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基于CUDA的蛋白质翻译后修饰鉴定MS-Alignment算法加速研究
被引量:
1
1
作者
翟艳堂
涂强
+2 位作者
郎显宇
陆忠华
迟学斌
《计算机应用研究》
CSCD
北大核心
2010年第9期3409-3414,共6页
对MS-Alignment算法进行分析得出该算法很难满足大规模数据对鉴定速度的要求,而且具有的一个特点是相同的任务在不同的数据上重复计算,为数据划分提供了基础。基于CUDA编程模型使用图形处理器(GPU)对步骤数据库检索及候选肽段生成进...
对MS-Alignment算法进行分析得出该算法很难满足大规模数据对鉴定速度的要求,而且具有的一个特点是相同的任务在不同的数据上重复计算,为数据划分提供了基础。基于CUDA编程模型使用图形处理器(GPU)对步骤数据库检索及候选肽段生成进行加速优化,设计了该步骤在单GPU上的实现方法。测试结果表明,此方法平均加速比为30倍以上,效果良好,可以满足蛋白质翻译后修饰鉴定中大规模数据快速计算的需求。
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关键词
蛋白质翻译后修饰鉴定
MS-Alignment
图形处理器
统一计算设备架构
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职称材料
腾讯大规模Hadoop集群实践
被引量:
1
2
作者
翟艳堂
《程序员》
2014年第2期99-103,共5页
TDW是腾讯最大的离线数据处理平台。本文主要从需求、挑战、方案和未来计划等方面,介绍了TDW在建设单个大规模集群中采取的JobTracker分散化和NameNode高可用两个优化方案。
关键词
集群
腾讯
数据处理平台
优化方案
高可用
分散化
下载PDF
职称材料
题名
基于CUDA的蛋白质翻译后修饰鉴定MS-Alignment算法加速研究
被引量:
1
1
作者
翟艳堂
涂强
郎显宇
陆忠华
迟学斌
机构
中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心
中国科学院研究生院
出处
《计算机应用研究》
CSCD
北大核心
2010年第9期3409-3414,共6页
基金
中国科学院知识创新工程重大项目基金资助项目(KGGX1-YW-13)
CNIC主任基金资助项目(CNIC_ZR_09005)
+1 种基金
财政部国家重大科研装备研制项目(ZDYZ2008-2)
中国科学院院长奖获得者科研专项基金资助
文摘
对MS-Alignment算法进行分析得出该算法很难满足大规模数据对鉴定速度的要求,而且具有的一个特点是相同的任务在不同的数据上重复计算,为数据划分提供了基础。基于CUDA编程模型使用图形处理器(GPU)对步骤数据库检索及候选肽段生成进行加速优化,设计了该步骤在单GPU上的实现方法。测试结果表明,此方法平均加速比为30倍以上,效果良好,可以满足蛋白质翻译后修饰鉴定中大规模数据快速计算的需求。
关键词
蛋白质翻译后修饰鉴定
MS-Alignment
图形处理器
统一计算设备架构
Keywords
identification of post-translational modifications
MS-Alignment
graphics processing units ( GPU)
compute unified device architecture ( CUDA)
分类号
TP312 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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职称材料
题名
腾讯大规模Hadoop集群实践
被引量:
1
2
作者
翟艳堂
出处
《程序员》
2014年第2期99-103,共5页
文摘
TDW是腾讯最大的离线数据处理平台。本文主要从需求、挑战、方案和未来计划等方面,介绍了TDW在建设单个大规模集群中采取的JobTracker分散化和NameNode高可用两个优化方案。
关键词
集群
腾讯
数据处理平台
优化方案
高可用
分散化
分类号
TP311.56 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于CUDA的蛋白质翻译后修饰鉴定MS-Alignment算法加速研究
翟艳堂
涂强
郎显宇
陆忠华
迟学斌
《计算机应用研究》
CSCD
北大核心
2010
1
下载PDF
职称材料
2
腾讯大规模Hadoop集群实践
翟艳堂
《程序员》
2014
1
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职称材料
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