基于原位Hi-C技术对人肝细胞癌细胞系PLC/PRF/5和正常人肝细胞系L02的三维基因组对比测序分析(英文)

肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)的肿瘤发生是基因组突变和表观遗传修饰变化积累的结果,但是HCC发生过程中的三维基因组构造变化仍然缺乏研究。基于此,在人源HCC细胞系PLC/PRF/5和人源正常肝细胞系L02中进行了原位Hi-C分析,并辅以转录组测序以及SMC3/CTCF/H3K27ac的染色质免疫共沉淀测序分析,借此比较两细胞系的三维基因组差异。结果显示,相较于正常肝细胞系,在PLC/PRF/5中发生了显著的染色体结构区域(Compartment)转换、三维拓扑结构域(Topologically associating domains,TAD)滑动和染色质环(Loop)的变化。以上这些染色质空间结构的差异与HCC细胞系中肿瘤特异性基因表达和启动子开放性增高具有相关性。因此,在PLC/PRF/5细胞系中的染色质三维结构差异可能在HCC肿瘤发生的表观遗传学机制中具有重要作用。

旁粒组分Nono在小鼠胚胎干细胞中的转录调控机制

旁粒及其组分在肿瘤发生和诸多正常的生物学功能中都扮演了重要的角色,但对于其具体的作用机制仍然缺乏了解。在人和小鼠的胚胎干细胞中,旁粒的关键结构组分长链非编码RNA NEAT1_v2并不表达,只表达其短变体NEAT1_v1和3种旁粒蛋白组分——NONO、SFPQ和PSPC1,提示这些组分可能具有独立于经典旁粒结构之外的功能。蓝斐课题组依托国家基金委"细胞编程和重编程的表观遗传机制"重大研究计划,在此方向上开展了系统性的研究,并获得了进展:首次发现旁粒蛋白组分Nono和Erk相互作用,共同结合在小鼠胚胎干细胞的双价结构域基因(bivalent genes)的启动子区,并参与Mek/Erk信号途径调控靶基因的待激活状态;研究还发现,Nono缺失的m ESC具有更强的自我更新能力,对于胚胎干细胞的体外培养有重要的参考价值。对本领域的最新进展以及复旦大学蓝斐课题组的相关原创性工作进行综述。