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烤烟ζ-胡萝卜素脱氢酶基因的克隆与生物信息学分析 被引量:4
1
作者 胡重怡 雷波 +1 位作者 刘冬 蔡刘体 《烟草科技》 EI CAS 北大核心 2012年第3期34-37,63,共5页
利用同源克隆和电子克隆方法,从烤烟栽培品种韭菜坪2号(Nicotiana tobacum cul.Jiucaiping2)中克隆获得烤烟ζ-胡萝卜素脱氢酶(zeta-carotene desaturase,ZDS)基因的全长cDNA序列(命名为T-zds1),并对其编码蛋白的一级、二级进行了预测... 利用同源克隆和电子克隆方法,从烤烟栽培品种韭菜坪2号(Nicotiana tobacum cul.Jiucaiping2)中克隆获得烤烟ζ-胡萝卜素脱氢酶(zeta-carotene desaturase,ZDS)基因的全长cDNA序列(命名为T-zds1),并对其编码蛋白的一级、二级进行了预测。该基因在GenBank中的登录号为JF975566,全长为2312 bp,编码的蛋白含588个氨基酸,蛋白登录号AEG73891。BLASTp搜索结果及进化分析结果表明,烤烟T-zds1基因编码氨基酸序列与番茄、向日葵、胡萝卜ZDS基因编码氨基酸序列的相似性分别为97%,92%,90%。 展开更多
关键词 烤烟 基因 克隆 ζ-胡萝卜素脱氢酶
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烟草ESTs资源的SSR信息分析 被引量:7
2
作者 胡重怡 蔡刘体 陈兴江 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第7期82-85,93,共5页
烟草ESTs数量迅速增加为开发新的SSR标记提供了宝贵的资源。经过软件分析,对242 683条烟草ESTs序列剔除冗余序列,在211 728条非冗余烟草ESTs序列中,共检索出9 339个SSR,SSR之间的距离约为14.21 kb,检出率为4.41%,包括216种重复基元。其... 烟草ESTs数量迅速增加为开发新的SSR标记提供了宝贵的资源。经过软件分析,对242 683条烟草ESTs序列剔除冗余序列,在211 728条非冗余烟草ESTs序列中,共检索出9 339个SSR,SSR之间的距离约为14.21 kb,检出率为4.41%,包括216种重复基元。其中三核苷酸重复类型的SSR占主导地位,占总SSR的50.34%,其次为二核苷酸和单核苷酸,分别为23.00%,16.48%,其余重复类型所占比例均不足5%。在所有重复基元中,A/T重复为主要类型,占所有重复14.68%,其次为AT/TA、AG/TC、AAG/TTC,分别为10.49%、9.48%、6.85%。随机设计10对EST-SSR引物,对6个品种烟草进行扩增,10对EST-SSR引物均能扩增出产物,其中1对引物在6个品种有多态性。本研究为烟草EST-SSR标记的建立和进一步应用奠定了基础。 展开更多
关键词 烟草 EST—SSR 重复基元
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^(60)Coγ辐射对烟草M1代种子萌发及幼苗的影响 被引量:12
3
作者 胡重怡 任学良 郑少清 《中国农学通报》 CSCD 2006年第12期178-180,共3页
用不同剂量(200 ̄400Gy)的60Coγ射线对3个不同品种的烟草干种子辐射,对其M1代种子萌发及幼苗进行调查,测定了M1代发芽率、发芽势和发芽指数,测量了幼苗7天、14天芽长及根长,对所得数据用新复极差法进行多重比较。结果表明,在200 ̄400G... 用不同剂量(200 ̄400Gy)的60Coγ射线对3个不同品种的烟草干种子辐射,对其M1代种子萌发及幼苗进行调查,测定了M1代发芽率、发芽势和发芽指数,测量了幼苗7天、14天芽长及根长,对所得数据用新复极差法进行多重比较。结果表明,在200 ̄400Gy范围里,随着剂量增加,烟草种子的发芽率、发芽势和发芽指数均降低,幼芽、幼根生长缓慢,各剂量处理与对照相比均达到0.01或者0.05水平,其中对芽长和根长的抑制作用最为明显,各剂量处理与对照相比均达到极显著水平,其次为发芽指数、发芽势、发芽率。 展开更多
