应用t-SNE算法探讨实验室检查在自身免疫性疾病诊断上临床意义

应用机器学习算法t-SNE(t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding)对自身免疫性疾病患者实验室检查数据进行数据分析,探索其中数据结构、数据之间的关系以及在自身免疫性疾病诊断方面的意义。方法 构建以t-SNE为基础的数据分析模型,以原始实验室检查数据生成的大量高维数据集反复训练模型,确定各种重要参数和实验流程,最终对生成的一系列可视化散点图进行分析,揭示其中包含的信息和知识。结果 本研究建立了可靠性与实用性较强的数据分析模型以及具有临床实践意义的数据分析流程。通过对880例常见自身免疫性疾病病种的数据分析,发现超敏C反应蛋白将所有病例显著地分为两大类;同病种的病例具有明显聚集的数据簇结构,不同病例的数据点有重叠现象;通过比较不同的数据集分析结果,进一步简化了检查项目组合。结论 采用本研究建立的数据分析模型,能够将复杂的临床高维数据集通过计算简化为二维的可视化散点图。通过对散点图上重叠数据点的解析,快速地将疑难病例甄别出来,表明了数据分析模型的可靠性;研究结果表明超敏c反应蛋白可能在自身免疫性疾病的发生发展中具有启动者的作用;简化的检查项目组合也可以取得具有临床诊断价值的结果,在一定程度上节约了医疗资源。

基于tSNE肾移植术后2周内临床检验数据分析的初步研究

探索针对临床数据分析的新方法,新体系,并建立相应的数据分析模型。 方法 采集肾移植术后2周内病人的原始数据,经过数据的清洗、标准化和归一化规等预预处理,采用t SNE建模并进行数据分析,以二维散点图的形式展现数据分析结果。结果 原始病例分布图显示存在三个明显的病例聚集簇,包含的病例超过全部病例数的50%;肾小球滤过率分布图显示大部分病例滤过率在平均滤过滤以上,很少部分病例具有正常肾小球滤过率,较低水平的肾小球滤过率病例具有聚集现象。结论 t SNE构建的数据分析模型具有可视化、稳健和反应快速等特点,以此建立的肾移植术后临床数据分析模型,为进一步研究术后移植肾功能变化提供了有价值的研究工具和研究路线。

β肾上腺素受体信号与心力衰竭(英文)

儿茶酚胺激动 β肾上腺素受体在调节心血管功能活动过程中起十分重要的作用。近年来许多研究资料显示 ,心肌β1和 β2 肾上腺素受体激活后 ,通过不同的信号转导途径对心脏产生不同甚至相反的生理及病理生理作用。众所周知 ,循环血液中儿茶酚胺的增高及其对 β肾上腺素受体的长期慢性激动对心脏产生毒性作用并可进而导致心衰。无疑 ,深入了解心肌

中国能否融入分子医学主流?

去年1月,英国《自然》杂志开创“中国之声”专刊,发表了一些海外华裔科学家对中国科研工作评估与改进建议的文章,获得了科学界的广泛反响和有关方面的高度重视。本刊曾选摘其部分内容,载于去年的2月号上。10个月之后,《自然》杂志(2004年11月18日)再奏“中国之声”,又请多位更加熟悉中国科研工作状况,包括有较长期在海外从事科研工作的经验,目前已在国内科研机构任职的著名科学家,或对我国科研工作的组织管理体制,或对某一领域科研工作的成就与问题,坦率陈词,进一步提出了不少宝贵的建议。有的意见,即或只是一得之见,但亦都有所据,而且出于更好地促进中国科技发展的真诚与热忱,具有重要的参考价值。为此,本刊再予择要摘载(部分标题本刊编者作了适当改动) ,以飨读者。

