禾本科植物基因组富含A/T的基序。在50对SSR引物(TG基序41对和AG基序9对)的多态性验证中,共有45对(90%)能够扩增出清晰的条带,其中35对(70%)在4个甘蔗材料上呈现多态性。进一步利用20对多态性较高的SSR引物对24个甘蔗重要亲本材料进行分析,共扩增到95个等位基因,平均每对引物扩增4.75个,验证了这些引物应用于甘蔗遗传多样性研究的可行性。本研究鉴定的甘蔗栽培种单倍体基因组SSR标记,有效增加了甘蔗遗传研究中可用的分子标记数量,可直接用于甘蔗群体遗传多样性分析和重要性状遗传机制的解析,为甘蔗分子育种的深入研究奠定了基础。
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关键词
甘蔗栽培种
BAC文库
SSR
标记开发
多态性
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Keywords
sugarcane cultivars
bacterial artificial chromosome library
SSR
development
polymorphism
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分类号
S566.1
[农业科学—作物学]
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题名不要“拐个弯”
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作者
祁舒婷
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出处
《百柳(简妙作文中学生必读)》
2017年第10期17-18,共2页
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文摘
“扑通!”“不会吧!”我无力地看着那向我袭来的水波。“又让它溜了吧!”一旁的爷爷头也不回地笑道。“哪有!我只是看它可怜,放走了而已!”我瞥了一眼爷爷的鱼篓,鱼儿似乎很享受鱼篓嘛。再看看我的鱼篓,唉,真是一清二白。
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关键词
中学生
作文
语文学习
课外阅读
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分类号
G633.34
[文化科学—教育学]
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