基于冷冻电镜的草鱼呼肠孤病毒对称失配三维重构算法研究

在利用病毒的二十面体对称性重构其三维结构的过程中,对称失配问题的存在阻碍了病毒真实结构的解析以及高分辨结构的获取。为破除对称失配对病毒三维结构的影响,提出了一种利用二十面体点群的特殊子群搜索的对称失配三维重构算法。以草鱼呼肠孤病毒(Grass Corp Reovirus, GCRV)为试验材料,利用冷冻电镜三维重构技术获取GCRV三维结构,通过局部三维重构及对称失配搜索,并加入GCRV特异性顶点的搜索获得取向信息。结果表明:该算法提升了对称失配取向搜索的效率,并通过确定病毒内部聚合酶复合物所在的二十面体特异性顶点位置,准确地还原了草鱼呼肠孤病毒(GCRV)的取向信息。结果证实了病毒缺失的RdRp处于伪D3对称的赤道组中,并为解析双链RNA病毒全病毒对称失配结构以及探明双链RNA病毒内源转录分子机制的研究提供了新的方法。