16个Y-STR基因座在广西苗族、瑶族、侗族人群中的遗传多态性

目的调查16个Y-STR基因座在广西苗族、瑶族、侗族人群中的遗传多态性,考察其法医学应用价值。方法应用AmpF詛STR誖YfilerTMPCR扩增试剂盒对广西地区253名健康志愿者(67名苗族、99名瑶族和87名侗族)进行Y-STR基因座分型检测,统计16个Y-STR基因座的等位基因分布频率和群体遗传学参数,并对3个民族之间的分布差异进行分析。结果在3个民族中DYS385基因座检到的等位基因数最多,而DYS437基因座检到的等位基因数最少。苗族人群中基因多样性(GD)在0.2619(DYS438)～0.9417(DYS385),瑶族人群中GD在0.317 0(DYS391)～0.955 9(DYS385),侗族人群中GD在0.305 3(DYS391)～0.943 3(DYS385)。DYS391和DYS438基因座在3个民族之间差异无统计学意义(P>0.05)。结论这16个常见Y-STR基因座在广西地区3个主要民族中具有法医学应用价值,可用于检案和基础研究。

心脏中不同β肾上腺素受体亚型的信号体系及其病理生理意义(英文)

生理情况下,β肾上腺素受体(βAR)对心肌收缩和舒张活动起至关重要的作用;病理情况下,长期激动βAR可以诱发心肌细胞肥大、凋亡以及细胞坏死等心肌重塑性活动,从而参与了慢性心衰的发病过程。近十年以来,许多资料表明β1利β2肾上腺素受体亚型(β1AR和β2AR)共存于心脏中,且激动不同信号系统。短时间激动β1AR,使Gs蛋白-腺苷酸环化酶-环苷腺酸-蛋白激酶A(Gs-adenylyl cyclase-cAMP-PKA)信号体系激活并广布于细胞内,而激动β2AR则同时激活Gi蛋白而产生空间及功能局限的cAMP信号;长时间激动β1AR和β2AR则对心肌细胞的命运产生不同影响:β1AR诱导细胞肥大和凋亡,β2AR促使细胞存活。β2AR的心肌保护作用是通过激活Gi蛋白-Gβr-PI3K-Akt途径介导。但出乎意料,β1AR的心肌肥厚和凋亡效应并不依赖于经典的cAMP/PKA信号途径,而是激活钙/钙调素依赖性蛋白激酶Ⅱ(CaMK Ⅱ)途径。用心肌特异性表达βAR亚型的转基因小鼠进行实验,进一步证实不同βAR亚 型在调节心肌重塑和功能方面作用各异。βAR亚型作用不同的新观点不仅为β阻滞剂治疗慢性心衰提供了分子和细胞机制的依据,而且提出了选择性β1AR阻滞和β2AR激动联合治疗慢性心衰的新的治疗思路。

胰岛素对心肌缺血再灌注大鼠血清TNF-α及IL-10的双向作用

目的: 观察胰岛素在急性心肌缺血 /再灌注(MI/R)病理过程中, 对血清TNF- α及IL- 10的影响, 并探讨胰岛素在此病理过程中是否具有抗炎作用。方法: 常规制备大鼠MI/R(30min/3h)模型。随机分为以下 4组: (1)假手术组;(2)MI+生理盐水组; (3)MI+GIK(250g/L葡萄糖、60U/L胰岛素及 80mmol/LKCl)组; (4)MI+GK(250g/L葡萄糖及80mmol/LKCl)组。观察各组大鼠再灌注后 30min、1h、及3h血清TNF- α和IL -10的水平。结果: MI/R损伤可引起大鼠血清TNF α和IL- 10水平增加。与生理盐水组相比较, 再灌注后 1h、3h时GIK降低血清TNF- α的水平, 升高IL -10的水平(n=8, P均 <0. 05 ); 而仅输注GK对血清TNF α及IL- 10的水平则无显著影响。结论: GIK中的胰岛素不仅可减少MI/R病理过程中促炎细胞因子TNF- α的产生, 还可促进抗炎细胞因子IL- 10的产生, 而发挥抗炎作用, 提示胰岛素具有保护MI/R心肌抗炎作用的新机制。