关键词 ^60Coγ辐射 烟草种子 萌发
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噬菌体治疗作物细菌性病害的研究进展 被引量:9
4
作者 胡重怡 蔡刘体 《贵州农业科学》 CAS 北大核心 2011年第3期101-103,共3页
噬菌体用于细菌防治已有很长的历史,近年来,作为作物细菌性病害的防治手段之一,利用噬菌体替代传统农药治疗的研究越来越受重视,介绍了噬菌体在作物细菌性病害的最新应用情况,并对噬菌体治疗在作物上的应用前景进行了展望。
关键词 作物 细菌性病害 噬菌体治疗
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利用ISSR分析贵州部分烟草品种(系)的遗传关系 被引量:5
5
作者 胡重怡 蔡刘体 《中国烟草科学》 CSCD 北大核心 2011年第3期28-31,共4页
利用ISSR标记,对12个贵州地方品种(系)和5个贵州主要种植品种分析亲缘关系。结果显示,有23条ISSR引物在烟草上能扩出清晰条带,其中9条引物能扩增出明显多态,能把17个品种(系)区分开。利用NTSYS 2.0软件对多态条带进行统计;用SimQua... 利用ISSR标记,对12个贵州地方品种(系)和5个贵州主要种植品种分析亲缘关系。结果显示,有23条ISSR引物在烟草上能扩出清晰条带,其中9条引物能扩增出明显多态,能把17个品种(系)区分开。利用NTSYS 2.0软件对多态条带进行统计;用SimQual计算遗传相似系数,遗传相似系数在0.2127~0.7872之间变动。根据UPGMA进行聚类分析结果表明,17个品种(系)可以分为3个组群。 展开更多
关键词 ISSR 烟草 亲缘关系
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烤烟八氢番茄红素合成酶基因的克隆与序列分析 被引量:8
6
作者 蔡刘体 蒋光华 +1 位作者 雷波 胡重怡 《烟草科技》 EI CAS 北大核心 2011年第2期58-63,共6页
利用同源性克隆方法,从烤烟栽培品种K326(Nicotiana tobacumK326)中克隆获得烤烟八氢番茄红素合成酶基因的全长cDNA序列(命名为T-psy1),GenBank中的登录号为HM345582,该基因全长为1521bp,编码的蛋白含441个氨基酸,蛋白登录号为ADK25054... 利用同源性克隆方法,从烤烟栽培品种K326(Nicotiana tobacumK326)中克隆获得烤烟八氢番茄红素合成酶基因的全长cDNA序列(命名为T-psy1),GenBank中的登录号为HM345582,该基因全长为1521bp,编码的蛋白含441个氨基酸,蛋白登录号为ADK25054。Blast搜索结果及进化分析结果表明,该基因序列与观赏烟草、番茄和辣椒的八氢番茄红素合成酶基因同源性分别为95%,91%,86%。其编码蛋白与观赏烟草、番茄、牛奶子的PSY基因编码蛋白一致率分别为97%,90%和74%。 展开更多
关键词 烤烟 基因 克隆 八氢番茄红素合成酶
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航天搭载诱变获得多腋芽矮化遗传的烟草突变体—T-srd 被引量:4
7
作者 郑少清 胡重怡 +1 位作者 叶定勇 蔡刘体 《中国烟草科学》 CSCD 北大核心 2011年第2期6-10,共5页
从搭载神舟三号上天的烤烟品种GT11(Nicotiana tabacum var.GT11)后代中,筛选到稳定的多腋芽矮化突变体(T-srd,Tobacco of Sucker-rich and Dwarf mutant)。利用正反交和测交获得F1、F2和测交群体,通过田间观察与苗期观察相结合的方... 从搭载神舟三号上天的烤烟品种GT11(Nicotiana tabacum var.GT11)后代中,筛选到稳定的多腋芽矮化突变体(T-srd,Tobacco of Sucker-rich and Dwarf mutant)。利用正反交和测交获得F1、F2和测交群体,通过田间观察与苗期观察相结合的方法,对该突变体进行性状分析,研究其遗传规律。结果显示,该突变体播种后5周左右(31~38 d)即在第一真叶节位处发生腋芽,此时GT11和正交、反交群体(F1)无腋芽出现。