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单细胞转录组探究胃癌转移过程中MHC-Ⅱ类分子的演进缺失
1
作者
胡逸恺
宋明坤
+2 位作者
王旭东
姬倩颖
李龙
《天津医科大学学报》
2023年第1期1-8,共8页
目的:使用单细胞转录组数据绘制胃癌免疫微环境组成图谱,探究胃癌转移过程中MHC-Ⅱ类分子演进缺失的免疫机制。方法:在GEO数据库中获取胃癌原发癌和转移癌单细胞数据集,基于R(4.1.2)、Python(3.7),对该数据集进行分群、拷贝数变异(CNV)...
目的:使用单细胞转录组数据绘制胃癌免疫微环境组成图谱,探究胃癌转移过程中MHC-Ⅱ类分子演进缺失的免疫机制。方法:在GEO数据库中获取胃癌原发癌和转移癌单细胞数据集,基于R(4.1.2)、Python(3.7),对该数据集进行分群、拷贝数变异(CNV)、拟时序、基因集变异(GSVA)分析、转录因子分析、非负矩阵分解、免疫细胞细分亚群和基因集富集分析,并结合来自TCGA等数据库的多个公共转录组数据集,验证所得出的结论。结果:拟时序分析反映MHC-Ⅱ类分子在癌症转移过程中演进缺失,转录因子分析观察到IRF1、STAT1等转录因子在原发癌中的高表达,非负矩阵分解探查到原发癌中独有的干扰素(IFN)γ表达模块,但原发癌展现了较冷的免疫微环境。免疫细胞的亚群分类展示了树突状细胞、巨噬细胞、T细胞等在微环境中的分布。细胞通讯分析显示MDSC样和SPP1+肿瘤相关巨噬细胞(TAM)抑制了转移癌中IFNγ的分泌并表现了促血管生成活性。基于这两种TAM的生物标志构建的评分在胃癌中具有预后意义(Log-Rank P<0.05)。scPAGE在较大规模的bulk转录组层面对单细胞分析获得的结果进行了验证。结论:TAM介导IFNγ分泌抑制,其在转移癌较原发癌中分泌相对较少,是MHC-Ⅱ在两者间表达出现差异的原因之一。针对MDSC样TAM和SPP1+TAM的研究可能是肿瘤免疫治疗的另一突破点。
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关键词
胃癌
单细胞分析
单细胞RNA测序
TAM
SPP1
MHC-Ⅱ
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职称材料
“京津冀”一体化背景下交通、生态及产业转型情况的认知研究
2
作者
李一涵
田若曦
+2 位作者
胡逸恺
吴艳香
王宇辰
《商展经济》
2021年第17期20-23,共4页
本文调研了解六年来京津冀协同发展背景下三省交通、生态及产业转型情况,为该战略进一步发展提供参考。2020年9—10月,采用滚雪球抽样方法对112532名京津冀居民展开政策及实施成效的认知调研,使用SPSS 24.0对数据进行描述性分析。民众...
