动物鼠疫周期流行的生态位影响因素研究进展

鼠疫是由鼠疫耶尔森菌引发的烈性传染病,曾在历史上发生过3次大规模的流行,导致数亿人死亡。作为鼠疫自然疫源地最丰富的国家之一,中国拥有独特的鼠疫研究资源。在鼠疫自然疫源地中,动物间鼠疫呈现流行与静息周期性交替的特征。了解其转换机制对鼠疫防控具有重要意义。现有研究表明,疫源地生态位变化是导致动物间流行周期性转换的可能触发因素。本文从宿主动物、蚤类媒介、土壤、鼠疫耶尔森菌及人类活动5个主要方面,梳理总结了鼠疫自然疫源地生态位变化与动物间鼠疫周期性流行的相关性研究进展,以期为鼠疫防控工作提供借鉴。

溶藻弧菌群体基因组学研究

溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)是一种能够对人类以及鱼、虾、贝类等水产品致病的弧菌,给人类健康带来威胁,也给水产养殖业造成巨大的经济损失。目前该物种基于全基因组的遗传多样性和重要遗传元件研究报道较少。本研究对采集自全国4个省份的68株溶藻弧菌进行高通量测序,获得全基因组序列,并结合113株公开发表的全球序列数据,利用fineSTRUCTURE软件、VFDB毒力因子库和CARD、ResFinder耐药数据库,对溶藻弧菌的种群结构和毒力、耐药因子分别进行解析。结果表明:溶藻弧菌可分为谱系1和谱系2。两个谱系在美洲和亚洲均有分布,但欧洲仅分离到谱系1菌株;共鉴定发现12个克隆群,其中一个克隆群内菌株存在跨洋传播现象。该物种携带tlh、OmpU、IlpA等多种不同功能的毒力因子;毒力因子在两个谱系间的分布无特异性,但存在地域间差异:其中欧洲菌株携带VP1611、vcrD、vopD和fleR/flrC的比率低于其他地区,而基因IlpA的携带率则明显高于其他地区,我国广西菌株中fleR/flrC基因携带率低于其他省份,且不携带IlpA。多个基因组携带blaCARB-42、tet(34)、tet(35)、parE、CRP、rsmA、TxR和fos等与多种抗生素耐受相关的基因,其中TxR和fos基因在谱系2中的出现频率远高于谱系1;此外,TxR基因在亚洲菌株中的携带率高于美洲和欧洲地区,而在我国四川菌株中的携带率则低于其他省份。在5个基因组中(VA24、VA28、2014V-1011、ZJ-T和Vb1833)观察到质粒或ICE等携带多种耐药基因的大片段。本研究通过群体基因组学的研究方法,揭示了溶藻弧菌的种群结构组成和毒力、耐药相关元件的分布,为进一步了解溶藻弧菌的遗传特征和致病机制提供必要基础,为该病原的监测、预防和控制工作提供科学支撑。

非产毒霍乱弧菌基因组流行病学研究进展

非产毒霍乱弧菌指缺乏主要毒力基因ctxAB而不能产生霍乱毒素的霍乱弧菌。部分非产毒霍乱弧菌可以定植人类肠道,引起腹泻等疾病,但由于临床症状相对较轻而容易被忽视。基因组流行病学基于群体基因组学研究方法,结合传统流行病学调查结果,可以对食品和临床来源的非产毒霍乱弧菌进行溯源及传播分析。该学科的发展极大促进了对非产毒霍乱弧菌遗传多样性、致病机制及传播规律的认识。研究表明部分非产毒霍乱弧菌谱系,如L3b和L9谱系已在全球多个国家流行,对食品质量安全形成风险。本文从基因组特征、遗传分型、重要遗传因子及国内外传播规律4个方面,归纳总结了非产毒霍乱弧菌基因组流行病学相关研究进展,以期为非产毒霍乱弧菌的检测、监测及其相关食源性疾病防控工作提供参考。

1994年印度苏拉特鼠疫暴发的回顾性基因溯源研究

目的明确1994年苏拉特鼠疫疫情中分离的鼠疫耶尔森菌系统发育地位及基因组特征,为进一步研究此次疫情暴发的起因提供线索。方法利用比较基因组学方法,将已发表的两株苏拉特暴发株基因组与366个鼠疫全球代表菌株的基因组进行变异鉴定和系统发育重建,并对苏拉特菌株的基因组特征进行解析。结果苏拉特鼠疫菌很可能是20世纪广泛使用的鼠疫减毒活疫苗株EV76的后代。但两株苏拉特基因组中均存在长度为102 kb的毒力岛(称作pgm位点),该毒力岛在其他已知的EV76疫苗及实验室保藏株中缺失。结论引发1994年苏拉特疫情的菌株属于鼠疫菌EV76种系,其引发疫情的能力可能与携带pgm位点有关。