经卡方检验表明,正交和反交的F2烟苗群体中有腋芽烟苗和无腋芽烟苗比例符合1:3分离规律,有一个测交组合符合1:1分离规律。移栽后90 d,T-srd的株高(161.73±16.30)cm,比GT11矮24.45%,节距(3.77±0.24)cm,比GT11低31.33%,茎围(10.03±0.42)cm,比GT11低12.71%,以上指标与GT11间存在极显著差异。叶数与GT11相当,没有显著差异。田间T-srd的腋芽自茎基部萌发,并逐步向上发展,与顶芽间存在距离效应。结果表明,T-srd多腋芽性状符合孟德尔分离规律,该性状属于质量性状,可能由单基因隐性突变所致。 展开更多
关键词 烟草 航天诱变 多腋芽 矮化 突变体 遗传规律
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烟草叶片表面腺毛形态的扫描电镜观察 被引量:22
8
作者 蔡刘体 蒋光华 +1 位作者 郑少清 胡重怡 《中国农学通报》 CSCD 2008年第8期110-113,共4页
为探讨烟叶腺毛形态与功能的关系提供部分依据,采用扫描电镜的方法对烟草栽培品种K346叶片表面的腺毛形态和细微结构进行观察。烟草叶片表面长柄腺毛柄部一般有几个比较明显的长柱型节;短柄腺毛的柄部由一个较短的柱形柄构成,短柄腺毛... 为探讨烟叶腺毛形态与功能的关系提供部分依据,采用扫描电镜的方法对烟草栽培品种K346叶片表面的腺毛形态和细微结构进行观察。烟草叶片表面长柄腺毛柄部一般有几个比较明显的长柱型节;短柄腺毛的柄部由一个较短的柱形柄构成,短柄腺毛一般较为粗短;烟草腺毛头部的形态比较复杂,是腺毛分泌功能的主要部位,长柄腺毛和短柄腺毛的头部相对于其紧邻的柄部显得膨大,特别是短柄腺毛头部膨大明显,四周呈皱褶状,有明显的凹陷和凸起。烟草叶片表面腺毛形态与其分泌功能有关,腺毛的细微结构可以为其结构与功能的研究提供部分依据。 展开更多
关键词 烟草 腺毛 扫描电镜
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烟草青枯病病圃土壤微生物多样性初步分析 被引量:3
9
作者 蔡刘体 商胜华 +5 位作者 胡重怡 王丽丽 刘艳霞 汪汉成 杨兴明 石俊雄 《烟草科技》 EI CAS 北大核心 2012年第8期79-83,共5页
为了更好地利用烟草青枯菌拮抗菌防治烟草青枯病,采用微生物保守区域扩增、构建文库、生物信息比对的方法初步分析了烟草青枯病病圃土壤中微生物的多样性。结果显示,烟草青枯病病圃土壤微生物群落中含有伯克霍尔德氏菌(Burkholderia fun... 为了更好地利用烟草青枯菌拮抗菌防治烟草青枯病,采用微生物保守区域扩增、构建文库、生物信息比对的方法初步分析了烟草青枯病病圃土壤中微生物的多样性。结果显示,烟草青枯病病圃土壤微生物群落中含有伯克霍尔德氏菌(Burkholderia fungorum)、假单胞杆菌属类(Pseudomonas graminis)、黑霉菌(Aspergillus niger)、尖孢镰刀菌属(Fusarium oxysporum)等丰富的细菌类和真菌类微生物,也包括部分不可培养的微生物。土壤中微生物多样性的分析可以为青枯菌拮抗菌应用中拮抗菌在土壤中的定殖、扩繁过程研究提供部分微生物群落信息。 展开更多
关键词 烟草 土壤 微生物 青枯病 青枯菌
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烟草橙蛋白基因的克隆与生物信息学分析 被引量:3
10
作者 雷波 卢坤 +3 位作者 丁福章 刘小容 胡重怡 潘文杰 《烟草科技》 EI CAS 北大核心 2012年第4期60-66,共7页
