目的对北京治疗前耐药监测发现的具有遗传相似性的两株新发重组毒株进行前病毒HIV-1 DNA近全长基因组扩增和序列分析,以了解其遗传特征和重组模式。方法对北京佑安医院募集的2例新发重组毒株感染者,用广州海力特公司核酸提取和纯化试剂...目的对北京治疗前耐药监测发现的具有遗传相似性的两株新发重组毒株进行前病毒HIV-1 DNA近全长基因组扩增和序列分析,以了解其遗传特征和重组模式。方法对北京佑安医院募集的2例新发重组毒株感染者,用广州海力特公司核酸提取和纯化试剂从白细胞富集层提取前病毒HIV-1 DNA。运用SimPlot 3.5软件分析重组模式和断点,并用Mega 11构建分片段最大似然法进化树验证重组事件。结果从2个男男性行为(men who have sex with men,MSM)感染者扩增获得HIV-1近全长基因组序列。SimPlot重组断点分析显示BL6218-00和BL6017-01基因组均以CRF5501B为骨架,分别在gag和env基因区,或gag、pol、vpu/env、nef/3’LTR基因区,由CRF07BC重组而成。2条序列的CRF07BC片段均与来自MSM人群的CRF07BCN参考毒株序列聚集成单系进化簇。结论用前病毒DNA扩增方法从北京MSM人群发现了两株以CRF5501B为骨架且重组模式不同的独特重组型毒株,重组亲本CRF07BC均来自我国北方MSM人群。展开更多
文摘目的对北京治疗前耐药监测发现的具有遗传相似性的两株新发重组毒株进行前病毒HIV-1 DNA近全长基因组扩增和序列分析,以了解其遗传特征和重组模式。方法对北京佑安医院募集的2例新发重组毒株感染者,用广州海力特公司核酸提取和纯化试剂从白细胞富集层提取前病毒HIV-1 DNA。运用SimPlot 3.5软件分析重组模式和断点,并用Mega 11构建分片段最大似然法进化树验证重组事件。结果从2个男男性行为(men who have sex with men,MSM)感染者扩增获得HIV-1近全长基因组序列。SimPlot重组断点分析显示BL6218-00和BL6017-01基因组均以CRF5501B为骨架,分别在gag和env基因区,或gag、pol、vpu/env、nef/3’LTR基因区,由CRF07BC重组而成。2条序列的CRF07BC片段均与来自MSM人群的CRF07BCN参考毒株序列聚集成单系进化簇。结论用前病毒DNA扩增方法从北京MSM人群发现了两株以CRF5501B为骨架且重组模式不同的独特重组型毒株,重组亲本CRF07BC均来自我国北方MSM人群。