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无机离子对磷硫修饰DNA的碘催化断裂反应的显著影响
1
作者
胡坤灵
汤若冰
+1 位作者
安然
梁兴国
《中国海洋大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第10期68-75,共8页
磷硫修饰DNA(PT-DNA)的断裂反应常被用于检测微生物基因组中PT-DNA的含量,但其检测准确性有待提高。本文研究了Tris-HCl、HEPES、磷酸盐等缓冲溶液和阳离子的种类、浓度对碘断裂PT-DNA的影响,提出了Tris分子参与断裂反应的机制。研究发...
磷硫修饰DNA(PT-DNA)的断裂反应常被用于检测微生物基因组中PT-DNA的含量,但其检测准确性有待提高。本文研究了Tris-HCl、HEPES、磷酸盐等缓冲溶液和阳离子的种类、浓度对碘断裂PT-DNA的影响,提出了Tris分子参与断裂反应的机制。研究发现,Tris分子能使单链PT-DNA的断裂收率从5%提升至70%以上。对于单链PT-DNA断裂,Na^(+)、Mg^(2+)和Ca^(2+)等阳离子有显著的抑制作用;而双链PT-DNA断裂基本不受上述无机阳离子的影响。当用磷酸钠缓冲溶液代替Tris-HCl时,在低盐条件下PT-DNA只能产生微弱断裂,在高盐条件下双链状态PT-DNA的断裂反而获得了显著的提升;而改用HEPES缓冲液时,无论在高盐还是低盐条件下,PT-DNA的断裂效率都很低。研究结果表明,只有Tris分子结合了PT-DNA氧化后形成的亚磺酸基团才能实现高效断裂,而阳离子可通过调节Tris分子同亚磺酸基团的结合来影响断裂收率。PT-DNA的生物学功能可能是防止弱氧化剂对DNA的破坏(包括断裂或变异),并通过氧化应激启动抗氧化机制。本研究结果还表明,核酸药物在体内可能经氧化途径代谢或脱硫后被核酸酶分解,开发磷硫修饰的核酸类药物时需要考虑这一药物的代谢因素。
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关键词
磷硫修饰DNA
碘氧化
核酸药物
基因保护
阳离子
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职称材料
重叠延伸PCR生成长重复DNA序列及其在纳米孔测序中的应用
2
作者
宋子婷
程冰晓
+2 位作者
胡坤灵
安然
梁兴国
《中国海洋大学学报(自然科学版)》
CAS
2024年第9期157-164,共8页
短链DNA的纳米孔测序存在孔道利用率低、数据质量差等问题。因此,亟需建立一种用纳米孔测序技术准确测定短链DNA序列的方法。本研究以1 nmol/L完全互补的序列为引物,以短链DNA为模板,在72℃退火温度下进行PCR,实现了短链DNA的重叠延伸,...
短链DNA的纳米孔测序存在孔道利用率低、数据质量差等问题。因此,亟需建立一种用纳米孔测序技术准确测定短链DNA序列的方法。本研究以1 nmol/L完全互补的序列为引物,以短链DNA为模板,在72℃退火温度下进行PCR,实现了短链DNA的重叠延伸,最终生成长串联重复序列,其产物长度为原始长度的5~20倍。生成的长链DNA可直接测序,仅需对齐单个或少数几个Reads进行简单分析即可获得精确的序列信息。本研究所开发的重叠延伸法将纳米孔One read精确度提高至99.28%,这对提高纳米孔测序的精度具有重要作用。
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关键词
短链DNA
重复序列
纳米孔测序
重叠延伸
高精度
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职称材料
题名
无机离子对磷硫修饰DNA的碘催化断裂反应的显著影响
1
作者
胡坤灵
汤若冰
安然
梁兴国
机构
中国海洋大学食品科学与工程学院
青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋药物与生物制品功能实验室
出处
《中国海洋大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第10期68-75,共8页
基金
国家重点研究发展计划项目(2019YFC1604603)
山东省自然科学基金项目(ZR2019BC096)资助。
文摘
磷硫修饰DNA(PT-DNA)的断裂反应常被用于检测微生物基因组中PT-DNA的含量,但其检测准确性有待提高。本文研究了Tris-HCl、HEPES、磷酸盐等缓冲溶液和阳离子的种类、浓度对碘断裂PT-DNA的影响,提出了Tris分子参与断裂反应的机制。研究发现,Tris分子能使单链PT-DNA的断裂收率从5%提升至70%以上。对于单链PT-DNA断裂,Na^(+)、Mg^(2+)和Ca^(2+)等阳离子有显著的抑制作用;而双链PT-DNA断裂基本不受上述无机阳离子的影响。当用磷酸钠缓冲溶液代替Tris-HCl时,在低盐条件下PT-DNA只能产生微弱断裂,在高盐条件下双链状态PT-DNA的断裂反而获得了显著的提升;而改用HEPES缓冲液时,无论在高盐还是低盐条件下,PT-DNA的断裂效率都很低。研究结果表明,只有Tris分子结合了PT-DNA氧化后形成的亚磺酸基团才能实现高效断裂,而阳离子可通过调节Tris分子同亚磺酸基团的结合来影响断裂收率。PT-DNA的生物学功能可能是防止弱氧化剂对DNA的破坏(包括断裂或变异),并通过氧化应激启动抗氧化机制。本研究结果还表明,核酸药物在体内可能经氧化途径代谢或脱硫后被核酸酶分解,开发磷硫修饰的核酸类药物时需要考虑这一药物的代谢因素。
关键词
磷硫修饰DNA
碘氧化
核酸药物
基因保护
阳离子
Keywords
phosphorothioate DNA
iodine oxidation
nucleic acid drug
gene protection
cation
分类号
Q819 [生物学—生物工程]
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职称材料
题名
重叠延伸PCR生成长重复DNA序列及其在纳米孔测序中的应用
2
作者
宋子婷
程冰晓
胡坤灵
安然
梁兴国
机构
中国海洋大学食品科学与工程学院
出处
《中国海洋大学学报(自然科学版)》
CAS
2024年第9期157-164,共8页
基金
国家自然科学基金项目(32102064)
国家重点研究发展计划项目(2019YFD0901701)资助。
文摘
短链DNA的纳米孔测序存在孔道利用率低、数据质量差等问题。因此,亟需建立一种用纳米孔测序技术准确测定短链DNA序列的方法。本研究以1 nmol/L完全互补的序列为引物,以短链DNA为模板,在72℃退火温度下进行PCR,实现了短链DNA的重叠延伸,最终生成长串联重复序列,其产物长度为原始长度的5~20倍。生成的长链DNA可直接测序,仅需对齐单个或少数几个Reads进行简单分析即可获得精确的序列信息。本研究所开发的重叠延伸法将纳米孔One read精确度提高至99.28%,这对提高纳米孔测序的精度具有重要作用。
关键词
短链DNA
重复序列
纳米孔测序
重叠延伸
高精度
Keywords
short DNA
repetitive sequences
nanopore sequencing
overlap-extension
high accuracy
分类号
Q819 [生物学—生物工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
无机离子对磷硫修饰DNA的碘催化断裂反应的显著影响
胡坤灵
汤若冰
安然
梁兴国
《中国海洋大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2022
0
下载PDF
职称材料
2
重叠延伸PCR生成长重复DNA序列及其在纳米孔测序中的应用
宋子婷
程冰晓
胡坤灵
安然
梁兴国
《中国海洋大学学报(自然科学版)》
CAS
2024
下载PDF
职称材料
已选择
0
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