为了获得烟草OR(NtOR)基因的全长序列和进一步揭示其在特色烟叶形成中的作用,采用同源克隆法从烟草品种K326中克隆了NtOR的全长cDNA和基因组DNA序列,GenBank登录号为JN379458和JN375578。生物信息学分析表明,NtOR基因组DNA全长5027 bp,c... 为了获得烟草OR(NtOR)基因的全长序列和进一步揭示其在特色烟叶形成中的作用,采用同源克隆法从烟草品种K326中克隆了NtOR的全长cDNA和基因组DNA序列,GenBank登录号为JN379458和JN375578。生物信息学分析表明,NtOR基因组DNA全长5027 bp,cDNA为1188 bp,编码317个氨基酸残基。NtOR蛋白具有2个跨膜域、1个信号肽剪切位点、5个糖基化位点和11个磷酸激酶修饰位点,二级结构包含12个α-螺旋和20个β-折叠,亚细胞定位于质膜上。系统进化与BLAST分析表明,NtOR是SlOR和ViOR的垂直同源基因。GENEVESTIGATOR数据库的芯片结果显示,NtOR基因在子叶中的表达量最高,其次是成熟叶片、幼茎和花,其他组织器官的表达相对较弱。 展开更多
关键词 烟草 橙蛋白基因 克隆 生物信息学
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SDS-CTAB法提取烟草病圃土壤微生物总DNA 被引量:7
11
作者 蔡刘体 胡重怡 罗正友 《江西农业学报》 CAS 2011年第2期119-121,共3页
采用SDS-CTAB法提取了烟草病圃土壤中微生物的总DNA,经过纯化后获得的DNA大小约为21 kb,OD260/OD280高于1.70;用细菌和真菌保守序列引物进行PCR扩增,琼脂糖凝胶电泳能检测到预期大小的扩增条带。
关键词 烟草 病圃 土壤微生物 总DNA SDS-CTAB法
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烟草叶片表面抗性蛋白T-phylloplanin基因的克隆 被引量:2
12
作者 蔡刘体 胡重怡 +2 位作者 郑少清 陈兴江 黄学林 《烟草科技》 EI CAS 北大核心 2008年第7期48-51,共4页
从烟草突变体T-cldf叶片表达基因的SSH文库中,筛选到一个与真菌抗性相关的表达序列标签P1T10(GenBank Access No.EB102896)。以P1T10序列为模板设计引物,用末端快速扩增(RACE)技术扩增得到T-Phylloplanin的cDNA全长(GenBank Access No.D... 从烟草突变体T-cldf叶片表达基因的SSH文库中,筛选到一个与真菌抗性相关的表达序列标签P1T10(GenBank Access No.EB102896)。以P1T10序列为模板设计引物,用末端快速扩增(RACE)技术扩增得到T-Phylloplanin的cDNA全长(GenBank Access No.DQ451214)。利用DNASTAR软件的EditSeq程序(Version 5.01)分析T-Phylloplanin基因,显示它包含一个完整的开放读码框,编码一个含有110个氨基酸、等电点为7.74、分子量为11.3 kD的小分子量蛋白(GenBank Access No.ABE03627)。通过BLAST比对发现它与烟草叶片的一个表面抗性蛋白全长基因(GenBank Access No.AY705384)的同源性为93%。通过半定量RT-PCR分析表明,T-Phylloplanin在烟草突变体T-cldf叶片中的表达量高于烟草K346。 展开更多
关键词 烟草 抗性蛋白 T-phylloplanin基因 突变体T-cldf 末端快速扩增
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烟草T-phylloplanin基因编码蛋白结构与功能的生物信息分析 被引量:3
13
作者 蔡刘体 胡重怡 +1 位作者 叶定勇 郑少青 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期100-102,共3页
利用美国国家生物技术信息中心(NCBI)网站所提供的相关信息,分析T-phylloplanin基因编码蛋白。该基因全长861hp,有一个完整的330hp的开放读框,编码110个氨基酸。该基因编码蛋白分子量为11.31kD,理论等电点为7.74。其氨基酸残基的不同区... 利用美国国家生物技术信息中心(NCBI)网站所提供的相关信息,分析T-phylloplanin基因编码蛋白。该基因全长861hp,有一个完整的330hp的开放读框,编码110个氨基酸。该基因编码蛋白分子量为11.31kD,理论等电点为7.74。其氨基酸残基的不同区域分布有多N-糖基化位点、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和N-肉豆蔻酰化位点,还有一个跨膜信号肽。T-phylloplanin基因编码蛋白与烟草叶片短柄腺毛分泌的抗性蛋白具有高度的同源性(93%),显示它在烟草抗性系统研究中有潜在价值。 展开更多
