青海1株人呼吸道合胞病毒B亚型的全基因序列测定及其分子特征分析

目的分析1株青海省人呼吸道合胞病毒(HRSV)全基因组的基因特征。方法收集2024年青海省流感监测哨点医院的发热并伴有严重呼吸道感染症状的标本共300份,通过实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)法筛选出HRSVB阳性标本,对符合测序要求的阳性标本进行全基因组测序。在GenBank数据库下载HRSVB全球各基因型别代表株后进行序列比对、亲缘关系进化树构建和遗传距离的计算分析,分析HRSVB测序株序列核苷酸、氨基酸的同源性和氨基酸变异。结果青海首株China/qinghai/2024-03的全基因组序列为15140bp,具有HRSV的所有结构特征,与HRSVA亚型原型株Long株的核苷酸同源性最低为80.0%,与HRSVB亚型原型株核苷酸同源性94.7%,说明青海首株为HRSVB亚型;遗传进化显示China/qinghai/2024-03与USA/WA-S23450/2021(OR326803.1)及Germany/2021(OR795235.1)同属一个分支,提示亲缘关系最近,G基因遗传进化分析表明该毒株属于HRSVB亚型BA9基因型,相似性分析表明基因组的高变区域为SH和G基因。结论本研究首次获得HRSV China/qinghai/2024-03全基因组序列,并阐明了其基本的分子结构特征,填补了青海省HRSV病毒的基因及氨基酸数据空缺,也为HRSV流行病学提供了依据。