基于高通量测序的野生和养殖台湾白甲鱼皮肤细菌群落多样性分析

为探究野生和养殖台湾白甲鱼Onychostoma barbatulum Pellegrin皮肤细菌菌群组成及其多样性,采用16S rRNA基因V3~V4区高通量测序法,对1龄野生及养殖的健康台湾白甲鱼皮肤细菌进行测序及信息学分析。结果表明:台湾白甲鱼皮肤细菌菌群主要分布在18个门,其中,变形菌门Proteobacteria、厚壁菌门Firmicutes、拟杆菌门Bacteroidetes和放线菌门Actinobacteria的菌落数最多;从属水平分析,菌落含量丰富度排名前8的菌主要分布在嗜氢菌属Hydrogenophilus、变形杆菌属Proteus、芽孢杆菌属Bacillus、水栖菌属Enhydrobacter、普雷沃菌属Prevotella、刺骨鱼菌属Epulopiscium、纤维弧菌属Cellvibrio和雷尔氏菌属Ralstonia;细菌群落功能分析显示,这些菌群主要参与氨基酸代谢、碳水化合物代谢、辅因子与维生素代谢、脂代谢、次级代谢产物合成和能量代谢;通过比较野生和养殖台湾白甲鱼皮肤细菌群落发现,厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门、疣微菌门和酸杆菌门是台湾白甲鱼中广泛存在的菌群。研究表明,野生和养殖台湾白甲鱼皮肤的细菌群落组成及多样性存在明显差异,野生台湾白甲鱼皮肤的细菌菌群远多于养殖台湾白甲鱼。