国家病原微生物资源库对一株嗜肺啮齿杆菌的标准化鉴定与收录

目的参照国家病原微生物资源库中国医学科学院菌毒种保藏中心实验动物与人兽共患病保藏分中心的鉴定、收藏程序以及国家标准菌株的鉴定要求,对一株分离自江西省实验小鼠呼吸道的嗜肺啮齿杆菌进行标准化鉴定并保存入库。方法江西省职业病防治研究院(江西省实验动物质量检测站)按照GB14922.1和GB14926.12的要求对实验小鼠进行常规监测采样,分离病原菌株,初步鉴定为嗜肺啮齿杆菌;菌株由国家菌毒种保藏中心进行菌落、菌体特征、生理生化特性、16S rRNA管家基因系统发育分析和基因组序列分析,并进行人工感染小鼠实验评价其致病性。结果实验小鼠分离出1株嗜肺啮齿杆菌,动物无其他明显异常;经鉴定该菌株的菌落、菌体特征以及生理生化特征与模式株NCTC 8141(Rodentibacter pneumotropicus)相似;16S rRNA基因序列与模式株NCTC 8141的同源性为98.37%,在系统发育树中与模式株NCTC 8141聚为一个分支,自举数据值达96%;基因组序列分析,分离株与模式株NCTC 8141之间的ANI值为97.97%,dDDH值为80.3%,高于国际标准95%和70%的分类界限;嗜肺啮齿杆菌江西分离株滴鼻感染ICR(Institute of Cancer Research)小鼠临床病症及肺组织病理改变与模式株NCTC 8141相似。结论国家实验动物与人兽共患病菌毒种保藏分中心将之命名为嗜肺啮齿杆菌江西株(Rodentibacter pneumotropicus),并对该菌株进行标准化保藏,收录编号CCPM-B-B-006-2209-2。

铁死亡相关基因影响肝细胞癌肿瘤微环境及预后风险研究

目的:通过生物信息学方法,揭示肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的异质性,探讨铁死亡相关基因与HCC肿瘤微环境(tumor microenvironment,TME)的关系,并构建基于铁死亡相关基因的预后模型,为预防HCC患者复发提供新的思路。方法:基于TCGA数据库和NODE数据库,利用非负矩阵分解聚类分析鉴定分子亚型,通过ESTIMATE算法和CIBERSORT算法用于构建免疫评分,利用Cox回归进行拟合风险评估模型并计算风险得分,并基于风险得分及临床信息构建列线图,利用体外实验验证mRNA的表达水平。结果:HCC的异质性体现为两种不同铁死亡相关的免疫分子亚型,其免疫评分差异显著(P<0.001)。筛选出G6PD、KIF20A、RRM2和TXN四个最佳候选铁死亡相关基因,并进行拟合构建风险评估模型,列线图对HCC患者的复发具有良好的预测能力。体外实验提示四个最佳候选基因均在人肝癌细胞表达水平增高(P<0.05)。结论:HCC可分为两种分子亚型,分子亚型与HCC的复发有关,铁死亡在TME中可能起着关键作用。四个铁死亡相关基因可能是预防HCC复发的潜在因素,预后模型对HCC复发有一定的预测价值。