本文调研了解六年来京津冀协同发展背景下三省交通、生态及产业转型情况,为该战略进一步发展提供参考。2020年9—10月,采用滚雪球抽样方法对112532名京津冀居民展开政策及实施成效的认知调研,使用SPSS 24.0对数据进行描述性分析。民众对京津冀一体化发展总体持积极态度,肯定京津冀协同发展上升为国家重大战略7年来的交通、产业转型发展成果,看好一体化背景下的发展前景(82.59%),但对环境治理成果反映不佳(27.31%)。京津冀一体化给人民带来红利,在环境保护方面仍需着力推进;政府应当根据人民意愿调整政策,继续推进一体化战略。
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关键词
京津冀一体化
交通
生态
产业转型
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职称材料
题名
单细胞转录组探究胃癌转移过程中MHC-Ⅱ类分子的演进缺失
1
作者
胡逸恺
宋明坤
王旭东
姬倩颖
李龙
机构
天津医科大学第二临床医学院
天津医科大学基础医学院免疫学系
出处
《天津医科大学学报》
2023年第1期1-8,共8页
基金
天津市高等学校大学生创新创业训练计划(202010062016)。
文摘
目的:使用单细胞转录组数据绘制胃癌免疫微环境组成图谱,探究胃癌转移过程中MHC-Ⅱ类分子演进缺失的免疫机制。方法:在GEO数据库中获取胃癌原发癌和转移癌单细胞数据集,基于R(4.1.2)、Python(3.7),对该数据集进行分群、拷贝数变异(CNV)、拟时序、基因集变异(GSVA)分析、转录因子分析、非负矩阵分解、免疫细胞细分亚群和基因集富集分析,并结合来自TCGA等数据库的多个公共转录组数据集,验证所得出的结论。结果:拟时序分析反映MHC-Ⅱ类分子在癌症转移过程中演进缺失,转录因子分析观察到IRF1、STAT1等转录因子在原发癌中的高表达,非负矩阵分解探查到原发癌中独有的干扰素(IFN)γ表达模块,但原发癌展现了较冷的免疫微环境。免疫细胞的亚群分类展示了树突状细胞、巨噬细胞、T细胞等在微环境中的分布。细胞通讯分析显示MDSC样和SPP1+肿瘤相关巨噬细胞(TAM)抑制了转移癌中IFNγ的分泌并表现了促血管生成活性。基于这两种TAM的生物标志构建的评分在胃癌中具有预后意义(Log-Rank P<0.05)。scPAGE在较大规模的bulk转录组层面对单细胞分析获得的结果进行了验证。结论:TAM介导IFNγ分泌抑制,其在转移癌较原发癌中分泌相对较少,是MHC-Ⅱ在两者间表达出现差异的原因之一。针对MDSC样TAM和SPP1+TAM的研究可能是肿瘤免疫治疗的另一突破点。
关键词
胃癌
单细胞分析
单细胞RNA测序
TAM
SPP1
MHC-Ⅱ
Keywords
stomach neoplasms
single-cell analysis
single-cell RNA-seq
TAM
SPP1
MHC-Ⅱ
分类号
R392.9 [医药卫生—免疫学]
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职称材料
题名
“京津冀”一体化背景下交通、生态及产业转型情况的认知研究
2
作者
李一涵
田若曦
胡逸恺
吴艳香
王宇辰
机构
天津医科大学
出处
《商展经济》
2021年第17期20-23,共4页
文摘
本文调研了解六年来京津冀协同发展背景下三省交通、生态及产业转型情况,为该战略进一步发展提供参考。2020年9—10月,采用滚雪球抽样方法对112532名京津冀居民展开政策及实施成效的认知调研,使用SPSS 24.0对数据进行描述性分析。民众对京津冀一体化发展总体持积极态度,肯定京津冀协同发展上升为国家重大战略7年来的交通、产业转型发展成果,看好一体化背景下的发展前景(82.59%),但对环境治理成果反映不佳(27.31%)。京津冀一体化给人民带来红利,在环境保护方面仍需着力推进;政府应当根据人民意愿调整政策,继续推进一体化战略。
关键词
京津冀一体化
交通
生态
产业转型
Keywords
Beijing-Tianjin-Hebei integration
transportation
ecology
industrial transformation
分类号
F127 [经济管理—世界经济]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
单细胞转录组探究胃癌转移过程中MHC-Ⅱ类分子的演进缺失
胡逸恺
宋明坤
王旭东
姬倩颖
李龙
《天津医科大学学报》
2023
0
下载PDF
职称材料
2
“京津冀”一体化背景下交通、生态及产业转型情况的认知研究
李一涵
田若曦
胡逸恺
吴艳香
王宇辰
《商展经济》
2021
0
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
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引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
检索结果
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