R/Bioconductor在Affymetrix表达芯片中的应用

R是用于统计计算和数据作图的编程语言和程序设计环境,能在多种平台下编译和运行。Bioconductor也是免费开源的程序设计环境,它主要基于统计编程语言R,用于基因组数据的分析。我们通过已发表的数据,包含斑马鱼心肌再生的生物芯片数据,分析源码实例,较为详细地介绍和讲解了R/BioConductor的用法,为推广优秀的免费统计软件提供了一个简单的中文使用手册。

“健康中国”理论指导下兽医生物医学系列课程教学改革的探索与实践

近年来,中国农业大学兽医生物医学教研中心在兽医生物医学系列课程改革方面进行了积极探索,将“健康中国理念”与“课程思政”改革有机结合,取得了一定成效。在开设的动物细胞生物学、兽医生物技术、兽医生物统计学、细胞生物学进展、细胞生物学实验技术、细胞培养实验技术等系列课程中,以“健康中国2030规划纲要”为指导[1-2],深入挖掘和梳理各理论课程和实验项目中蕴含的思政教育元素和所承载的育人功能,凝练成独特的兽医生物医学课程思政案例.

再生过程中心肌细胞去分化和增殖的研究进展

心肌梗死严重威胁人类生命健康。损伤的成体哺乳动物心脏无法进行再生,最终导致心力衰竭。多种临床治疗手段可以缓解心肌梗死症状,但无法修复死亡的心肌细胞。斑马鱼等低等脊椎动物以及一些新生哺乳动物心脏受到损伤后可以再生。研究心脏再生的细胞和分子机制可为成体心脏损伤修复提供理论基础。越来越多的研究表明,心脏损伤后心肌细胞的修复依赖于心肌细胞的去分化和增殖。该文简单概述心脏再生过程中心肌细胞的来源以及心肌细胞去分化和增殖的分子机制。

UHRF1依赖自身的甲基化修饰调控HIF-1α的蛋白水平

缺氧诱导因子-1(hypoxia-inducible factor-1,HIF-1)在低氧应答中起着关键作用。HIF-1是由HIF-1α和HIF-1β两种亚基组成的异二聚体转录因子。该研究探讨了缺氧条件下,泛素样含PHD和环指域1(ubiquitin-like with PHD and RING finger domains 1,UHRF1)对HIF-1α蛋白水平的影响。利用UHRF1靶向小干扰RNA抑制UHRF1的表达后,分别通过Western blot和q RT-PCR检测HIF-1α蛋白及m RNA的表达水平。在He La和Hep G2细胞中过表达UHRF1,通过Western blot检测HIF-1α的蛋白表达水平。同时过表达或抑制包含SET结构域的组蛋白甲基转移酶7/9(SET domain containing histone lysine methyltransferase 7/9,SET7/9)及UHRF1,用Western blot检测HIF-1α蛋白表达水平。利用免疫共沉淀的方法检测UHRF1及其不同截短蛋白与HIF-1α蛋白之间的相互作用。将UHRF1的第385位赖氨酸突变为精氨酸,利用免疫共沉淀检测该突变蛋白与HIF-1α蛋白之间的相互作用。研究发现,在低氧条件下,抑制UHRF1的表达能够上调HIF-1α的蛋白水平,且不影响HIF-1α的m RNA水平;单独过表达UHRF1并不影响HIF-1α的蛋白水平,但是当同时过表达UHRF1和SET7/9时,HIF-1α蛋白水平降低;并且同时抑制UHRF1和SET7/9的表达会挽救单独抑制UHRF1表达时HIF-1α蛋白水平增加的现象。进一步发现,UHRF1和HIF-1α蛋白相互作用,两者之间的相互作用关系依赖于UHRF1的第385位赖氨酸甲基修饰,且该甲基化修饰受到SET7/9的调控。UHRF1可依赖SET7/9介导的自身蛋白甲基化修饰与HIF-1α相互作用,并影响HIF-1α的蛋白水平。