肺腺癌关键基因的筛选及分泌型磷酸蛋白1在肺腺癌中的表达

目的基于美国国家生物技术信息中心(NCBI)基因表达数据库(GEO)和美国国家癌症研究所(NCI)癌症基因组图谱(TCGA)联合生物学信息分析筛选肺腺癌关键基因(HUB)及相关信号通路、分泌型磷酸蛋白1(SPP1)表达及与肺腺癌患者临床特征的相关性。方法从GEO数据库下载包括肺腺癌与正常或癌旁肺组织基因表达2个数据集GSE10072、GSE43458,收集2020年1月至2021年3月于齐齐哈尔医学院附属第三医院行手术治疗且病理明确诊断为肺腺癌患者的癌组织和癌旁标本作为肺腺癌临床验证数据集(QY3F)并进行标准化及处理,筛选出肺腺癌与正常肺组织之间的差异基因,并进行基因本体(GO)功能、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;通过筛选出的差异基因构建蛋白质相互作用网络(PPI),分析并筛选HUB基因;通过TCGA数据集验证SPP1表达及与肺腺癌患者临床特征和预后的相关性;通过QY3F验证SPP1表达及与肺腺癌患者临床特征的相关性;通过TCGA数据库分析肺腺癌患者SPP1基因与相关通路的相关性。结果通过2个GEO数据集筛选出差异表达基因120个,上调表达23个,下调表达97个。GO功能富集分析结果显示,差异基因参与细胞外基质组织及细胞膜结构的形成和功能及调节细胞对生长因子刺激的反应、骨小梁形成、肽及糖胺聚糖绑定;KEGG通路富集分析结果显示,差异基因参与细胞外基质的黏附、蛋白质消化吸收及过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)信号通路。筛选出前10的HUB基因分别为DNA拓扑异构酶Ⅱα(TOP2A)、基质金属蛋白酶9(MMP9)、SPP1、基质金属蛋白酶抑制剂1(TIMP1)、羟基类固醇17-β脱氢酶6(HSD17B6)、细胞周期蛋白B1(CCNB1)、尿激酶型纤维蛋白溶酶原激活因子(PLAU)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(PBK)、周期蛋白依赖激酶抑制因子3(CDKN3)和人Ⅰ型胶原α1(COL1A1)。10个HUB基因中,除HSD17B6在TCGA数据库肺腺癌患者癌组织中的表达下降外,其他基因表达均高于癌旁正常组织,差异有统计学意义(P<0.05),其中SPP1上调表达差异最明显[癌旁正常组织(4.02±1.57)vs.肺腺癌组织(8.49±2.08)(P<0.05)];SPP1表达与性别、年龄、种族、肿瘤大小、肿瘤远处转移、病理分期无相关性,但与肿瘤淋巴结转移相关(P<0.05),与预后呈负相关(P<0.05);ROC曲线分析结果显示,SPP1表达诊断肺腺癌的AUC为0.95。QY3F数据集分析结果显示,肺腺癌组织中SPP1表达水平明显高于癌旁正常组织(P<0.05)。SPP1表达与性别、年龄、肿瘤大小、TNM分期及病理分期无相关性。SPP1与上皮间质细胞转化(EMT)相关性最高(P<0.05)。结论SPP1在肺腺癌组织中呈明显高表达,与肿瘤淋巴转移相关,机制通路可能与EMT相关,且SPP1对肺腺癌诊断及预后判断具有一定价值,是肺腺癌发展的关键基因。