广西侗族人群稀有血型筛选

目的了解广西侗族人群稀有血型的的种类与频率。方法采用96孔微量板法筛选成人i、Ge-、Lub、GPA和抗-Wrb血型;试管法筛选Mur+、孟买/类孟买血型;间接抗球蛋白试验筛选Rh稀有血型;120孔微量板法(Olympus微孔板)直接离心试验和间接抗球蛋白试验筛选单克隆抗体检测的稀有血型抗原;96孔微板2 mol/L尿素攻膜试验筛选Jk(a-b-)表型。结果在1 927名侗族人群中分别筛选出Lub-7例、Jk(a-b-)1例;在844例侗族人中筛选出Mur+130例。结论广西侗族人群Mur+频率为15.4%、Jk(a-b-)表型频率为0.052%,和Lub-频率为0.36%,均高于白种人及广东番禺地区;其中Mur+和Jk(a-b-)稀有表型频率高于我国上海地区,Mur+明显低于我国云南怒族人群;Jk(a-b-)高于日本及中国台湾,低于太平洋群岛波利尼亚人。

流式细胞仪检测HLA-B27在脊柱关节病诊断中的应用价值

目的评价流式细胞仪检测人类白细胞抗原-B27(HLA-B27)在脊柱关节病诊断中的应用价值。方法入选的脊柱关节病(SpAs)患者248例[其中强直性脊柱炎(AS)148例,未分化脊柱关节病(USpA)48例,反应性关节炎(ReA)31例,幼年脊柱关节病(JSpA)12例,银屑病关节病(PsA)6例,炎性肠病性关节病(EA)3例];同时抽取非脊柱关节病患者204例作为对照。452例患者均进行流式细胞仪检测HLA-B27。结果 HLA-B27对SpAs的敏感性为85.1%,特异性为94.1%,阳性预测值为94.6%,阴性预测值为83.8%;对AS的敏感性为93.2%,特异性为94.1%,阳性预测值为94.5%,阴性预测值为92.7%;对USpA的敏感性为77.1%,特异性为94.1%,阳性预测值为92.5%,阴性预测值为81.3%;对ReA的敏感性为71.0%,特异性为94.1%,阳性预测值为91.7%,阴性预测值为78.0%。结论流式细胞仪检测HLA-B27对SpAs、AS、USpA、ReA有很高的敏感性、特异性和阳性预测值和阴性预测值,对早期SpAs、AS、USpA、ReA的诊断有重要的应用价值。

靶向Pokemon基因shRNA重组质粒的构建及其在CNE2细胞的筛选

目的:构建3个靶向Pokemon基因的短发夹RNA(shRNA)真核表达载体,在鼻咽癌细胞株CNE2中筛选出干扰效果最佳的载体。方法:依据shRNA设计原则,针对Pokemon mRNA序列设计并化学合成3对RNA干扰序列,经酶切、连接和转化,插入pRNAT-U6.1/Neo质粒,经DNA测序验证。脂质体介导shRNA重组质粒及空白质粒转染CNE2细胞,荧光定量PCR和Western blot检测Pokemon在mRNA和蛋白水平的表达,转染空白质粒的CNE2作为阴性对照,未加处理的CNE2作为空白对照。结果:DNA测序结果显示shRNA片段与设计序列一致;转染各重组质粒后的CNE2细胞,与阴性对照相比,Pokemon基因在mRNA和蛋白水平均有下调表达,其中以shRNA2重组质粒干扰Pokemon表达的作用最显著。结论:筛选出高效干扰Pokemon表达的重组质粒shRNA2,为研究Pokemon基因在鼻咽癌发生发展中的作用提供有效的研究工具。