关键词 烟草 基因 序列分析 蛋白结构
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烤烟种质资源遗传多样性和群体结构及亚群特异性研究 被引量:2
14
作者 张吉顺 杨春元 +4 位作者 吴春 胡重怡 王仁刚 郭玉双 任学良 《中国烟草学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第3期21-27,49,共8页
筛选多态性丰富的16对SRAP引物,对不同地理来源的276份烤烟资源的遗传变异进行分析,结果表明:16对SRAP引物共检测出611个等位位点,平均每对引物对38.19个,多态性较高;国外烤烟品种遗传多样性高于国内品种,贵州烤烟品种遗传多样性水平较... 筛选多态性丰富的16对SRAP引物,对不同地理来源的276份烤烟资源的遗传变异进行分析,结果表明:16对SRAP引物共检测出611个等位位点,平均每对引物对38.19个,多态性较高;国外烤烟品种遗传多样性高于国内品种,贵州烤烟品种遗传多样性水平较低;NJ法聚类、PCA分析和STRUCTURE群体结构分析结果相互吻合,证明烤烟是与地理来源和亲缘关系密切相关的资源群,贵州烤烟资源形成了独立的组群,其遗传背景独特;各烤烟群体拥有独立的特有和特缺等位位点,群体间互补等位位点丰富,利用国外品种来拓宽国内烤烟品种的遗传基础最具潜力。 展开更多
关键词 烤烟:遗传多样性 群体结构 遗传特异性 SRAP
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烟草突变体库及其在功能基因组研究中的应用 被引量:2
15
作者 蔡刘体 郑少清 +2 位作者 胡重怡 叶定勇 韩晓红 《中国烟草科学》 CSCD 2008年第6期27-31,共5页
烟草突变体是烟草功能基因组学研究的重要材料。本文综述了烟草突变体在功能基因研究中的作用,构建烟草突变体库的必要性以及烟草突变体库的构建方法,并展望了烟草突变体库在烟草功能基因组学中的应用。
关键词 烟草 突变体 基因 功能基因组
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烤烟品种南江3号均一化全长cDNA文库构建 被引量:2
16
作者 蔡刘体 胡重怡 +1 位作者 张永春 韩晓红 《生物技术》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期45-47,共3页
目的:为了获得功能基因的信息,构建烤烟品种南江3号的均一化cDNA文库。方法:用RNeasy Plant Mini Kit提取烤烟南江3号叶片和花的RNA,用反转录酶逆转录合成第一链cDNA。以LD-PCR扩增获得的双链cDNA为模板,采用基于双链特异性核酸酶(Duple... 目的:为了获得功能基因的信息,构建烤烟品种南江3号的均一化cDNA文库。方法:用RNeasy Plant Mini Kit提取烤烟南江3号叶片和花的RNA,用反转录酶逆转录合成第一链cDNA。以LD-PCR扩增获得的双链cDNA为模板,采用基于双链特异性核酸酶(Duplex-Specific Nuclease,DSN)的均一化cDNA文库技术,构建南江3号盛花期的均一化cDNA文库。结果:构建了南江3号盛花期的均一化cDNA文库,文库重组率大为97.47%,库容量约为1.26×106,插入片段平均长度大于1.2kb。从文库中随机48个克隆进行PCR检测,挑取20个克隆进行测序,序列通过BLAST比对结果显示文库可能包含大量基因和ESTs序列。结论:该文库为研究南江3号的基因功能和资源提供材料来源。 展开更多
关键词 烤烟 基因 均一化 CDNA文库 表达序列标签
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棉花RGAP、DGAP和DDRT标记的定位研究 被引量:1
17
