假基因的研究进展

假基因(pseudogene)是指基因组中与正常编码蛋白基因序列相似,但缺乏功能的DNA序列。自从1977年假基因被发现以后,假基因主要被认作为无功能的进化遗迹。但是随着科学研究的深入,人们发现部分假基因不但能够行使转录或翻译功能,而且能通过多种途径发挥基因表达调控作用。作者就假基因的发现、分类、产生、特征、在疾病中的作用及其作用机制等方面进行了综述。

基于TCGA数据库挖掘胰腺癌预后相关甲基化位点

目的:通过对肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库内胰腺导管腺癌(pancreatic ductal adrenocarcinoma,PDAC)相关数据的研究,从全基因组水平发现影响PDAC预后的甲基化位点及基因。方法:从TCGA网站下载2016年1月28日更新版本的有关PDAC的临床数据、甲基化数据(基于Illumina Methylation 450芯片)及转录组数据(基于Illumina Hiseq测序)。纳入兼具预后数据和甲基化数据的患者179例,应用Cox比例风险模型分析每个位点甲基化水平与PDAC患者总体生存率的关系。进一步纳入兼有甲基化数据及转录组数据的患者173例,分析甲基化水平与对应mRNA表达水平的关系。最后分析mRNA表达水平与PDAC患者总体生存率的关系。结果:用于甲基化预后分析的179例患者年龄为(64.64±10.96)岁,用于相关性分析和m RNA预后分析的173例患者年龄为(64.46±10.91)岁,两者中位生存时间均为20.1个月。本研究发现的与PDAC预后关系最显著的前20个甲基化位点中,11个位点的高甲基化水平为PDAC预后的危险因素,9个为保护因素。位于ZNF438基因5′UTR区的cg01656216探针靶向的位点与PDAC预后相关最显著(HR=0.37,95%CI:0.24~0.56,P=4.11×10-6)。进一步发现8个位点甲基化水平与相应mRNA表达水平呈负相关(r<-0.3,P<0.05),其中PKP3(cg20268054)和EFNB2(cg22179913)的m RNA表达水平还与预后有关(HR=1.66,95%CI:1.06~2.61,P=0.027;HR=1.86,95%CI:1.21~2.88,P=0.005)。结论:通过对TCGA数据库PDAC样本的分析发现,PKP3和EFNB2基因的甲基化水平与PDAC预后相关,可进一步发掘其作为PDAC预后相关生物标志物的潜能。