抗体基因芯片应用于检测鼻咽癌组织切片蛋白质表达谱的研究

目的研究应用抗体基因芯片检测鼻咽癌组织特异性蛋白质表达谱的新技术方案。方法利用噬菌体抗体库筛选出抗鼻咽癌的特异性抗体库,以扩增抗体基因V-D-J片段作为标识分子用于制备抗体基因芯片;通过特异性抗体库与鼻咽癌肿瘤组织结合后,使标记引物扩增的V-D-J序列与抗体基因芯片进行杂交后显示癌组织的蛋白质表达谱,从而选择性通过免疫组织化学显示其中关键性蛋白质原位表达状况。结果肿瘤组织结合的抗体滴度可达到106～108数量级,标记的DNA分子效价约为10-6～10-8,以该文一次检测20个抗体为例,基因芯片检出有10～14个阳性蛋白质表达谱;免疫组织化学可显示阳性抗体在细胞中的结合部位。结论以抗体基因芯片为核心的技术方案,能在组织切片上同时检测含多个蛋白质表达谱,可以广泛应用于基础研究和临床诊疗过程。

污水处理残渣(污泥)处理工艺技术

污泥回注是对污水站产出的污泥不经过处理,直接配成一定浓度的溶液注入地层。介绍了污泥回注和污泥调剖处理的技术原理与现场实施措施。该技术现场实施后,减少了污水站岗位工人的劳动强度,改变了污水站水质改性以来的污泥处理方式,为污水处理的优化运行奠定了基础。

DNA修复基因XRCC1 Arg194Trp Arg280His和Arg-399Gln多态性与前列腺癌相关性的Meta分析

目的探讨DNA修复基因X线修复交叉互补因子1(XRCC1)主要单核苷酸多态性与前列腺癌易感性的关系。方法在MEDLINE、EMBASE和OVID数据库上检索文献,收集及提取符合纳入标准的以XRCC1密码子194、280、399多态性与前列腺癌易感性为内容的病例对照研究文献,应用Stata统计软件进行Meta分析,比值比(ORs)及其95%可信区间(95%CI)评价关联强度;应用SPSS软件分析吸烟与前列腺癌关系,OR?评价其相对危险度。结果 XRCC1 399 Gln/Gln和XRCC1 280 Arg/His与前列腺癌的发病风险有关(Gln/Gln vs Arg/Arg:OR?=1.27,95%CI=1.02～1.59;Arg/His vs Arg/Arg:OR?=1.66,95%CI=1.09～2.52),尤其在亚组分析中亚洲人的Gln/Gln明显增加了前列腺癌的发病风险(OR?=1.52,95%CI=1.18～1.96);Arg194Trp与前列腺癌的发病风险无明显关联。吸烟是前列腺癌的危险因素(χ2=13.974,P=0.000,OR?=1.22)。结论 XRCC1 399 Gln/Gln和280 Arg/His可能与前列腺癌的易感性相关。

降钙素基因相关肽抑制血管平滑肌细胞能量代谢的AMP激活蛋白激酶信号通路

目的观察降钙素基因相关肽对血管紧张素Ⅱ诱导血管平滑肌细胞增殖过程中能量代谢的影响及机制,探索细胞外信号调节激酶和AMP激活蛋白激酶相关信号蛋白在该作用中的地位。方法组织贴块法体外培养SD大鼠胸主动脉血管平滑肌细胞,取第3～10代用于实验。分别用降钙素基因相关肽或/和血管紧张素Ⅱ处理细胞。MTT法及细胞计数法观察降钙素基因相关肽对血管紧张素Ⅱ诱导大鼠血管平滑肌细胞增殖的影响;詹纳斯绿B染色观察细胞线粒体形态及体积;ATP检测试剂盒检测细胞内ATP水平;Western Blotting检测细胞磷酸化AMP激活蛋白激酶的表达。结果降钙素基因相关肽预处理能降低血管紧张素Ⅱ诱导的大鼠血管平滑肌细胞的增殖(P<0.05),同时拮抗血管紧张素Ⅱ引起细胞内线粒体肿胀、ATP水平升高,在此过程中伴随细胞内磷酸化AMP激活蛋白激酶表达下调(P<0.05);降钙素基因相关肽受体拮抗剂CGRP8-37能拮抗降钙素基因相关肽对血管紧张素Ⅱ促增殖和促代谢的抑制作用(P<0.05);细胞外信号调节激酶抑制剂PD98059能部分拮抗降钙素基因相关肽对磷酸化AMP激活蛋白激酶的抑制作用(P<0.05)。结论降钙素基因相关肽能显著抑制血管紧张素Ⅱ诱导大鼠血管平滑肌细胞增殖过程中的能量代谢,其细胞内信号通路可能涉及到降钙素基因相关肽/降钙素基因相关肽1型受体-丝裂原细胞外激酶/细胞外信号调节激酶-磷酸化AMP激活蛋白激酶信息传递链。

