我国部分省份牛冠状病毒HE基因遗传变异分析

2020-2023年收集我国14个省份78个临床发病牛群的肛拭子、粪便、组织等样品1819份,用实时荧光RT-PCR方法进行牛冠状病毒(BCoV)检测,并选取部分核酸阳性样品进行HE基因全长的扩增、测序与遗传变异分析。78个发病牛群中,BCoV阳性场占56.41%,共获得35条HE基因全长序列,与参考序列相比,核苷酸同源性为97.0%~100.0%,氨基酸同源性为97.0%~99.8%。系统进化分析表明,BCoV毒株HE基因在进化上呈现典型的地域性特点,亚洲毒株和美国毒株进化上较为接近,而欧洲毒株位于另一个分支,所测毒株与中国参考毒株处于亚-美型毒株分支中,位置相对较为集中。所测35个HE序列中,有34个没有发生插入或缺失突变,来自宁夏的BCoV/NX13/CHN/2023毒株其HE基因存在12个核苷酸的插入突变,证实了BCoV HE基因插入变异株在我国的存在。基因重组分析显示,该毒株与BCoV/HeB120/CHN/2021的HE基因可能发生了重组,预测重组值分别为0.797和0.759。说明了我国部分省份临床发病牛群BCoV感染及BCoV HE基因的遗传变异,为明晰我国BCoV流行毒株分子特征提供参考。