豇豆叶绿体基因组密码子使用偏好性分析

为了探究豇豆(Vigna unguiculata)叶绿体基因组密码子的使用模式,本研究从NCBI下载完整的豇豆叶绿体基因组序列,并对其进行结构分析。利用CodonW和CUSP对筛选获得的50条可编码蛋白序列(CDS)进行分析,获得GC1、GC2、GC3、RSCU、CAI、CBI、Fop、ENc、RFSC等重要参数,并进行中性绘图、PR2-plot绘图、ENc-plot绘图以及对应分析、最优密码子分析和其他物种对比分析。结果发现,豇豆叶绿体基因密码子更偏向以A或U(T)结尾,G和C在密码子各位置中的占比较低,平均值为36.31%;有效密码子数(ENc)的平均值为44.903,密码子偏好性较弱;GC1与GC2、GC3间均有相关性,表明碱基突变对密码子选择也有影响。从中性绘图、PR2-plot绘图、ENc-plot绘图结果可以看出,豇豆叶绿体密码子使用偏好性同时受到了碱基突变与自然选择的影响。本研究最终筛选出20个最优密码子,并将豇豆叶绿体基因组密码子使用频率与其他物种进行比较,发现豇豆与番茄在密码子使用频率上存在较高的相似度。本研究结果为提高豇豆叶绿体外源基因的表达效率提供了参考依据。

转基因食品分析检测技术研究进展

基因工程的发展促使转基因食品的出现,伴随而来的安全问题也越来越突出,导致越来越多的国家和组织要求企业、商家和工厂对转基因食品必须进行标识,因此使得转基因食品的分析和检测技术水平得到极大提高,也对其评价标准和研究进程提出了更高要求。只有将技术研究放在首位才能推动分析检测水平的提高。本文结合转基因食品的分析检测技术展开研究,在分析国内外的发展现状的基础上针对进展程度提出见解。

红光、蓝光处理下马铃薯转录组特异表达基因密码子的偏好性分析

以红光、蓝光处理下的马铃薯转录组数据为基础,以白光为对照,各筛选出1206条、691条特异表达基因。通过CodonW、CUSP对筛选出的基因编码序列(CDS)进行密码子使用偏好性分析。结果表明,在红光、蓝光处理下,马铃薯对基因密码子的使用偏好性都较弱,都偏好使用A或T(U)结尾的密码子。在2种光质处理下,特异表达基因序列密码子的GC总量都与同义密码子在第3位的胞嘧啶和鸟嘌呤含量(GC3s)有极显著相关性。在2种光质处理下,高频密码子[相对同义密码子使用度(RSCU)>1.00]均为30个,且高频密码子类型完全一致。从ENc-plot、PR2-plot和中性绘图结果可以看出,2种光质处理下的特异表达基因主要受到自然选择的影响。本研究还分别从蓝光、红光处理的特异表达基因中筛选26个、28个最优密码子。从马铃薯在不同光质处理下特异表达基因与其他生物密码子使用频率的比值及聚类分析结果可以看出,番茄、烟草均可作为红光、蓝光处理下马铃薯特异表达基因的异源表达受体。