作者 杨昶 高玉龙 +3 位作者 胡重怡 周兆华 郭旺珍 张天真 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2009年第2期133-137,共5页
根据本实验室已克隆的RGAs和DGAs,设计48条RGAs和4条DGAs特异引物,以"海7124×TM-1"组合的BC1群体为材料把5个RGAP和2个DGAP标记定位到棉花的染色体上;以一个高抗黄萎病陆地棉品系5026为材料,在接种黄萎病菌后不同时期提... 根据本实验室已克隆的RGAs和DGAs,设计48条RGAs和4条DGAs特异引物,以"海7124×TM-1"组合的BC1群体为材料把5个RGAP和2个DGAP标记定位到棉花的染色体上;以一个高抗黄萎病陆地棉品系5026为材料,在接种黄萎病菌后不同时期提取根部RNA,用mRNA差异显示(DDRT-PCR)技术,获得164个差异片段,根据这些片段设计34对DDRT引物。用已构建好的"海7124×军棉1号"组合的F2群体,将3个RGAP和5个DDRT定位到了相应的染色体上。用Joinmap3.0软件把两张连锁图谱整合为一张图谱,并将这些标记与抗黄萎病QTLs进行连锁分析。 展开更多
关键词 棉花 RGAP DGAP DDRT 定位
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中美烤烟品种种子活力比较研究 被引量:1
18
作者 陈丽莉 郑少清 +1 位作者 胡重怡 王志红 《种子》 CSCD 北大核心 2008年第1期20-23,共4页
为了研究不同遗传背景烤烟品种间种子活力的差异,选取了6个美国烤烟品种和4个中国烤烟品种,在同等试验条件下,对10个材料的发芽势、发芽率及简化活力指数进行测定和统计分析。结果显示:美国品种在发芽势和发芽率方面都显著或极显著高于... 为了研究不同遗传背景烤烟品种间种子活力的差异,选取了6个美国烤烟品种和4个中国烤烟品种,在同等试验条件下,对10个材料的发芽势、发芽率及简化活力指数进行测定和统计分析。结果显示:美国品种在发芽势和发芽率方面都显著或极显著高于中国品种,其简化活力指数亦高于中国品种;利用发芽势或发芽率做系统聚类分析,可以有效区分美国品种和中国品种;从亲本间的遗传距离来看,中美品种间及中国品种间遗传距离均大于美国品种间遗传距离;此外,衡量烤烟种子活力的发芽势、发芽率和简化活力指数3个指标之间呈极显著正相关关系。 展开更多
关键词 烤烟 种子活力 发芽势 发芽率 简化活力指数
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航天诱变获得的烟草突变体T-srd的AFLP分析 被引量:1
19
作者 蔡刘体 胡重怡 郑少清 《江西农业学报》 CAS 2010年第7期14-16,20,共4页
烟草栽培品种GT11种子,搭载中国2002年发射的"神舟3号"宇宙飞船太空飞行,轨道倾角42°,轨道半径343km,空间飞行历时162h。从返回后的烟草GT11种子苗期群体中,获得了腋芽丛生矮化突变体T-srd,具有腋芽丛生的性状。利用DNA... 烟草栽培品种GT11种子,搭载中国2002年发射的"神舟3号"宇宙飞船太空飞行,轨道倾角42°,轨道半径343km,空间飞行历时162h。从返回后的烟草GT11种子苗期群体中,获得了腋芽丛生矮化突变体T-srd,具有腋芽丛生的性状。利用DNA扩增片段长度多态性(AFLP)技术分析表明突变体T-srd与贵烟11号在DNA水平上发生了变化。该突变体为烟草腋芽调控研究提供了良好的材料。 展开更多
关键词 烟草 航天育种 突变体 AFLP
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植物LTR类反转录转座子在植物基因组学研究中的应用 被引量:3
20
作者 郭玉双 陈静 +3 位作者 张建华 李祥羽 胡重怡 任学良 《黑龙江农业科学》 2011年第11期139-142,共4页
LTR类反转录转座子是植物基因组中的重要转座元件,对植物基因组的结构及功能有重要的影响。综述了近年来植物LTR类反转录转座子的类型和结构、在基因组中表达和调控,并探讨了它们在植物基因组学研究中的应用前景。
关键词 植物基因组 LTR类反转录转座子 表达调控 基因组学
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