流式细胞术检测CD55和CD59在PNH诊断中的应用

目的探讨流式细胞术检测CD55和CD59在阵发性睡眠性血红蛋白尿(paroxysmal nocturnal hemoglobinuria,PNH)诊断中的应用价值。方法采用流式细胞术检测11例PNH患者、15例再生障碍性贫血(AA)患者、14例骨髓增生异常综合征(MDS)患者、20例健康对照者的红细胞和粒细胞膜CD55和CD59的表达。评判标准为红细胞、粒细胞膜CD55-、CD59-的百分率大于10%认定有PNH克隆。结果 11例PNH患者的粒细胞CD55-、红细胞和粒细胞CD59-表达均大于10%,2例PNH患者的红细胞CD55-表达小于10%、其他9例大于10%;15例AA患者的红细胞、粒细胞CD55-表达均小于10%,1例AA患者的红细胞、粒细胞CD59-表达大于10%、其余14例均小于10%;14例MDS患者的红细胞、粒细胞CD55-表达均小于10%,1例MDS患者的红细胞、粒细胞CD59-表达大于10%、其余13例均小于10%。对照组20例红细胞、粒细胞CD55-和CD59-表达均小于10%。结论流式细胞术检测CD55和CD59在PNH诊断中有良好的应用价值,建议把流式细胞术检测红细胞和粒细胞膜CD55和CD59的表达作为诊断PNH的常规项目。

基于雅图函数语句的折叠纸盒交互式组件设计

目的利用雅图(ArtiosCAD)函数语句进行程序设计以实现折叠纸盒交互式盒型组件设计。方法通过插入式折叠纸盒盒型实例,进一步讨论在ArtiosCAD中,结合变量设计盒型组件的具体步骤及添加组件到ArtiosCAD盒型零件库的方法。结果与通过几何工具绘图的方式相比,效率提升了50%以上。结论该方法能够大大提高包装结构设计的效率、方便性和灵活性。

Esko ArtiosCAD折叠技巧2法

Esko ArtiosCAD是当前最流行的包装结构设计软件之一,其强大的3D虚拟打样功能更是为企业和客户带来了极大的便利。而折叠工具的恰当运用,是虚拟打样——包装结构3D成型的关键。本篇以两个典型案例为例,介绍Esko ArtiosCAD的折叠工具的两种使用技巧。

