乳腺癌HLA-A2限制性新抗原表位的生物信息学分析

目的:通过生物信息学方法筛选乳腺癌HLA-A2限制性新抗原候选表位,寻找乳腺癌新抗原高频突变位点。方法:利用NCBI、GDC数据库,从已报道的文献与测序数据中寻找乳腺癌单核苷酸变异形成的错义突变位点,通过HLA-A2抗原表位预测网站BIMAS、SYFPEITHI与基于人工神经网络的NetMHC4.0预测新抗原表位,剔除TAP结合力低于Intermediate的表位,按突变频率与预测结果对候选表位进行优先级排序。结果:使用上述方法共筛选出了BTLA、ERBB2、NBPF12等17个相对高频突变基因,共26个新抗原表位,不同表位BIMAS、SYFPEITHI预测结合力有较大差异(P<0.05),高优先级表位如GSTP1(A114V,突变频率5.94%)、BRCA2(N991H,突变频率5.40%)等有望成为新抗原候选位点,但其突变频率较低,难以做到真正的"通用",其作为乳腺癌通用新抗原疫苗表位的可能性较小。结论:乳腺癌共有突变低于其他肿瘤,寻找"通用"乳腺癌新抗原表位较为困难;"个体化"新抗原疫苗也许更有前景,但仍需要进一步研究来证实。

神经鞘磷脂合成酶2与阿霉素致乳腺癌细胞线粒体损伤的相关性

目的:探讨神经鞘磷脂合成酶2(SMS2)的表达与阿霉素(ADR)致乳腺癌细胞线粒体损伤的相关性.方法:采用过表达慢病毒感染法构建并筛选SMS2过表达的乳腺癌MCF-7细胞.CCK-8实验检测细胞对ADR的IC50值,选择适当浓度的ADR药物作用条件处理细胞后,使用MitoSOX试剂染色检测线粒体ROS水平,检测细胞内ATP水平以评估线粒体功能;电镜观察线粒体超微结构的异同;Western blot检测线粒体细胞色素C的释放水平和细胞凋亡相关蛋白Cleaved-PARP、Cleaved-Caspase 3、Bcl-2、Bax表达水平.结果:SMS2过表达的MCF-7细胞对ADR的IC50值为(2.42±0.073)μmol/L,而对照组细胞IC50值为(0.62±0.036)μmol/L(P<0.01).2μmol/L ADR处理细胞24 h后,SMS2过表达的MCF-7细胞内线粒体ROS水平降低(P<0.05);细胞内ATP水平增加(P<0.05);电镜观察示线粒体结构性损伤减轻;线粒体细胞色素C的释放水平降低(P<0.05);抗凋亡蛋白Bcl-2表达增加,促凋亡蛋白Cleaved-PARP、Cleaved-Caspase 3、Bax的表达减少(P<0.05).结论:SMS2过表达可能通过减轻ADR对乳腺癌MCF-7细胞线粒体的损伤作用,进而抑制细胞凋亡.