借助生物信息学方法对肝癌基因标志物的筛选

为了筛选出潜在的肝癌检测标志物,从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus database,GEO)中选择GSE14520、GSE36376、GSE25097数据集,筛选出公共差异表达基因,利用DAVID平台进行富集分析,应用Cytoscape软件筛选出枢纽基因,并通过GEPIA2平台对枢纽基因的表达和预后进行验证,最后分析蛋白表达水平.共197个基因被定义为3个基因芯片的公共差异表达基因,其中,CDC20、RACGAP1、ASPM、RFC4、FEN1、AURKA、NUSAP1、TOP2A为枢纽基因,均在肝癌中高表达并影响不良预后.枢纽基因的KEGG重分析显示,RFC4和FEN1显著富集在DNA复制通路;蛋白表达分析显示,肝癌患者的RFC4和FEN1基因的转录与翻译均表现为高表达.筛选出的8个基因可以作为肝癌诊断潜在的生物标志物,其中RFC4和FEN1可能是调控肝癌发生、发展与转移的关键基因.

铁蛋白结构和功能的生物信息学分析

[目的]通过生物信息学方法探究铁蛋白的结构和功能的相关信息,研究铁蛋白与肝癌的潜在关系。[方法]从NCBI获取铁蛋白序列,分别使用ProScale、TMHMM、NCBI-CDD和Prosite工具分析铁蛋白的亲疏水性、跨膜区、功能结构域和生物活性位点。使用SOPMA、PSIPRED和SWISS-MODEL平台预测了铁蛋白的二级结构和三级结构。进一步,基于STRING数据库研究了铁蛋白的互作蛋白和富集通路。[结果]铁蛋白是一种亲水性蛋白,无跨膜区,存在1个铁蛋白样二铁氧化的功能结构域和2个生物活性位点,具有较高的螺旋程度。铁蛋白与RPS17、TFRC、SCARA5、NCOA4和COX8A五种蛋白相互作用,这些蛋白显著富集在铁死亡与矿物吸收富集途径,与癌症的发生有关。[结论]对铁蛋白进行生物信息学分析,预测了铁蛋白重链和轻链的理化性质和空间结构,也从其功能上揭示了与肝癌的潜在关系,为深入研究提供了理论基础。