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基因组不稳定相关LncRNA模型预测结肠癌患者预后和顺铂药物敏感性
1
作者
童曈
杨阳
+1 位作者
余昌俊
方昌义
《安徽医科大学学报》
CAS
北大核心
2023年第9期1480-1488,共9页
目的探索结肠癌基因组不稳定性相关的长链非编码RNA(LncRNA)和其预测临床预后及治疗的潜力。方法差异分析采用R包“limma”,使用单因素Cox分析和多变量Cox比例风险回归分析构建预后风险模型。预后差异采用Kaplan-Meier法评价,log-rank...
目的探索结肠癌基因组不稳定性相关的长链非编码RNA(LncRNA)和其预测临床预后及治疗的潜力。方法差异分析采用R包“limma”,使用单因素Cox分析和多变量Cox比例风险回归分析构建预后风险模型。预后差异采用Kaplan-Meier法评价,log-rank检验差异显著性。预后模型能效通过时间依赖的受试者工作特征曲线下面积(AUC)进行评价。使用R包“pRRophetic”对患者进行抗癌药物敏感性预测。使用R软件包rms建立了列线图,并计算列线图总体的一致性指数。应用实时荧光定量PCR法检测预后保护因素表达水平差异。结果共获得22个与患者预后基因组不稳定相关LncRNAs,2个为结肠癌患者预后的保护因素,20个为预后危险因素。构建了一个基因组不稳定相关LncRNAs构成的预后模型,高风险评分的患者的AUC更低,中位生存期更短。该模型预测五年生存的AUC在训练集中为0.823,在验证集中为0.722,在总体TCGA结肠癌患者中为0.759。低风险评分的患者顺铂的半数抑制浓度(IC 50)更低,敏感性更高(P<0.0001)。结肠癌组织中预后保护因素的表达显著低于结肠癌旁组织。结论构建一个由8个基因组不稳定相关LncRNAs组成的预后预测风险模型,并加以验证。此外,该模型还可以预测顺铂药物的敏感性。结合肿瘤分期(stage)和该预后模型构建一个列线图。该列线图对于结肠癌患者五年生存的预后预测能力要优于传统的组织病理学特征和前人所构建的预后模型。
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关键词
结肠癌
生物信息学
肿瘤预后
基因组不稳定
长链非编码RNA
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职称材料
如果不改名,或许我们就读不到这些书了
2
作者
童曈
《教育家》
2016年第35期62-65,共4页
大概从小学学习写作起,给作品取标题就成了许多人最大的噩梦之一。如果是命题作文那还好,反正没有什么发挥的空间,但是如果是话题作文或者随笔,想一个好的标题往往占据了写作的近一半的时间。好的标题的标准是什么?紧扣主题,精准概括,...
大概从小学学习写作起,给作品取标题就成了许多人最大的噩梦之一。如果是命题作文那还好,反正没有什么发挥的空间,但是如果是话题作文或者随笔,想一个好的标题往往占据了写作的近一半的时间。好的标题的标准是什么?紧扣主题,精准概括,有新意,但有时华丽过后却发现简单朴素也能占据上风。这就像挑选一位好的爱人的标准一样,到最后不是跟着感觉走,就是众人协商的结果,哪有那么多的条条框框说得清楚。
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关键词
话题作文
命题作文
简单朴素
杀死一只知更鸟
《洛丽塔》
菲茨杰拉德
约翰·斯坦贝克
威廉·戈尔丁
《傲慢与偏见》
《蝇王》
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职称材料
题名
基因组不稳定相关LncRNA模型预测结肠癌患者预后和顺铂药物敏感性
1
作者
童曈
杨阳
余昌俊
方昌义
机构
安徽医科大学第一附属医院高新院区胃肠外科
出处
《安徽医科大学学报》
CAS
北大核心
2023年第9期1480-1488,共9页
基金
国家自然科学基金(编号:81902451)。
文摘
目的探索结肠癌基因组不稳定性相关的长链非编码RNA(LncRNA)和其预测临床预后及治疗的潜力。方法差异分析采用R包“limma”,使用单因素Cox分析和多变量Cox比例风险回归分析构建预后风险模型。预后差异采用Kaplan-Meier法评价,log-rank检验差异显著性。预后模型能效通过时间依赖的受试者工作特征曲线下面积(AUC)进行评价。使用R包“pRRophetic”对患者进行抗癌药物敏感性预测。使用R软件包rms建立了列线图,并计算列线图总体的一致性指数。应用实时荧光定量PCR法检测预后保护因素表达水平差异。结果共获得22个与患者预后基因组不稳定相关LncRNAs,2个为结肠癌患者预后的保护因素,20个为预后危险因素。构建了一个基因组不稳定相关LncRNAs构成的预后模型,高风险评分的患者的AUC更低,中位生存期更短。该模型预测五年生存的AUC在训练集中为0.823,在验证集中为0.722,在总体TCGA结肠癌患者中为0.759。低风险评分的患者顺铂的半数抑制浓度(IC 50)更低,敏感性更高(P<0.0001)。结肠癌组织中预后保护因素的表达显著低于结肠癌旁组织。结论构建一个由8个基因组不稳定相关LncRNAs组成的预后预测风险模型,并加以验证。此外,该模型还可以预测顺铂药物的敏感性。结合肿瘤分期(stage)和该预后模型构建一个列线图。该列线图对于结肠癌患者五年生存的预后预测能力要优于传统的组织病理学特征和前人所构建的预后模型。
关键词
结肠癌
生物信息学
肿瘤预后
基因组不稳定
长链非编码RNA
Keywords
colon cancer
bioinformatics
tumor prognosis
genomic instability
long non-coding RNAs
分类号
R735.35 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
如果不改名,或许我们就读不到这些书了
2
作者
童曈
出处
《教育家》
2016年第35期62-65,共4页
文摘
大概从小学学习写作起,给作品取标题就成了许多人最大的噩梦之一。如果是命题作文那还好,反正没有什么发挥的空间,但是如果是话题作文或者随笔,想一个好的标题往往占据了写作的近一半的时间。好的标题的标准是什么?紧扣主题,精准概括,有新意,但有时华丽过后却发现简单朴素也能占据上风。这就像挑选一位好的爱人的标准一样,到最后不是跟着感觉走,就是众人协商的结果,哪有那么多的条条框框说得清楚。
关键词
话题作文
命题作文
简单朴素
杀死一只知更鸟
《洛丽塔》
菲茨杰拉德
约翰·斯坦贝克
威廉·戈尔丁
《傲慢与偏见》
《蝇王》
分类号
G6 [文化科学—教育学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基因组不稳定相关LncRNA模型预测结肠癌患者预后和顺铂药物敏感性
童曈
杨阳
余昌俊
方昌义
《安徽医科大学学报》
CAS
北大核心
2023
0
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职称材料
2
如果不改名,或许我们就读不到这些书了
童曈
《教育家》
2016
0
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职称材料
已选择
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