水稻C24-甾醇甲基转移酶基因OsSMT2的生物信息学分析

【目的】为水稻C-24甾醇甲基转移酶基因OsSMT2的进一步研究提供理论参考。【方法】以水稻OsSMT2基因为研究对象,通过生物信息学分析方法,对OsSMT2蛋白质的理化性质、结构特点、共表达基因的富集、启动子的顺式作用元件及表达模式等进行分析。【结果】水稻OsSMT2基因CDS全长1092 bp,编码1个含363个氨基酸的蛋白质,该蛋白质具有甲基转移酶结构域和甾醇甲基转移酶C末端结构域;OsSMT2蛋白质不含信号肽,存在1个跨膜结构域;OsSMT2基因的共表达基因主要富集到DNA的复制过程和次生代谢物的生物合成等途径中,可能参与植物的抗寒和抗旱过程;OsSMT2基因在萌发种子中的表达量最高,在叶片的表达量最低。【结论】水稻OsSMT2基因主要在萌发的种子、胚根、胚芽中高表达,参与水稻DNA复制和细胞分裂的主要过程,可作为水稻抗寒和抗旱育种的候选基因。

水稻胞质磺基转移酶OsCST5基因的生物信息学分析

磺基转移酶基因是一个基因超家族,它对植物的生长发育和抗病等方面有着重要的作用。为了研究OsCST5 (LOC_Os08g20130)在水稻中的功能,本研究对水稻OsCST5基因进行生物信息学分析并检测其在不同组织中的表达模式。结果表明,水稻OsCST5基因CDS全长1 008 bp,编码产物为一个含335个氨基酸的蛋白质,其分子量为37 320.70。Os CST5蛋白具有典型的磺基转移酶-3结构域,不存在跨膜结构域,也不含信号肽;进一步通过OsCST5共表达基因的GO富集和KEGG富集分析,结果显示OsCST5共表达基因主要参与抗病反应的代谢通路,通过启动子顺式元件分析发现OsCST5启动子区域含有抗病反应和发病相关基因的启动子结合位点。qRT-PCR检测结果表明OsCST5在胚芽中的表达量最高,其次是根。综上所述,OsCST5可能参与了水稻的抗病机制,为进一步研究OsCST5在水稻中的免疫机制提供了理论依据。