基于细胞毒性T淋巴细胞相关基因肝细胞癌预后模型的构建及功能分析

目的构建基于细胞毒性T淋巴细胞(CTL)相关基因肝细胞癌(HCC)预后模型,并验证其对HCC患者预后预测的价值。方法从癌症基因组图谱(TCGA)和国际癌症基因组联盟(ICGC)下载HCC患者mRNA基因表达谱数据及对应的临床信息,并使用Lasso-Cox回归构建基于TCGA队列的预后模型,ICGC队列用于外部验证。基因本体(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析及单样本基因集富集分析(ssGSEA)免疫细胞浸润及免疫相关功能激活情况。结果本研究共确定了55个CTL相关的差异表达基因,37个CTL相关的差异表达基因与总生存期相关(P均<0.05),最终构建了包含6个基因的预后模型;受试者工作特征曲线证明了该模型的预测能力;富集分析表明离子通道和免疫相关途径显著富集。结论成功构建了基于CTL相关基因的肝细胞癌预后模型,并验证了该模型有助于预测HCC患者预后。

基于生物信息学的肝细胞癌患者预后风险模型的建立与验证

目的 利用公共数据库构建用于临床治疗肝细胞癌(HCC)的预后风险模型。方法 分别从癌症基因组图谱(TCGA)和国际癌症基因组联盟(ICGC)下载HCC以及癌旁正常组织的mRNA表达数据及临床信息。在TCGA队列中筛选与总生存期(OS)相关的差异表达基因(DEGs),从中抽取2个或3个mRNAs构成一个组合,对所有组合进行Cox风险比例回归模型构建。通过受试者工作特征(ROC)曲线的曲线下面积(AUC)确定最优基因组合,并进行基于ICGC队列的外部验证;以TCGA队列的风险评分中位值将患者分为高风险组与低风险组,进行基因集富集分析(GSEA),并通过pRRophetic R软件包预测HCC患者使用索拉非尼、丝裂霉素、依托泊苷、阿霉素、紫杉醇和顺铂的相对半抑制浓度(IC;)。结果 该预后风险模型预测TCGA队列的1、3、5年OS的ROC的AUC分别是0.786、0.713、0.699,预测ICGC队列的1、3、4年OS的ROC的AUC分别为0.719、0.709、0.766。GSEA表明高风险组患者细胞周期相关通路被激活,胆汁酸代谢被抑制。索拉非尼在低风险组的IC;低于高风险组,而细胞周期相关化疗药物在低风险组的IC;高于高风险组,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论 本研究建立并验证了HCC预后风险模型,为HCC患者个体化诊疗方案的制订提供参考依据。

一种新型肝细胞癌预后模型的开发与验证

目的建立一种预测能力佳、成本低的肝细胞癌预后模型。方法从癌症基因组图谱(TCGA)和国际癌症基因组联盟(ICGC)下载肝细胞癌患者mRNA表达数据及其临床信息。筛选与总生存期(overall survival,OS)相关的差异基因,采用排列组合方法批量基于TCGA队列建模,进行ICGC队列验证,通过受试者工作特征曲线(receiver operating characteristiccurve,ROC)的曲线下面积(AUC)筛选满足条件的基因组合。结果本研究共筛选预后相关差异基因692个,并筛选出最佳基因组合DPYSL4、DTYMK、HOXD9,构建一个含3个基因的模型,将患者分为高、低风险2组。与低风险组相比,高风险组患者的OS显著降低(TCGA队列中P<0.001,ICGC队列中P<0.001)。在多因素Cox回归分析中,风险评分仍是OS的独立预测因子(TCGA队列中HR>1且P<0.001,ICGC队列中HR>1且P<0.001)。功能分析显示细胞周期、核糖体、代谢相关过程富集。结论本研究开发了一种新型肝细胞癌预后模型,可用于预测肝细胞患者的预后。

纸基ELISA的应用及其研究进展

纸基酶联免疫吸附试验(paper-based enzyme-linked immunosorbent assay, p-ELISA)是一种新兴的检测技术,它与传统的96孔板ELISA原理相同,不同的是它以纸作为固相载体。因其试剂用量小、检测快速、成本低、不需特殊仪器等优点在临床受到越来越多的关注。文章主要从载体的选择、纸基微孔的制备、p-ELISA的应用以及本方法的优缺点等方面进行介绍,最后对p-ELISA的应用前景进行展望。