基于unix的cDNA序列自动分析系统的构建和应用

基于unix/linux操作系统和mysql数据库 ,利用phred/phrap ,stackpack ,blast软件 ,对cDNA和EST序列进行大规模自动分析。它可以完成从测序峰图文件向核酸序列的转化 ,去除载体污染和重复序列 ,序列聚类 ,拼接 ,分析可变剪切 ,数据库搜索进行相似性分析。该系统可以加速大规模EST测序的分析速度。

云南纳西族HLA-DRB1基因多态性研究及其族源分析

首次在国内采用本室改进的高分辨率的基于内含子的PCR -SBT分型方法 ,检测云南纳西族HLA -DRB1基因多态性。在 60例纳西族个体中共检出 37种HLA -DRB1等位基因 ,其显著特点是等位基因的类型检出较多 ,频率分布比较平均 ,除 1 2 0 2 1 ( 1 7 5 0 % )外其他的等位基因频率均低于 8% ,其他较常见的等位基因 ( >5 % )还有 1 40 4 ( 7 5 0 % ) ,1 5 0 4 ( 5 83% ) ,0 4 0 5 1 ( 5 83% ) ,0 80 32 ( 5 83% ) ,0 90 1 2 ( 5 % ) ,0 30 1 1 ( 5 % )。这几种中频等位基因共占可检出等位基因的 35 % ,与 1 2 0 2 1一起共占 5 2 49%。其中DRB1 0 30 5、0 4 38、1 1 2 3、1 1 32、1 31 0、0 81 2为首次在我国人群中检出 ,并且在世界各地人群中也比较罕见。对纳西族和世界各地人群的HLA -DRB1频率进行了聚类分析。比较分析的结果显示纳西族明显属于中国南方族群 ,未显示出其族源来自北方的痕迹。根据遗传数据 ,并参照民族学、历史学研究 。

广州地区汉族人乙型肝炎病毒感染与HLA-DPB1基因的相关性研究

目的 :探讨人类白细胞抗原 (HLA)的DPB1基因与广州地区汉族人乙型肝炎病毒 (HBV)感染的相关性。方法 :采用测序分型技术 (SBT)对广州地区汉族人中 58例乙型肝炎患者和 75例正常个体的HLA -DPB1基因位点进行了基因分型。结果 :两者的HLA -DPB1等位基因表现型频率差异均无显著性。结论 :本研究检验的广州地区部分汉族人的HBV感染与HLA

一种以测序为基础的基因分型方法的建立

设计了一种自动化的基因分型方法，能够直接利用ＰＣＲ产物的ＤＮＡ测序结果作为数据，通过自动化基因分型程序（ａｕｔｏｍａｔｉｃ ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ ｐｒｏｇｒａｍ）与一个含有其等位基因序列的数据库进行比较，来完成高精度的基因分型工作．用这种方法对５０个随机挑选的中冈南方人的ＨＬＡ－ＤＰＢ１基因进行广基因分型，证明该方法是可行的，并从中发现了２个不明确杂合子以及一个新的等位基因序列．随后对这些样品克隆测序，发现除了２个不明确杂合子得到了进一步的区分外，其它样品都与前面的分型结果一致，显示了９６％的精确性．通过以上的研究表明，成功建立了一种高精度的、基于序列的分型（ｓｅｑｕｅｎｃｅ－ｂａｓｅｄ ｔｙｐｉｎｇ）方法．既然该方法能成功分型ＨＬＡ－ＤＰＢ１基因，预示了该方法同样能应用于其它基因的分型．该ＡＧＰ程序可以在ｈｔｔｐ：／ｇｅｎｏｍｅ．ｚｓｕ．ｅｄｕ．ｃｎ免费下载．