麻杏石甘汤治疗慢性支气管炎网络药理学分析与分子对接确证研究

目的基于网络药理学探讨麻杏石甘汤防治慢性支气管炎的潜在作用机制。方法利用TCMSP及TCMID数据库收集麻杏石甘汤活性成分及靶点。使用GeneCards及OMIM数据库筛选慢性支气管炎相关基因并与麻杏石甘汤活性成分靶基因取交集,利用STRING网站构建蛋白互作网络(PPI网络),借助Reactome数据库对交集靶点进行生物过程分析及Omicshare平台进行KEGG代谢通路分析,并使用Cytoscape软件构建"成分-靶点-通路"网络,并进行网络拓扑学分析筛选核心靶点及核心通路,最后将从PDB数据中获得的核心靶标蛋白晶体结构导入Autodock软件,对活性成分和核心靶标蛋白进行虚拟分子对接分析。结果利用TCMSP及TCMID数据库共收集筛选得到麻杏石甘汤51个潜在活性成分和891个潜在靶点,与慢性支气管炎相关基因取交集后得到13个重合靶点。Reactome数据库分析表明,13个潜在作用靶点主要涉及免疫系统、信号转导、基因表达、细胞对外部刺激反应等多个生物过程;KEGG富集分析结果表明,13个交集靶点共涉及63条通路,靶点富集数量最多的通路为流体剪切应力与动脉粥样硬化、癌症途径。麻杏石甘汤防治慢性支气管炎的"成分-靶点-通路"网络共有116个节点、254条边,平均节点度值为4.38、平均介数中心值为219.3、平均接近中心值为0.355。其中,MAPK14、RELA、TGF-β1基因是麻杏石甘汤有效成分治疗慢性支气管炎的核心作用靶点。流体剪切应力和动脉粥样硬化信号通路、糖尿病患者AGE-RAGE信号通路和松弛素信号通路等8个通路是麻杏石甘汤有效成分治疗慢性支气管炎的核心信号通路。分子对接结果表明,麻杏石甘汤中的活性成分与关键靶点具有良好的结合能力。结论研究基于网络药理学方法及分子对接预测了麻杏石甘汤用于治疗慢性支气管炎的主导化合物成分、核心靶点和核心信号通路,为临床药物治疗提供了新思路和新方向。

高等植物中SOD基因的基因流特性与亲缘关系分析

以20种高等植物SOD基因编码区序列(CDS)为参考,进行基因流特性与亲缘关系分析.通过下载20个物种SOD基因的完整CDS序列,并分析其单倍型数、单倍型多样性、核苷酸多样性、平均核苷酸差异数目及单一多态位点和简约多态位点等信息,建立系统进化树;分析其氨基酸结构域并预测跨膜结构域;再分析SOD基因所编码蛋白质的氨基酸数量、组成及部分理化性质.研究结果表明:SOD基因在种内及种间遗传分化较明显.由系统进化树可知,各物种种间的遗传进化关系与植物分类学中的分类基本一致.结构域预测得大部分序列具有一个保守的结构域SOD-Cu,个别序列含SOD-Fe-N结构域和SOD-Fe-C结构域.理化性质预测得不同物种SOD蛋白的性质和氨基酸数量较稳定,蛋白质呈酸性,具有亲水性.本研究为进一步探索SOD基因的生物学功能和以该基因作为分子标记进行物种定向选育提供了重要参考.