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蓝狐和貉WT1基因第8内含子(GAAA)n微卫星序列的克隆及分析
1
作者
艾亮霞
黄向阳
+3 位作者
于佳鑫
侯佳妮
闫守庆
李玉梅
《黑龙江畜牧兽医》
CAS
北大核心
2013年第3期46-48,共3页
微卫星又称简单序列重复(SSR)或短串联重复(STR),其核心序列一般由1~6个核苷酸组成,例如(CA)n、(GAAA)n或(AG)n。由于微卫星序列广泛分布于真核生物的基因组中,且具有多态性高、呈共显性遗传等特点,因而自M.Litt等首次...
微卫星又称简单序列重复(SSR)或短串联重复(STR),其核心序列一般由1~6个核苷酸组成,例如(CA)n、(GAAA)n或(AG)n。由于微卫星序列广泛分布于真核生物的基因组中,且具有多态性高、呈共显性遗传等特点,因而自M.Litt等首次报道微卫星基因分型以来,很快被广泛应用到遗传图谱构建、数量性状基因座(QTL)定位、遗传多样性分析、亲缘关系鉴定及疾病基因的定位等。犬WTl基因(wilmstumor1)位于18号染色体上,包含10个外显子(登录号为NC_006600)。
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关键词
微卫星序列
WT1基因
内含子
数量性状基因座
遗传多样性分析
克隆
蓝狐
简单序列重复
下载PDF
职称材料
脱发相关差异表达基因的生物信息学分析
被引量:
2
2
作者
向虹
阳小胡
+2 位作者
艾亮霞
潘燕平
胡勇
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第2期172-182,I0002,I0003,共13页
利用生物信息学方法分析脱发相关差异表达基因,有望帮助了解脱发发生发展的分子机制。本研究从NCBI的子数据库GEO中选择基因表达谱GSE45512和GSE45513数据集,利用R语言limma工具包,筛选出两个物种斑秃样本与正常样本的共同显著差异表达...
利用生物信息学方法分析脱发相关差异表达基因,有望帮助了解脱发发生发展的分子机制。本研究从NCBI的子数据库GEO中选择基因表达谱GSE45512和GSE45513数据集,利用R语言limma工具包,筛选出两个物种斑秃样本与正常样本的共同显著差异表达基因。对这部分基因进行功能注释和蛋白互作网络分析,同时对全部差异表达基因进行基因集富集分析。结果发现,人头皮斑秃样本共筛选出225个差异表达基因;C3H/HeJ小鼠自发斑秃皮肤样本共筛选出337个差异表达基因;两个物种的共同显著差异表达基因有23个。GO功能富集分析和蛋白互作网络分析显示,这部分差异基因显著富集于免疫相关功能,并且彼此间存在蛋白互作关系。基因集富集分析显示两个物种的差异基因都能显著富集到趋化因子信号通路、细胞因子受体相互作用、金葡菌感染及抗原加工与呈递通路;而且人的下调差异基因不仅映射到了人类表型数据库的脱发表型,也映射到皮肤附属物病理相关表型。综上所述,本研究通过生物信息方法分析脱发皮肤组织与正常皮肤组织的差异表达基因,最终筛选出23个在人和小鼠中共同存在的显著差异表达基因;此外,分析发现脱发与免疫过程及皮肤附属物病变密切相关,这些结果为脱发的诊断和治疗提供了新思路。
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关键词
脱发
斑秃
GEO
生物信息学
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职称材料
题名
蓝狐和貉WT1基因第8内含子(GAAA)n微卫星序列的克隆及分析
1
作者
艾亮霞
黄向阳
于佳鑫
侯佳妮
闫守庆
李玉梅
机构
吉林大学畜牧兽医学院
出处
《黑龙江畜牧兽医》
CAS
北大核心
2013年第3期46-48,共3页
文摘
微卫星又称简单序列重复(SSR)或短串联重复(STR),其核心序列一般由1~6个核苷酸组成,例如(CA)n、(GAAA)n或(AG)n。由于微卫星序列广泛分布于真核生物的基因组中,且具有多态性高、呈共显性遗传等特点,因而自M.Litt等首次报道微卫星基因分型以来,很快被广泛应用到遗传图谱构建、数量性状基因座(QTL)定位、遗传多样性分析、亲缘关系鉴定及疾病基因的定位等。犬WTl基因(wilmstumor1)位于18号染色体上,包含10个外显子(登录号为NC_006600)。
关键词
微卫星序列
WT1基因
内含子
数量性状基因座
遗传多样性分析
克隆
蓝狐
简单序列重复
分类号
Q343.1 [生物学—遗传学]
下载PDF
职称材料
题名
脱发相关差异表达基因的生物信息学分析
被引量:
2
2
作者
向虹
阳小胡
艾亮霞
潘燕平
胡勇
机构
中国科学院深圳先迚技术研究院合成生物研究所
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第2期172-182,I0002,I0003,共13页
基金
深圳市科技创新委员会基础科学研究基金(编号:JCYJ20180507182250795)
中国博士后科学基金(编号:2019M663173)
深圳孔雀团队项目(编号:KQTD20170331160605510)资助~~
文摘
利用生物信息学方法分析脱发相关差异表达基因,有望帮助了解脱发发生发展的分子机制。本研究从NCBI的子数据库GEO中选择基因表达谱GSE45512和GSE45513数据集,利用R语言limma工具包,筛选出两个物种斑秃样本与正常样本的共同显著差异表达基因。对这部分基因进行功能注释和蛋白互作网络分析,同时对全部差异表达基因进行基因集富集分析。结果发现,人头皮斑秃样本共筛选出225个差异表达基因;C3H/HeJ小鼠自发斑秃皮肤样本共筛选出337个差异表达基因;两个物种的共同显著差异表达基因有23个。GO功能富集分析和蛋白互作网络分析显示,这部分差异基因显著富集于免疫相关功能,并且彼此间存在蛋白互作关系。基因集富集分析显示两个物种的差异基因都能显著富集到趋化因子信号通路、细胞因子受体相互作用、金葡菌感染及抗原加工与呈递通路;而且人的下调差异基因不仅映射到了人类表型数据库的脱发表型,也映射到皮肤附属物病理相关表型。综上所述,本研究通过生物信息方法分析脱发皮肤组织与正常皮肤组织的差异表达基因,最终筛选出23个在人和小鼠中共同存在的显著差异表达基因;此外,分析发现脱发与免疫过程及皮肤附属物病变密切相关,这些结果为脱发的诊断和治疗提供了新思路。
关键词
脱发
斑秃
GEO
生物信息学
Keywords
hair loss
alopecia areata
GEO
bioinformatics
分类号
R758.71 [医药卫生—皮肤病学与性病学]
Q811.4 [生物学—生物工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
蓝狐和貉WT1基因第8内含子(GAAA)n微卫星序列的克隆及分析
艾亮霞
黄向阳
于佳鑫
侯佳妮
闫守庆
李玉梅
《黑龙江畜牧兽医》
CAS
北大核心
2013
0
下载PDF
职称材料
2
脱发相关差异表达基因的生物信息学分析
向虹
阳小胡
艾亮霞
潘燕平
胡勇
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2020
2
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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