基于高密度SNP标记的云南元阳红米种质资源遗传多样性分析

为了明确云南元阳红米地方品种种质资源的遗传背景及遗传多样性,给当地红米种质资源保护与开发利用提供理论依据,对元阳梯田地区的红米种质资源进行了全面收集,并利用分布于水稻12条染色体53032个SNP标记的水稻50K液相基因芯片对155份红米材料进行全基因组基因型检测,通过群体结构和聚类分析,评价红米种质资源的遗传背景和多样性。通过计算最小等位基因频率(MAF)、核苷酸多态性(pi)、多态性信息含量(PIC)等多个多态性指标,发现元阳红米品种间的位点遗传多样性较低。通过群体结构分析,可将供试材料分为9大类,9个类群之间基因交流不频繁,类群内遗传背景单一,少部分材料具有混合的遗传背景。NJ聚类分析可将供试材料分为明显的籼、粳2大类,其中籼稻类涵盖的材料有140份,占供试材料总数的90%。本研究利用高密度SNP基因型数据揭示了云南元阳地方红米品种的遗传多样性水平较低、种质资源遗传背景单一等特点,通过精准鉴定去除了品种重复,为当地红米种质资源的保护与利用提供理论依据。