血清miRNA-21检测对肺结节研究的诊断价值

目的探讨血清miRNA-21检测对肺结节的诊断价值。方法选择2019年8月—2020年12月齐齐哈尔医学院附属第三医院收治的肺结节患者40例作为研究对象,其中恶性20例作为恶性结节组,良性20例作为良性结节组;另选同期健康体检者20名最为对照组。采用荧光定量PCR法检测各组miRNA-21表达水平,采用化学发光法检测肺结节组的血清癌胚抗原(CEA)、细胞角质蛋白19片段抗原21-1(CYFRA21-1)水平。采用ROC曲线分析法比较以上三项指标单独检测及联合检测的敏感度和特异度。结果miRNA-21表达水平在三组差异均具有显著性。其中健康对照组和良性结节组的miRNA-21表达水平均显著高于恶性结节组(P<0.01)。血清miRNA-21、CEA、CYFRA-21单项诊断肺结节曲线下面积(AUC)分别为0.75、0.65、0.67,敏感性分别为100%、60%、50%,特异性分别为50%、75%、80%。三项指标联合检测AUC为0.85,敏感性75%,特异性85%。结论血清miRNA-21在恶性肺结节组中表达下调,提示miRNA-21可作为辅助诊断恶性结节的重要分子标志物。miRNA-21联合CEA、CYFRA-21检测对恶性肺结节具有更高的诊断效能。

血清miRNA-210检测对肺结节的诊断价值研究

目的通过检测血清微小核糖核酸-210(miRNA-210)的表达水平观察其在良、恶性肺结节诊断中的应用价值。方法选择2019年8月—2020年12月齐齐哈尔医学院附属第三医院收治的肺结节患者40例作为研究对象,根据病理结果将患者分为良性组和恶性组两组,每组各20例;另选同期健康体检者20名作为对照组。用化学发光法检测肺结节组的血清肿瘤标志物CEA、CYFRA21-1的水平;采用荧光定量PCR法检测三组人群的miRNA-210的表达水平。应用Mann-Whitney检验分析以上三组人群miRNA-210表达的差异性,ROC曲线分析法比较以上三种指标单独检测及联合检测在诊断良、恶性结节的效能。结果恶性组血清miRNA-210水平显著低于良性组(P<0.001)及健康对照组(P<0.001);良性组与对照组血清中miRNA-210的表达水平差异无统计学意义(P>0.05)。ROC曲线显示,miRNA-210、CEA、CYFRA21-1以及三种联合检测的曲线下面积(AUC)分别为0.80、0.65、0.6725、0.8625。结论血清中miRNA-210可作为鉴别良恶性结节的血清肿瘤标志物,miRNA-210、CEA、CYFRA21-1三种血清标志物联合检测对恶性肺结节具有更高的诊断价值。

基于癌症基因组图谱数据库肺腺癌预后风险模型的建立

目的:构建基于微小RNA(miRNA,miR)表达量的肺腺癌预后列线图风险模型,研究其对肺腺癌患者生存的预测价值。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载获取肺腺癌miRNA表达数据,包括miRNAseq和临床数据。应用R 3.6.2软件中的edgeR包筛选肺腺癌组织和正常肺组织的差异基因,以│logFC│>2,P<0.05为筛选条件。应用单因素回归分析、LASSO回归分析、多因素Cox回归分析筛选与预后明显相关的miRNAs,建立风险评分(risk score)方程,构建列线图模型。应用内部验证法和图像校准法、受试者工作特征曲线(ROC)评价模型的特异性和敏感性。通过风险评分及生存曲线对患者进行生存分析。分析miRNAs在各种族表达差异。结果:识别127个差异miRNA,下调16个,上调111个。单因素回归分析得到14个与预后相关的miRNAs,LASSO回归分析得到13个与预后相关的miRNAs(P<0.05)。多因素回归分析结果显示hsa-miR-1293、hsa-miR-450a-1、hsa-miR-5571、hsa-miR-3189、hsa-miR-490、hsa-miR-142、hsa-miR-31、hsa-miR-548v是显著的预测因素(P<0.05)。应用这8个miRNA构建列线图模型,Concordance值(0.701)及图像校准显示该列线图预测能力较好。1、3、5年曲线下面积(AUC)为0.721、0.748、0.733。生存分析结果显示高风险组较低风险组生存率低(P<0.05),随着风险评分数值的升高,死亡人数增多。KM生存曲线显示hsa-miR-1293、hsa-miR-5571、hsa-miR-490、hsa-miR-142、hsa-miR-31、hsa-miR-548v与肺腺癌生存预后相关(P<0.05)。另外这8个miRNAs表达种族差异无统计学意义(P>0.05)。结论:成功构建基于miRNAs表达预测肺腺癌预后的列线图模型,其预测准确性较高。