microRNA-218对宫颈癌细胞增殖和迁移的影响

目的 microRNA-218(miR-218)在多种肿瘤中低表达,是潜在的肿瘤抑制因子,本研究探讨miR-218过表达对宫颈癌细胞增殖和迁移的影响。方法构建miR-218慢病毒表达载体并感染宫颈癌SiHa、HeLa和C-33A细胞,筛选出稳定表达miR-218的细胞株;通过荧光定量PCR(qRT-PCR)检测转染后3株细胞miR-218、miR-9、miR-21和miR-31的表达;克隆形成实验和MTT实验检测细胞的增殖情况;划痕实验及Transwell细胞迁移实验检测细胞的迁移能力;qRT-PCR检测预测靶基因LAMB3和Robo1mRNA的表达。结果成功构建miR-218慢病毒表达载体。与对照组相比,感染miR-218慢病毒的3株宫颈癌细胞SiHa、HeLa和C-33A中miR-218的表达量明显升高,而miR-9、miR-21和miR-31的表达没有明显变化;实验组(过表达miR-218)与对照组相比可降低SiHa(t=10.73,P=0.008 6)和C-33A(t=4.992,P=0.037 9)细胞的克隆形成率;MTT结果表明,实验组与对照组相比,miR-218对SiHa细胞增殖抑制作用第3天最明显(t=50.46,P=0.000 4),对C-33A细胞增殖抑制作用第4天最明显(t=16.13,P=0.003 8),而对HeLa的克隆形成能力和增殖能力均无影响;迁移实验表明,miR-218可抑制SiHa(t=12.90,P=0.006 0)、HeLa(t=10.70,P=0.008 6)和C-33A(t=5.099,P=0.036 4)的划痕愈合率,并且可以减少SiHa(t=13.75,P=0.005 2)、HeLa(t=8.643,P=0.013 1)和C-33A(t=15.10,P=0.004 4)的穿膜细胞数。此外,过表达miR-218可明显抑制宫颈癌细胞中LAMB3和Robo1基因mRNA的表达。结论 miR-218可抑制宫颈癌细胞的增殖和迁移,可能参与了宫颈癌的发生和发展。

多重PCR筛选广西壮族人群稀有血型Fy（a-）、s-、k-、Di（b-）、Js（b-）

目的通过分子生物学方法，筛选广西壮族随机献血者样本中的Fy（a-）、s-、k-、Di（b-）、Js（b-）表型，获得壮族稀有血型资料，丰富中国稀有血型库。方法基于血型抗原Fyb、S等位基因单核苷酸多态性位点，设计序列特异性引物，优化PCR条件，建立多重PCR体系I；并使用筛选稀有血型等位基因Dib、k、Jsb1910、Jsb2019多重PCR体系Ⅱ共同对4490份广西壮族随机献血者样本进行筛选。结果成功构建检测血型抗原Fyb、S的多重PCR体系I，经验证多重PCR体系I具有良好的准确度和稳定性。使用多重PCR体系I和Ⅱ在4490份广西壮族随机献血者样本中共检出5例Fy（a-），3例S（-）及2例Di（b-）。结论多重PCR能够用于稀有血型的大规模筛选，获得的广西壮族人群稀有血型样本丰富了稀有血型数据库，为临床输注配合性血液提供了宝贵资料。

广西壮族人群稀有血型筛选

了解广西壮族人群中Ena-、Lub-、Ge-、Jk(a-b-)红细胞血型的频率与分布情况,为建立符合本地区血型抗原分布格局合理的谱细胞进行临床输血前检查提供依据。采用立即离心试管法筛选Mur+、H-;用试管法间接抗球蛋白试验或96孔微量板法直接离心试验筛选DCE/DCE、DCE/dCE、dCE/dCE表型;96孔微量板法直接离心试验和间接抗球蛋白试验筛选Lub-、Ena-、Ge-、Wrb-和i;2 mol/L尿素溶血试验筛选JK(a-b-)表型。在4 527名壮族人群中筛选出Lub-57例、Jk(a-b-)2例;对其中2 825例壮族筛选出Mur+319例,没有发现Ena-、Ge-、Wrb-、类孟买血型、成人i及DCE/DCE、DCE/dCE、dCE/dCE表型。结果显示,广西壮族人群Jk(a-b-)稀有表型频率(0.044%)高于欧洲白人、我国上海和广东番禺地区人群;Lub-表型频率1.26%;Mur+频率(11.29%)高于上海及广东番禺地区,但明显低于云南怒族人群。